国家自然科学基金(61033009)

作品数：26被引量：66H指数：5
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相关作者：莫则尧徐云张爱清陈国良孙广中更多>>
相关机构：北京应用物理与计算数学研究所中国科学技术大学中国科学院安徽省高性能计算重点实验室更多>>
相关期刊：《科研信息化技术与应用》《Science China(Information Sciences)》《计算物理》《振动与冲击》更多>>
相关主题：并行计算动态二进制翻译QEMUMODFLOW索引更多>>
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基于MapReduce的增量矩阵乘法设计
《计算机系统应用》2016年第9期176-182,共7页张沛然 徐云 
国家自然科学基金(61033009)
矩阵乘法是许多应用中的核心计算,在这些应用中只是少量矩阵元素发生改变,如果全量重新计算则工作量很大,因此增量计算是解决该问题的有效手段.本文提出了一种基于Map Reudce模型的增量矩阵乘法计算方法,以及计算矩阵中变化元素的高效...
关键词：矩阵乘法 增量计算 MAPREDUCE 
序列比对算法中的BW变换索引技术研究及其改进被引量：4
《计算机工程》2016年第1期282-286,共5页赵雅男 徐云 程昊宇 
国家自然科学基金资助重点项目(61033009);国家"111"计划基金资助项目(B07033)
面向大规模长序列的序列比对问题是生物信息学中最重要的基础问题之一。针对序列比对算法的主流索引技术BW变换(BWT)进行研究,提出一种新的二阶BWT索引方法。与传统BWT方法的逐位索引查找不同,改进后的BWT方法按双位索引查找。实验结果...
关键词：序列比对 索引 BW变换索引 第二代测序 第三代测序 大规模长序列比对 
宏基因组分类问题中的特征提取及其降维研究
《计算机系统应用》2015年第11期31-37,共7页陈波 徐云 
国家自然科学基金(61033009)
宏基因组测序序列分类问题是宏基因组学研究的一个重点问题.影响宏基因组分类性能的主要因素是特征向量的提取问题,如何提取并产生合适的特征向量对于提高宏基因组分类问题的分类精度和运行时间有着重大影响.因此,针对宏基因组分类问题...
关键词：宏基因组 测序序列 转移概率矩阵 降维 SVM算法 
Parallel Simulation of Groundwater Flow in the North China Plain被引量：1
《Journal of Earth Science》2014年第6期1059-1066,共8页Tangpei Cheng Jingli Shao Yali Cui Zeyao Mo Zhong Han Ling Li 
supported by the National Basic Research Program (973 Program) of China (Nos. 2010CB428804 and 2011CB309702);the Key Projects of National Natural Science Foundation of China (No. 61033009)
Numerical modeling is of crucial importance in understanding the behavior of regional groundwater system. However, the demand on modeling capability is intensive when performing high-resolution simulation over long ti...
关键词：parallel computing groundwater flow modeling MODFLOW North China Plain 
数据驱动并行计算的3层软件架构设计及应用被引量：3
《计算机研究与发展》2014年第11期2538-2546,共9页张爱清 莫则尧 杨章 
国家自然科学基金重点项目(61033009);国家"九七三"重点基础研究发展计划基金项目(2011CB309702);国家"八六三"高技术研究发展计划基金项目(2012AA01A309)
数据驱动并行计算是科学与工程计算中普遍存在的一类计算,其执行通常依赖于数据流有向图.在实际应用中,结点调度、数据通信和数值计算紧耦合并发执行,较难解耦编程,这给应用软件的协同研制和代码复用带来困难.借助于统一形式的数据流有...
关键词：数据驱动 并行计算 无环有向图 JASMIN框架 软件体系结构 解耦 
一种科学计算应用的快速I/O方法——双路并行I/O
《科研信息化技术与应用》2014年第5期3-9,共7页曹立强 沈卫超 夏芳 
国家高技术研究发展计划(863计划)"高效能计算机应用支撑软件框架体系研制"(2012AA01A309);国家自然科学基金重点项目"面向重大应用领域的高效能计算优化理论与技术"(61033009);面上项目"大规模几何建模和自适应笛卡尔网格生成并行算法研究"(61170310);国家重点基础研究发展计划(973计划)"适应于千万亿次科学计算的新型计算模式"(2011CB309702)
许多并行科学计算应用使用HDF5等数据格式管理计算数据与元数据。一般条件下,科学计算数据与元数据有不同的存储特征。数据存储规模较大,可以在并行文件系统中获得较高的I/O效率。元数据存储规模较小,难以发挥并行文件系统带宽。一旦数...
关键词：科学数据管理 数据模型 数据格式 I/O性能优化 
一种求解点到点的最短路径的高效下界算法（英文）被引量：2
《中国科学技术大学学报》2014年第10期874-880,共7页张钟 吕敏 孙广中 陈国良 
Supported by National Natural Science Foundation of China(61033009,61303047)
在许多应用中,实时计算一个源点到一个目的点的最短路径是一个非常重要的问题.学术界已经提出若干下界算法求解点到点的最短路径问题,如A*算法,ALT算法等.这些算法所使用的距离估值比较松散,仍然有很大的提升潜力.ACT算法是一种新的两...
关键词：最短路径 下界 预处理 A^＊搜索 中心点 三角不等式 
一种跨平台的并行编程框架设计与实现被引量：1
《计算机工程》2014年第8期43-47,共5页李婷 徐云 聂鹏宇 潘玮华 
国家自然科学基金资助重点项目(61033009);国家自然科学基金资助面上项目(60970085)
并行程序设计的复杂性及并行计算平台的多样性导致程序可移植性较差。为此,设计并实现一种跨平台、分层次的并行编程框架OpenCH。该框架通过两层并行函数库和层次化的API设计,对上层应用程序隐藏并行化细节,为基于不同计算平台的库函数...
关键词：并行计算 并行编程框架 跨平台 OpenMP编程 MPI编程 CUDA编程 
一种动态二进制翻译中间接分支目标地址查找算法被引量：1
《小型微型计算机系统》2014年第3期520-525,共6页廖银 姜海涛 孙广中 靳国杰 陈国良 
国家自然科学基金重点项目(61033009)资助;工信部科技重大专项(2009ZX01028-002-003)资助
如何提高性能是动态二进制翻译中的核心研究问题.动态二进制翻译技术以分支指令结尾的基本块是翻译和执行的基本单元,基本块之间的跳转关系由分支指令确定.间接分支的目标地址在运行时才能确定,优化比较困难.已有工作表明间接分支目标...
关键词：动态二进制翻译 间接分支 局部性 私有缓存 
一种基于聚类的大规模单体分型算法
《计算机工程与科学》2013年第11期27-33,共7页潘玮华 陈波 徐云 
国家自然科学基金面上项目(60970085);国家自然科学基金资助项目(61033009)
大规模单体分型问题是生物遗传分析领域一个重要的基础性问题。针对现有算法求解大规模单体分型问题时存在的缺陷,在原有WinHAP算法的基础上引入聚类思想,提出一种基于聚类的WinHAP算法。该算法在保证原算法精度不下降的前提下,大大提...
关键词：单体分型 聚类 大规模计算 并行计算 生物信息学 
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