国家自然科学基金(60372040)

作品数:4被引量:22H指数:2
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基于曙光4000A的BLAST并行算法被引量:2
《计算机工程》2006年第10期45-46,49,共3页谭光明 徐琳 周幼英 冯圣中 孙凝晖 
国家自然科学基金资助项目(60372040);中科院知识创新工程重要方向项目(KSCX2-SW-233)
对BLAST启发式算法的实现做了优化:引入批处理的概念、并对整个库文件建立哈希表,实现了I/O延迟掩藏,提高了整个比对过程的速度,同时降低了内存消耗。优化的算法有利于并行化的实现:在并行系统中,将库文件广播到各个计算节点,由节点在...
关键词:BLAST 批处理 并行 集群 曙光4000A 
基于GPU的串匹配算法研究被引量:15
《计算机应用》2006年第7期1735-1737,共3页张庆丹 戴正华 冯圣中 孙凝晖 
国家自然科学基金资助项目(60372040);中国科学院知识创新工程重大项目(KSCX2-SW-223)
BF算法是串匹配算法中最基础的算法,但它是串行算法,不适合图形处理器(GraphicProcessing Unit,GPU)的体系结构。结合GPU的特殊体系结构,通过数据存取方式和计算策略的改进,充分利用了GPU的并行处理能力,从而基于GPU实现了BF算法。实验...
关键词:图形处理器 通用计算 串匹配 并行 
基于SSE2的Smith-Waterman算法被引量:2
《计算机工程与应用》2006年第11期85-87,共3页戴正华 张庆丹 徐琳 谭光明 冯圣中 
国家自然科学基金资助项目(编号:60372040)
Smith-Waterman动态规划算法是生物信息学使用最广泛的序列匹配算法,由于存在严重的数据依赖关系,该算法的细粒度数据并行性开发受到了很大限制。文章从简化数据依赖关系出发,采用前驱计算思想,提出了基于X86处理器多媒体指令集SSE2的Sm...
关键词:Smith-Waterman 算法 细粒度并行算法 SIMD SSE2 
曙光4000H生物信息处理专用计算机的高性能算法研究被引量:3
《计算机研究与发展》2005年第6期1053-1058,共6页冯圣中 谭光明 徐琳 孙凝晖 徐志伟 
国家自然科学基金项目(60372040);中国科学院重大创新工程基金项目(KSCX2SW233)
曙光4000H生物信息处理专用计算机基于现代计算机体系结构和可重构计算器件,分别通过IO延迟隐藏、细粒度并行以及并行流水等技巧优化设计了BLAST、动态规划、RNA二级结构预测等有代表性的3类算法,并开发C模拟器进行了性能评价,结果表明...
关键词:可重构计算 生物信息学 高性能计算 
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