复旦大学生命科学学院生物统计学与计算生物学系

作品数：12被引量：33H指数：2
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发文作者：董欣然王潇孙慧倪琦王新格更多>>
发文领域：生物学理学医药卫生更多>>
发文主题：药物靶基因出生体重多中心新生儿出生体重更多>>
发文期刊：《复旦学报（医学版）》《中国科学：生命科学》《数理统计与管理》《复旦学报（自然科学版）》更多>>
所获基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家教育部博士点基金更多>>
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调整协变量的多位点关联分析方法及其在酗酒数据中的应用
《复旦学报（自然科学版）》2021年第6期768-778,788,共12页邓舒方 王昱泉 胡跃清 
国家自然科学基金(11971117)。
复杂疾病的发生与个体的遗传变异和环境协变量密切相关.在进行遗传位点与性状的关联分析时,环境协变量起着重要作用.如果处理它们的方法不当,可能会带来分析结果的偏差或是检验功效的降低.针对多位点遗传变异信息,我们在整合连锁不平衡...
关键词：多位点 关联分析 调整协变量 倾向得分 
小鼠心脏发育中RNA编辑的动态变化及影响
《解剖学研究》2021年第4期295-301,共7页彭瑛 张峰 
复旦大学附属金山医院青年科研启动基金(JYQN-JC-202010)。
目的探讨RNA编辑在小鼠心脏发育过程中的动态变化并对其功能影响进行分析预测。方法从ArrayExpress数据库获取小鼠心脏发育的转录组数据(E-MTAB-6798),使用SPRINT和ANNOVAR工具识别和注释RNA编辑位点,从编辑酶表达水平、编辑位点数、样...
关键词：RNA编辑 心脏发育 转录组 腺苷脱氨酶 
基于相关个体拷贝数变异数据的趋势检验及在孤独症数据中的应用
《复旦学报（自然科学版）》2020年第6期713-724,共12页吕梦轩 王昱泉 胡跃清 
国家自然科学基金(11971117)。
拷贝数变异是人类基因组遗传多样性的重要组成部分,是当前的研究热点.然而相应的关联研究方法不多,尤其是个体有血缘关系时.本文基于相关个体,在Cochran-Armitage趋势检验的基础上,针对拷贝数变异数据是可基因分型和不可基因分型两种情...
关键词：拷贝数变异 趋势检验 相关个体 孤独症 群体数据 
初始编码及最大序列号均未知时总体容量的估计被引量：1
《复旦学报（自然科学版）》2019年第5期549-559,共11页李亚男 王昱泉 陈国蓝 胡跃清 
国家自然科学基金(11571082)
实际生活中,很多产品的序列号是连续的,估计出最大序列号就知道产品的总产量.例如二战中德军坦克数量的估计就是初始编码为1时最大序列号的估计.但在很多商业活动中,需要估计某产品在某个时间段的产量.本文研究这种初始编码及最大序列...
关键词：序列号估计 极大似然估计 迭代估计 最小方差无偏估计 
基于GenePANDA算法的精神分裂症药物靶基因预测
《复旦学报（自然科学版）》2018年第4期401-411,共11页孙慧 田卫东 
精神分裂症是常见的精神障碍类疾病.目前,治疗精神分裂症的药物存在疗效差、副作用大和耐药性的问题,迫切需要开发新的药物,而发现新的药物靶基因是开发新药的重要环节.为了预测精神分裂症药物的靶基因,我们首先基于DrugBank中药物已知...
关键词：精神分裂症 药物靶基因 网络算法 功能富集分析 
阿尔茨海默症靶基因及其药物的预测研究被引量：2
《复旦学报（自然科学版）》2018年第1期51-58,共8页侯吉 李小林 田卫东 
阿尔茨海默症(AD)是一种起病隐匿的进行性发展的神经系统退行性疾病.目前用于治疗AD的药物主要改善患者的认知功能,延缓疾病的进展.目前,这类药物的研制和开发方兴未艾,新药层出不穷.遗憾的是,几乎所有的药物都未能使患者广泛受益.本文...
关键词：阿尔茨海默症 靶基因 功能富集分析 网络 预测 
罕见变异关联分析中的统计方法研究进展
《数理统计与管理》2017年第6期1028-1038,共11页朱德刚 刘应安 夏业茂 韩秋红 
南京林业大学青年科技创新基金(CX2015027);国家自然科学基金(11471161)的资助
二代测序数据的持续增多以及全基因组关联分析存在着只关注常见变异对表型影响的缺陷,使得研究人员开始考虑罕见变异对表型表达的影响。近年来,涉及罕见变异关联分析的统计方法研究成为一个活跃的领域,大批统计检验方法被相继提出。然而...
关键词：罕见变异 统计方法 全基因组关联分析 二代测序 综述 
一种基于基因组甲基化探针的肺腺癌诊断模型
《复旦学报（自然科学版）》2017年第6期671-680,共10页窦亚光 田卫东 
教育部博士点专项科研基金(博导类)(20120071110018)
由于肺腺癌早期病征不够明显,传统的检测方法难以达到早期临床诊断的要求.目前,基于甲基化分子标记进行癌症的早期诊断则展现出很好的发展前景.本研究在训练集中筛选出在肺腺癌与正常样本中甲基化差异度最大的10个甲基化探针,并基于此...
关键词：肺腺癌 早期诊断 甲基化 探针 广义线性模型 Lasso 
基于病例对照组的检验差异甲基化基因功能区域的方法
《复旦学报（自然科学版）》2017年第6期701-711,共11页马欣宇 王婵 胡跃清 
国家自然科学基金(11571082;11171075)
DNA甲基化是一种重要的表观遗传学修饰,能够参与基因表达调控从而影响生理活动.在病例-对照组研究中,利用甲基化水平定位与疾病相关联的基因功能区域,有助于了解甲基化调控基因表达的机制,为后续研究提供疾病关联基因的线索.目前检验甲...
关键词：差异甲基化检验 亚硫酸氢盐测序 功能富集分析 
用基因互作网络识别胰腺导管腺癌基因生物标记
《复旦学报（自然科学版）》2016年第5期642-648,共7页王新格 田卫东 
胰腺导管腺癌(PDAC)是全球高致死率癌症中的一种.PDAC基因生物标记的识别可以通过构建基因互作网络完成.利用蛋白质互作网络来分析与研究基因表达芯片数据,构建出PDAC基因互作网络并对其划分基因模块,进而筛选出在模块中的PDAC差异性表...
关键词：胰腺导管腺癌 基因生物标记 基因互作网络 功能富集分析 
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