杨凌云

作品数：5被引量：4H指数：1
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供职机构：苏州大学计算机科学与技术学院更多>>
发文主题：侧链蛋白质结构预测RMSD蛋白质HMM更多>>
发文领域：自动化与计算机技术生物学理学更多>>
发文期刊：《计算机与应用化学》《微电子学与计算机》《小型微型计算机系统》《生物信息学》更多>>
所获基金：国家自然科学基金更多>>
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一种蛋白质点突变计算机预测的并行模型被引量：1
《小型微型计算机系统》2012年第5期963-966,共4页栾忠兰 吕强 杨凌云 徐超 
国家自然科学基金项目(60970055)资助
认识和预测蛋白质天然构象的波动对蛋白质-蛋白质对接和设计等应用是非常重要的.但是许多骨架柔性的方法会导致骨架较大幅度的波动.Backrub模型能够对骨架进行微小的扰动,符合高分辨率晶体结构中观察到的构象的微妙变化.本文提出了一种...
关键词：蛋白质骨架 侧链 Backrub 并行扰动 
一种基于SVR的分辨近天然G蛋白耦联受体—配体构象的方法被引量：1
《生物信息学》2011年第2期167-170,共4页杨凌云 吕强 
国家自然科学基金(批准号:60970055)资助项目
蛋白质小分子对接的难点之一是从生成的大量候选结构中挑选出近天然构象。本文使用了一种基于SVR的方法来挑选RosettaLigand生成的GPCR—配体decoy构象中的近天然构象。首先,对已有数据训练得到一个SVR模型,预测decoy构象的LRMSD,然后...
关键词：GPCR SVR 分子对接 
一种基于HMM的蛋白质侧链旋转异构体构造方法
《小型微型计算机系统》2011年第1期189-192,共4页温炜 吕强 杨鹏 杨凌云 吴进珍 黄旭 
国家自然科学基金项目(60970055)资助
蛋白质侧链预测是蛋白质结构预测以及蛋白质设计中非常重要的子问题,而旋转异构体库的构造是进行侧链预测的基础,为预测提供搜索空间.现有的旋转异构体库考虑的是单个氨基酸的统计信息,没有考虑与之相邻的氨基酸对其构象产生的影响.本...
关键词：侧链预测 旋转异构体库 隐马尔科夫模型 
近邻传播聚类算法在蛋白质结构预测中的应用被引量：2
《微电子学与计算机》2010年第11期154-157,共4页黄旭 吕强 杨凌云 钱培德 
国家自然科学基金项目(60970055)
聚类是蛋白质结构预测中重要的后处理步骤,许多结构预测中都采取了不同的聚类算法.而AP聚类算法通过在数据点之间传递消息,经过若干次迭代后达到一种稳定状态,是构思巧妙的聚类算法.文中把AP聚类算法应用于蛋白质结构预测中,并在7个不...
关键词：蛋白质结构预测 AP聚类算法 RMSD 
1种蛋白质Loop片段结构的概率生成模型
《计算机与应用化学》2010年第5期573-576,共4页杨鹏 吕强 杨凌云 吴进珍 温炜 
国家自然科学基金项目(60970055)
在计算生物学中,根据蛋白质的氨基酸序列预测蛋白质的结构是尚未解决的重要问题之一,而其中的1个难点是预测蛋白质中Loop片段的结构。本文用1阶马尔可夫模型为基础,通过对其训练,可根据氨基酸串和2级结构信息为蛋白质Loop片段概率建模...
关键词：蛋白质Loop 1阶马尔可夫概率生成模型 双变量yon Mises分布 
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