云南高校图书馆联盟文献共享服务平台- GROMACS

GROMACS: 作品数：15被引量：24H指数：4; 导出分析报告; 相关领域：理学生物学更多>>; 相关作者：李晓霞郭力刘文志杨小震金莲更多>>; 相关机构：中国科学院过程工程研究所中国科学院中国科学院研究生院中国科学技术大学更多>>; 相关期刊：《滁州学院学报》《科研信息化技术与应用》《化学教育（中英文）》《计算机与应用化学》更多>>; 相关基金：国家自然科学基金国家重点实验室开放基金中国科学院知识创新工程博士科研启动基金更多>>

GROMACS在鲲鹏920平台的性能分析及运行优化: 《数据与计算发展前沿（中英文）》2024年第4期182-193,共12页原惠峰陆腾朱延超晏臣马英晋刘倩金钟; 国家重点研发计划“多物理复杂体系科学计算应用平台”(2020YFB0204802);国家自然科学基金“针对密度矩阵重正化群及其衍生方法的高性能计算程序开发研究”(No.22173114)。; 【应用背景】ARM众核架构处理器以其高性能、高并行性及低功耗的特点,在分子动力学、流体及天气模拟等领域扮演着越来越重要的作用。【局限】然而,分子动力学模拟软件运行时不同维度的任务分解策略(如粒子作用、时空域分解等)、多样化...; 关键词：分子动力学 GROMACS 鲲鹏920 性能优化

分子动力学模拟中支持CIF蛋白质文件格式: 《中国科学技术大学学报》2024年第3期1-6,I0007,共7页王恒越张志勇; supported by the National Key Research and Development Program of China (2021YFA1301504);the National Natural Science Foundation of China (91953101);the Chinese Academy of Sciences Strategic Priority Research Program (XDB37040202)。; 分子动力学(MD)模拟能够以非常精细的时间分辨率捕捉蛋白质的全原子动态行为,因此它已经成为蛋白质动力学研究的重要工具。当前有多种MD软件包被广泛使用。MD模拟需要从一个蛋白质初始结构开始,而初始结构一般来自蛋白质数据库(PDB)。直...; 关键词：蛋白质数据库 PDB格式 CIF格式分子动力学模拟 GROMACS

GROMACS 2020在ROCm平台上的移植与优化被引量：4: 《计算机工程与科学》2021年第11期1901-1909,共9页张驭洲曹武迪卜景德谭光明吉青; 国家重点研发计划(2018YFB0204400)。; GROMACS是应用广泛的开源分子动力学模拟软件,当前主要通过CUDA使用NVIDIA GPU进行加速计算。ROCm是一个开源的高性能异构计算平台。基于ROCm平台的HIP编程语言,首次实现了GROMACS 2020系列在ROCm平台上的完整移植。在MI50 GPU上,以一...; 关键词：分子动力学 GROMACS ROCm 应用移植性能优化

基于GROMACS软件的本科生酶工程创新实验项目设计——微生物谷氨酰胺转胺酶在水溶液中的分子动力学模拟被引量：5: 《化学教育（中英文）》2021年第20期102-107,共6页吴楠崔丹丹季宝成白艳红; 国家自然科学基金(31901767);郑州轻工业大学博士科研启动基金(2018BSJJ020)。; 基于分子动力学模拟软件GROMACS设计了微生物谷氨酰胺转胺酶在不同温度水环境下的分子动力学模拟实验,通过计算模拟过程中酶蛋白主链动力学,分子内氢键数目,回转半径以及溶剂可接触表面积的变化,分析温度对酶的结构与功能造成的影响。...; 关键词：微生物谷氨酰胺转胺酶分子动力学模拟主链动力学热变性 GROMACS

粗粒化系统的GROMACS模拟: 《滁州学院学报》2018年第5期24-28,共5页冯剑; 国家自然科学基金(21476072); GROMACS是一款被广泛采用的分子动力学模拟软件。本文从扩展力场出发,使之适用于粗粒化系统的模拟,从而能使用GROMACS标准工具生成拓扑,构建分子系统。同时使用粗粒化的MARTINI势能对两个分子系统进行模拟和验证。最后给出了GROMACS单...; 关键词：分子动力学模拟粗粒化力场 GROMACS

GROMACS软件并行计算性能分析被引量：4: 《计算机系统应用》2016年第12期16-23,共8页张宝花徐顺; 中国科学院青年创新促进会(2016156);"一三五"规划重点培育方向专项项目(CNIC_PY_1404); 分子动力学模拟是对微观分子原子体系在时间与空间上的运动模拟,是从微观本质上认识体系宏观性质的有力方法.针对如何提升分子动力学并行模拟性能的问题,本文以著名软件GROMACS为例,分析其在分子动力学模拟并行计算方面的实现策略,结合...; 关键词：分子动力学模拟 GROMACS 并行计算

Counting the Relative Number of Hydrogen Bonds in Several Alcohol Co-Solvated Systems via GROMACS被引量：1: 《材料科学与工程（中英文A版）》2016年第5期277-282,共6页Guy Francis Mongelli; Acknowledgements I would like to acknowledge the National Science Foundation Award Abstract # 1159327.; 关键词：相对数量氢键酒精溶剂系统计数分子动力学溶剂化自由能溶解性能

基于分子动力学模拟的表面活性剂力场界面的构建及分析被引量：1: 《化学通报》2014年第10期973-973,共1页丁伟李思琦宋晓伟; 以计算机模拟真实环境,根据分子动力学模拟原理以及相关应用,提出了使用分子优化软件,将分割后的分子片段在ATB网站上进行最终优化及拓扑文件的整合,并对抗盐性进行了试验验证,用在构建的界面中研究表面活性剂的活动轨迹以及离子对于此...; 关键词：分子动力学表面活性剂 GROMACS ATB抗盐

nPME对GROMACS软件并行计算性能的影响分析被引量：1: 《计算机应用与软件》2014年第10期13-15,40,共4页寇大治左光宏; 国家高技术研究发展计划项目(2012AA01A308);上海市科委项目(1201H116400); 在分子动力学并行计算的过程中,正确地处理好并行规模与PME(Particle-Mesh Ewald)方法的任务分配,对于提高分子动力学的并行效率具有非常重要的影响。以常用的分子动力学软件Gromacs[1-3]为例,利用上海超级计算中心"魔方"超级计算平台,...; 关键词：并行计算分子动力学 GROMACS PME

Gromacs在神威蓝光超级计算机上的部署及应用: 《科研信息化技术与应用》2013年第1期74-80,共7页朱效民尚远王利; 国家自然科学基金(31070063)资助; Gromacs是一个大型的分子动力学模拟软件。国家超算济南中心拥有两套高性能计算系统,分别为基于Intel CPU构建的高性能计算集群(理论峰值超过100T),以及基于国产SW1600 CPU构建的MPP超级计算系统(理论峰值超过1P)。本文介绍了Gromacs软...; 关键词：神威蓝光分子动力学模拟副本交换 Gromacs软件包

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