BIOCONDUCTOR

作品数：8被引量：8H指数：2
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相关领域：生物学医药卫生更多>>
相关作者：郭云波邓亲恺郑剑锋吴青肖成路更多>>
相关机构：南方医科大学江西省儿童医院南昌大学第二附属医院中国医学科学院北京协和医学院更多>>
相关期刊：《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》《福建电脑》《南方医科大学学报》《实验与检验医学》更多>>
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simplifyEnrichment:A Bioconductor Package for Clustering and Visualizing Functional Enrichment Results被引量：2
《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》2023年第1期190-202,共13页Zuguang Gu Daniel Hübschmann 
This work was supported by the National Center for Tumor Diseases(NCT)Molecular Precision Oncology Program and the NCT Donations against Cancer Program,Germany.
Functional enrichment analysis or gene set enrichment analysis is a basic bioinformatics method that evaluates the biological importance of a list of genes of interest.However,it may produce a long list of significant...
关键词：Functional enrichment Simplify enrichment CLUSTERING R/Bioconductor Software VISUALIZATION 
SeqSQC: A Bioconductor Package for Evaluating the Sample Quality of Next-generation Sequencing Data
《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》2019年第2期211-218,共8页Qian Liu Qiang Hu Song Yao Marilyn L. Kwan Janise M. Roh Hua Zhao Christine B. Ambrosone Lawrence H. Kushi Song Liu Qianqian Zhu 
supported by the National Cancer Institute (NCI), the National Institutes of Health (NIH), USA (Grant Nos. CA162218 awarded to SL and HZ, CA105274 awarded to LHK, and CA195565 awarded to LHK and CBA);supported by the NCI (Grant No. P30CA016056 awarded to Roswell Park Comprehensive Cancer Center involving the use of DBBR, Genomic, Bioinformatics, and Biostatistics Shared Resources);supported by the Breast Cancer Research Foundation, USA
As next-generation sequencing (NGS) technology has become widely used to identify genetic causal variants for various diseases and traits,a number of packages for checking NGS data quality have sprung up in public dom...
关键词：Next-generation SEQUENCING QUALITY assessment 1000 GENOMES Project Whole-exome SEQUENCING BIOCONDUCTOR PACKAGE 
利用公共数据库挖掘肿瘤关键基因
《实验与检验医学》2015年第6期711-713,744,共4页卢娟 郑剑锋 
目的利用公共数据库挖掘肝癌发生过程的关键基因,为后续的功能验证奠定基础。方法以肝癌表达谱芯片数据GSE33006为例,采用免费开源的R/Bio Conductor分析工具,介绍基本分析步骤,对肝癌表达谱数据进行分析。结果芯片数据GSE33006中,差异...
关键词：肿瘤数据库 基因表达 R/BioConductor 数据挖掘 
基于R语言病人基因微阵列样本分析
《福建电脑》2015年第7期77-79,共3页张苗林 曾碧贵 
本文基于R语言开源的开发平台,提出了一种以Bioconductor为生物计算环境,利用软件包在本地服务器构建初步数据分析系统。主要围绕急性淋巴细胞白血病(Acute lymphobalstic leukemia,ALL)病人基因微阵列样本展开分析研究,利用给定病人的...
关键词：R语言 BIOCONDUCTOR 基因微阵列 数据挖掘 
R/Bioconductor在Affymetrix表达芯片中的应用被引量：5
《生物信息学》2011年第2期138-141,145,共5页甄一松 张伟丽 吴青 肖成路 
中国医学科学院;北京协和医学院CMB基金;国家自然科学基金支持(31000644)支持
R是用于统计计算和数据作图的编程语言和程序设计环境,能在多种平台下编译和运行。Bioconductor也是免费开源的程序设计环境,它主要基于统计编程语言R,用于基因组数据的分析。我们通过已发表的数据,包含斑马鱼心肌再生的生物芯片数据,...
关键词：R BIOCONDUCTOR 生物芯片 心血管医学 
微阵列数据处理平台设计与实现被引量：1
《南方医科大学学报》2011年第4期610-614,共5页孙显赫 郭云波 刘娜 马骊 邓亲恺 
国家重大科技专项资助(2008ZX10003013-02)
目的研制一个基于高性能计算机和Linux下运行的采用B/S模式的微阵列数据处理平台。方法构建以Apache服务器为平台的WEB服务器,采用Perl语言编程,整合R语言与Bioconductor中的微阵列数据分析软件包,满足寡核苷酸微阵列和双色点样微阵列...
关键词：微阵列 生物信息学 寡核苷酸微阵列 双色点样微阵列 R语言 BIOCONDUCTOR 结核分支杆菌 结核性脑膜炎 异烟肼 
基于Bioconductor的微阵列数据处理平台被引量：1
《北京生物医学工程》2010年第5期531-533,共3页王胜军 郭云波 杨俊 杨绍洲 邓亲恺 
随着基因微阵列的广泛应用,其数据处理越来越引起广泛重视。为了使数据处理高效率,规范化且易于实现,我们建立了一种基于Bioconductor的基因微阵列数据处理平台。该基因微阵列数据处理平台建立在Power Cluster 8000IN高性能计算系统上,...
关键词：微阵列 数据处理平台 
《R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用》
《自然科学进展》2006年第11期1458-1458,共1页
本书是国内第一本系统介绍R语言及Bioeonduetor软件包的图书．R语言是一种计算机程序设计语言，Bioeonduetor就是一个基于R语言的、面向基因组信息分析的应用软件集合．Bioeonduetor的应用功能是以包的集成形式呈现在用户面前，它提供...
关键词：计算机程序设计语言 基因组分析 应用软件 DNA微阵列 软件包 信息分析 数据分析 数据包 
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