余劲聪

作品数：19被引量：24H指数：3
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供职机构：华侨大学更多>>
发文主题：牦牛密码子用法密码子密码子优化生物信息学更多>>
发文领域：生物学自动化与计算机技术农业科学理学更多>>
发文期刊：《计算机与应用化学》《华侨大学学报（自然科学版）》《西南民族大学学报（自然科学版）》《化学工程与装备》更多>>
所获基金：国家自然科学基金福建省高校产学合作科技重大项目国家教育部博士点基金国家高技术研究发展计划更多>>
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起始密码子下游区域AT含量优化工具BestAT的开发与应用
《生物信息学》2012年第1期1-4,共4页余劲聪 唐龙盘 方柏山 
国家自然科学基金资助项目(21076172;30770059);高等学校博士学科点专项科研基金(20070385001);福建省高校产学合作科技重大项目(2010H6023)
基因的表达水平受到起始密码子下游区域AT含量的影响,从巨大的序列集中筛选出具有特定AT含量和密码子用法特征的同义序列是一个繁琐的工作。本文研发AT含量优化工具"BestAT",初步解决了自动获取海量同义序列和充分展示同义序列的密码子...
关键词：起始密码子下游区域 AT含量 密码子优化 BestAT软件 甘油脱氢酶 
基于对应分析的密码子用法可视化研究
《计算机与应用化学》2011年第6期675-679,共5页余劲聪 方柏山 
国家自然科学基金资助项目(21076172);福建省高校产学合作科技重大项目(2010H6023)
密码子用法可以简介为物种、基因组、基因或序列集中64种密码子的使用方式。密码子用法的可视化为研究样本的密码子用法特征、不同样本间的密码子偏好,提供了1种直观、有效的图形化手段。可基于多种参数的对应分析(CA)法是其中1种重要...
关键词：密码子用法可视化 对应分析 相对适应度 相对同义密码子用法 密码子优化 
2种方法对不同pH下猪胰岛素结构的分子动力学模拟
《计算机与应用化学》2011年第9期1107-1111,共5页马宁 余劲聪 方柏山 
国家自然科学基金资助项目(21076172)
为了研究猪胰岛素单体在不同pH下的动态变化,本文从已有的NMR实验数据出发,通过2种不同的方法对胰岛素单体进行了MD模拟,方法1在已知不同pH下晶体结构及氨基酸侧链质子化状态时进行模拟,方法2为从特定晶体结构出发,通过设定部分氨基酸...
关键词：猪胰岛素 二级结构 活性中心:分子动力学模拟 NAMD 
高通量高频密码子软件HighCodon的开发被引量：1
《计算机与应用化学》2011年第5期527-530,共4页余劲聪 方柏山 
国家自然科学基金资助项目(21076172);福建省高校产学合作科技重大项目(2010H6023)
特殊密码子的鉴别是密码子用法研究中的重要课题,对基因工程领域中密码子优化的实验设计起到关键性作用。高频密码子提供了其中1种方法,但其界定标准仍存有问题。本文研发的高通量高频密码子软件HighCodon,解决了在海量序列数据中检验...
关键词：高频密码子 密码子用法数据库 同义密码子相对频率 CUT文件 HighCodon软件 
Codon Usage Database自动寻错平台CUDer的组建与应用
《生物信息学》2011年第3期242-246,249,共6页余劲聪 方柏山 
国家自然科学基金资助项目(21076172);国家自然科学基金资助项目(30770059);高等学校博士学科点专项科研基金(20070385001);福建省高校产学合作科技重大项目(2010H6023)
密码子用法数据库(CUD)是密码子用法与密码子优化研究领域的一个重要的在线服务,为了找出该数据库中潜在的两种不再适用的记录,即已过期的陈旧记录和在遗传密码类型上实际无法有效支持的记录(简称不支持记录),本文通过结合前期自主研发...
关键词：密码子用法 密码子用法表 密码子用法数据库 CUDer平台 生物信息学 
甘油脱氢酶基因在大肠杆菌中的密码子优化表达被引量：3
《微生物学报》2011年第4期504-509,共6页唐龙盘 余劲聪 戴丹凤 方柏山 
国家自然科学基金(21076172;30770059);福建省高校产学合作科技重大项目(2010H6023)~~
【目的】利用密码子优化技术,提高甘油脱氢酶基因gldA在大肠杆菌中的表达水平。【方法】针对gldA起始密码子下游区域,优先选择AT含量最高的同义密码子,从而在不改变氨基酸序列的前提下,提高该区域的AT含量。利用大引物PCR的方法对野生型...
关键词：甘油脱氢酶 AT含量 异源表达 密码子优化 大肠杆菌 
开发可统计任意密码子用法的软件BestCodon被引量：3
《计算机与应用化学》2011年第1期23-26,共4页余劲聪 方柏山 
国家自然科学基金资助项目(30770059);高等学校博士学科点专项科研基金(20070385001)
密码子偏好是自然现象,分析密码子的用法可以优化表达基因,即密码子优化,从而调节目的基因在特定宿主中的表达水平。现有密码子用法分析软件多数只限于单个密码子,适用于密码子对和密码子三联体的较少见。本文提出1种可统计任意密码子...
关键词：BestCodon软件 密码子 密码子用法 密码子偏好 生物信息学 
密码子用法数据库辅助工具CUDassist的开发被引量：2
《计算机与应用化学》2010年第12期1613-1616,共4页余劲聪 方柏山 
国家自然科学基金资助项目(21076172);国家自然科学基金资助项目(30770059);高等学校博士学科点专项科研基金(20070385001);福建省高校产学合作科技重大项目(2010H6023)
密码子用法的研究是遗传密码的进化、基因的水平转移、基因表达的调控和异源表达的优化等领域不可或缺的内容。2个重要的密码子用法在线服务密码子用法数据库(CUD)和图形化密码子用法分析器(GCUA)为研究者提供了有力的数据支持,但仍存...
关键词：密码子用法数据库 图形化密码子用法分析器 密码子偏好 相对适应度 CUDassist软件 
蛋白质虚拟定点突变和饱和突变软件的开发
《计算机与应用化学》2010年第6期709-714,共6页余劲聪 方柏山 
国家自然科学基金资助项目(30770059);高等学校博士学科点专项科研基金(20070385001)
定点突变和饱和突变是研究蛋白质结构与功能关系、获取新酶的重要手段。如何在计算机上快速、准确地获取突变序列是实施高通量虚拟筛选的首要问题。本文提出一种可满足虚拟突变需求的软件架构,开发出一个蛋白质虚拟突变软件"PMu",拥有...
关键词：PMu软件 定点突变 饱和突变 虚拟突变 生物信息学 
辅酶依赖型和不依赖型甘油脱水酶的比较被引量：1
《华侨大学学报（自然科学版）》2010年第5期542-547,共6页杨仲丽 方柏山 余劲聪 王庆花 李梓君 
国家高技术研究发展(863)计划项目(2006AA020103);国家自然科学基金资助项目(20676048;30770059)
实验比较源自肺炎克氏杆菌(K.pneumoniae)和丁酸梭状芽孢杆菌(C.butyricum)中的甘油脱水酶(GDHt)的辅酶依赖特性.采用生物信息学的方法,对两种酶的异同点进行分析,发现两种酶结构上相似性较低、亲缘性较远、分属于两个不同的家族.SMART...
关键词：肺炎克氏杆菌 丁酸梭状芽孢杆菌 辅酶 甘油脱水酶 维生素B12 依赖性 
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