蛋白质数据库

作品数:45被引量:184H指数:6
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AlphaFold 3将助力药物研发
《自然杂志》2024年第3期184-184,共1页吴玉(编译) 
2024年5月8日出版的《自然》报道了AlphaFold 3能以较高准确率预测蛋白质与其他生物分子相互作用的结构。AlphaFold 3是该人工智能模型的最新迭代,准确率与之前的专用工具相比显著提升,该模型由谷歌DeepMind和Isomorphic实验室的团队研...
关键词:生物分子相互作用 谷歌 蛋白质数据库 专用工具 ALPHA 药物研发 人工智能模型 实验室 
分子动力学模拟中支持CIF蛋白质文件格式
《中国科学技术大学学报》2024年第3期1-6,I0007,共7页王恒越 张志勇 
supported by the National Key Research and Development Program of China (2021YFA1301504);the National Natural Science Foundation of China (91953101);the Chinese Academy of Sciences Strategic Priority Research Program (XDB37040202)。
分子动力学(MD)模拟能够以非常精细的时间分辨率捕捉蛋白质的全原子动态行为,因此它已经成为蛋白质动力学研究的重要工具。当前有多种MD软件包被广泛使用。MD模拟需要从一个蛋白质初始结构开始,而初始结构一般来自蛋白质数据库(PDB)。直...
关键词:蛋白质数据库 PDB格式 CIF格式 分子动力学模拟 GROMACS 
计算机辅助新药设计相关筛选数据库的研究进展
《东南大学学报(医学版)》2022年第6期876-883,共8页许彤 郭庚妮 蒋南 
江苏省自然科学基金资助项目(BK20211254)。
作者对计算机辅助新药设计与虚拟筛选相关的常用蛋白质、核酸、药效团数据库进行了总结,详细介绍了其构建内容(包括信息来源、数据内容、检索字段等)和使用方法等,并分析了数据库开发的问题和挑战,进而对其发展方向与对策提出见解。
关键词:计算机辅助新药设计 药物虚拟筛选 UniProt数据库 RCSB蛋白质数据库 文献综述 
冷冻电镜技术大众化:拓宽进入日益扩张领域的渠道
《科学新闻》2022年第2期55-58,共4页Chris Tachibana 倪伟波(译) 
冷冻电镜技术可获得超大分子复合物和微小化合物的原子级结构。你的实验室是如何使用这种通用方法的?Bridget Carragher表示,几十年来,冷冻电镜技术(cryo-EM)一直是一个“小众且狭小”的领域。但在2017年,冷冻电镜技术通过了蛋白质数据...
关键词:3D结构 X射线晶体学 数据资源库 蛋白质数据库 大分子复合物 原子级 生物分子 BRIDGE 
百合叶片磷脂酶基因家族转录组学分析被引量:2
《江苏农业科学》2022年第3期36-42,共7页葛金涛 王江英 汤雪燕 腾年军 朱朋波 孙明伟 赵统利 邵小斌 
江苏省农业科技自主创新资金[编号:CX(20)3025];连云港市农业科学院青年基金(编号:QNJJ2004);江苏省政策引导类计划项目(苏北科技专项)(编号:SZ-LYG202039)。
为探究磷脂酶基因家族在百合叶片中的表达情况,利用Illumina测序对百合正常叶片和叶烧病叶片进行转录组测序分析。测序共获得磷脂酶注释基因274个,分为PLA1、PLA2、PLB、PLC和PLD共5类。在KEGG、NR、COG和Swiss-prot等4个蛋白质数据库...
关键词:百合 叶烧病 磷脂酶 注释基因 转录组测序 蛋白质数据库 
UniProt蛋白质数据库简介被引量:44
《生物信息学》2019年第3期131-144,共14页罗静初 
UniProt(https://www.uniprot.org/)是国际知名蛋白质数据库,主要包括UniProtKB知识库、UniParc归档库和UniRef参考序列集三部分。UniProtKB知识库是UniProt的核心,除蛋白质序列数据外,还包括大量注释信息。UniProtKB知识库分Swiss-Prot...
关键词:数据库 蛋白质序列 蛋白质功能 数据库注释 数据库交叉链接 数据库高级检索 
蛋白质数据库(PDB)在基础生物化学课程教学中的应用被引量:8
《高教学刊》2018年第1期71-72,75,共3页张斌 黄伟伟 
西北农林科技大学教学改革研究项目"基础生物化学课程多元化考核体系的建立"(编号:JY1703097)
蛋白质的结构与功能是基础生物化学课程教学中的重点和难点,对生物化学课程知识体系的构建起至关重要的作用。蛋白质分子结构抽象,功能复杂,文章将蛋白质结构数据库中丰富的立体结构资源引入课程教学,对于提升学生的学习兴趣和教学效果...
关键词:生物化学 蛋白质 PDB 
人工智能——科学家的学徒
《世界科学》2017年第9期19-19,共1页胡德良 
在神经网络中,每个概念性的实例都可以产生一个节点。为了对输入数据做出反应,模拟神经元之间的连接会发生变化,而神经网络则会随着变化的发生"进行学习"
关键词:模拟神经元 神经网络 蛋白质数据库 “黑匣子” 博士后研究人员 人类专家 未来学家 神经科学 无人驾驶 不透明 
一种位点注释的蛋白质数据库用于磷酸化肽段的鉴定被引量:2
《色谱》2015年第1期10-16,共7页程凯 王方军 边阳阳 叶明亮 邹汉法 
国家自然科学基金委员会创新研究群体科学基金项目(21321064);国家重点基础研究发展计划项目(2013CB911202)
磷酸化修饰的分析一直是蛋白质组学研究的热点之一。在鸟枪法的蛋白质组学研究中,通过在数据库检索中设定磷酸化为可变修饰可以直接鉴定磷酸化修饰的位点。但是翻译后修饰的引入会增加数据检索空间,造成鉴定灵敏度的降低。为了解决这一...
关键词:蛋白质组学 磷酸化 检索空间 位点注释 
美、德科学家绘出人体蛋白质地图
《生物学教学》2014年第12期73-73,共1页
据2014年5月31日《参考消息》援引报道,美国约翰斯·霍普金斯大学和德国慕尼黑理工大学完成了对人体内大约90%的蛋白质编码基因的比对。前者识别了总计1.73万个蛋白质编码基因,而后者则识别了总计1.8万个蛋白质编码基因,分别占人...
关键词:蛋白质数据库 科学家 地图 编码基因 慕尼黑 大学 识别 
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