吴进珍

作品数:6被引量:10H指数:1
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供职机构:苏州大学计算机科学与技术学院更多>>
发文主题:蛋白质蛋白质结构预测蚁群优化蛋白质折叠启发式算法更多>>
发文领域:自动化与计算机技术生物学理学更多>>
发文期刊:《计算机与应用化学》《计算机工程》《中国科学:信息科学》《生物信息学》更多>>
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从头预测蛋白质骨架的一种并行蚁群方法及其在CASP8/9中的应用被引量:8
《中国科学:信息科学》2012年第8期1034-1048,共15页吴宏杰 吕强 吴进珍 黄旭 罗小虎 钱培德 
国家自然科学基金(批准号:60970055)资助项目
从低同源关系的氨基酸序列预测蛋白质的三维结构被称为从头预测,它是计算生物学领域中的挑战之一.蛋白质骨架预测是从头预测的必要先导步骤.本文应用一种基于共享信息素的并行蚁群优化算法,在现有能量函数指导下,通过不同能量项之间的...
关键词:蛋白质骨架 从头预测 蛋白质折叠 并行算法 启发式算法 
一种基于HMM的蛋白质侧链旋转异构体构造方法
《小型微型计算机系统》2011年第1期189-192,共4页温炜 吕强 杨鹏 杨凌云 吴进珍 黄旭 
国家自然科学基金项目(60970055)资助
蛋白质侧链预测是蛋白质结构预测以及蛋白质设计中非常重要的子问题,而旋转异构体库的构造是进行侧链预测的基础,为预测提供搜索空间.现有的旋转异构体库考虑的是单个氨基酸的统计信息,没有考虑与之相邻的氨基酸对其构象产生的影响.本...
关键词:侧链预测 旋转异构体库 隐马尔科夫模型 
一个识别蛋白质折叠模式的SVM分类器被引量:1
《生物信息学》2010年第4期287-290,共4页郭海娟 吕强 吴宏杰 吴进珍 杨鹏 黄旭 
国家自然科学基金(60970055)资助项目
蛋白质折叠模式识别是一种分析蛋白质结构的重要方法。以序列相似性较低的蛋白质为训练集,提取蛋白质序列信息频数及疏水性等信息作为折叠类型特征,从SCOP数据库中已分类蛋白质构建1 393种折叠模式的数据集,采用SVM预测蛋白质1 393种折...
关键词:蛋白质折叠模式识别 SVM 从头预测 
基于能量的蛋白质结构聚类距离加权策略被引量:1
《计算机工程》2010年第21期173-174,177,共3页黄旭 吕强 吴进珍 钱培德 
国家自然科学基金资助项目(60970055)
在对蛋白质预测结构进行聚类的过程中,常用的均方根偏差、TM-score、GDT-TS等相似性度量方法仅反映了结构之间的距离关系而未考虑结构之间的能量关系。针对上述问题,对候选结构进行距离度量,计算两两之间的能量差异,并以此设置权重,对...
关键词:蛋白质结构预测 聚类算法 均方根偏差 相似性矩阵 
1种蛋白质Loop片段结构的概率生成模型
《计算机与应用化学》2010年第5期573-576,共4页杨鹏 吕强 杨凌云 吴进珍 温炜 
国家自然科学基金项目(60970055)
在计算生物学中,根据蛋白质的氨基酸序列预测蛋白质的结构是尚未解决的重要问题之一,而其中的1个难点是预测蛋白质中Loop片段的结构。本文用1阶马尔可夫模型为基础,通过对其训练,可根据氨基酸串和2级结构信息为蛋白质Loop片段概率建模...
关键词:蛋白质Loop 1阶马尔可夫概率生成模型 双变量yon Mises分布 
一个基于蚁群优化解决2D packing问题的算法
《苏州大学学报(自然科学版)》2010年第2期35-38,共4页吴进珍 吕强 
国家自然科学基金(60970055)
2D packing问题是一种二维变量的打包问题,是典型的组合优化问题.本文首先通过贪婪方法得到一个初始解,然后利用经典的最大、最小蚂蚁算法作为解决问题的主要框架,并针对该问题将一种特定的局部搜索算法整合到主算法框架中.通过实验结...
关键词:2D PACKING 蚁群优化 局部搜索 
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