叶绿体基因组

作品数：739被引量：1433H指数：32
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贵州海桐叶绿体基因组特征及系统发育分析
《江苏农业科学》2025年第3期35-44,共10页滕尧 杨加文 何选泽 张小英 李嘉昱 陈彩霞 袁茂琴 彭熙 
贵州省科技计划(编号:黔科合基础-ZK[2024]一般625);贵州省林业科研项目(编号:黔林科合[2022]01号)。
为了解贵州海桐(Pittosporum kweichowense)叶绿体基因组基本特征及系统发育关系,本研究基于Illumina高通量测序技术,采用生物信息学方法对序列进行组装,获得贵州海桐完整叶绿体基因组,并对其功能特征、密码子偏好性、简单重复序列、基...
关键词：贵州海桐 叶绿体基因组 结构特征 密码子偏好性 系统发育分析 
板栗叶绿体基因组密码子使用偏好性分析
《江苏农业科学》2024年第21期40-46,共7页杨涌 付丽枝 王萌 王旋 刘静 于立洋 王东升 路艺 张海娥 
国家重点研发计划(编号:2022YFD2200400);河北省重点研发计划(编号:21326304D);河北科技师范学院博士启动基金(编号:2023YB026)。
为明确板栗叶绿体基因组密码子使用偏好性及其形成原因,利用CodonW与EMBOSS软件对从板栗叶绿体基因组密码子中筛选出来的52条蛋白编码序列进行分析。结果显示,板栗叶绿体基因组密码子中同义密码子相对使用频率超过1的有31个,并且多以A或...
关键词：板栗 叶绿体基因组 密码子 使用偏好性 最优密码子 
白蜡树叶绿体基因组结构特征及系统发育分析
《江苏农业科学》2024年第16期36-44,共9页黄松 张辉 邱林 王辉 但汉平 李凤英 许芳芳 
国家自然科学基金(编号:31860228、31360197);河南省科技攻关项目(编号:212102110186);河南省科技兴林项目(编号:YLK202138);信阳市苗木花卉培育重点实验室项目。
为确定白蜡树叶绿体基因组结构特征,密码子偏好性模式及系统发育关系。以10年生白蜡树叶片为材料,利用高通量技术测定叶绿体基因组DNA序列,组装、注释基因组后,进行序列分析。结果表明,白蜡树叶绿体基因组为典型的4分区域结构,全长为155...
关键词：白蜡树 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子 序列分析 
桑属植物叶绿体基因组特征比较及系统发育分析被引量：1
《江苏农业科学》2024年第7期34-40,共7页张浩蓉 秃玉翔 李启少 曹正英 赵文植 沈伟祥 孙正海 
云南省科技人才与平台计划(编号:202205AF150022);西南林业大学科研预研基金。
探究桑属叶绿体基因组特征及该属物种的系统发育进化关系。收集8种桑属植物叶绿体基因序列,基于最大似然法重建桑属植物系统发育关系,并运用生物信息学手段进行叶绿体基因组特征分析。桑树叶绿体基因组结构为典型的四段式结构,大单拷贝...
关键词：桑属 叶绿体基因组 特征 系统发育 
硬头黄竹叶绿体基因组密码子偏好性分析
《江苏农业科学》2024年第3期67-72,共6页龚明贵 白娜 李影 姜霞 
贵州省林业局项目(编号:黔林科合[2019]06号);国家自然科学基金(编号:31860178)。
以硬头黄竹叶绿体基因组为研究对象,使用CodonW、CUSP以及R语言等软件分析密码子偏好性形成的主要原因。结果表明:(1)硬头黄竹叶绿体基因组密码子的平均GC含量为39.59%,且GC_(1)>GC_(2)>GC_(3),表明密码子偏好使用以A/U结尾的碱基;(2)...
关键词：硬头黄竹 密码子偏好性 叶绿体基因组 最优密码子 
柔毛郁金香叶绿体基因组密码子偏好性分析被引量：2
《江苏农业科学》2023年第22期41-47,共7页秦斗文 徐庭亮 闫京艳 巨秀婷 
中国科学院“西部之光”项目[编号:中科人字(2022)4号];青海省“昆仑英才”科技领军人才培养项目[编号:青人才字(2022)1号]。
阐明柔毛郁金香(Tulipa buhseana)叶绿体基因组密码子使用模式,丰富野生郁金香种质资源的遗传背景信息。以柔毛郁金香的53条蛋白编码序列(CDS)为研究对象,结合Codon W、EMBOSS在线软件及R语言,计算密码子数量、有效密码子数、GC含量,并...
关键词：柔毛郁金香 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子 
金冠8-18油桃叶绿体全基因组序列特征及其系统发育被引量：1
《江苏农业科学》2023年第19期30-36,共7页龚意辉 谢雪阳 魏媛媛 周桂花 李丽梅 曾永贤 
湖南省科技特派员服务乡村振兴项目(编号:2022NK4218);湘潭市农业科学研究所横向项目(编号:380220590112)。
以金冠8-18油桃为试材,利用Illumina NovaSeq 6000测定金冠8-18的DNA序列,采用SPAdes v3.10.1软件组装叶绿体基因组,以桃树叶绿体基因组(MZ673795.1)为参考序列,对金冠8-18叶绿体基因组序列特征及其系统发育地位进行研究。结果表明:金冠...
关键词：油桃 叶绿体基因组 组装 SSR位点 系统发育 
黄荆坪竹根椒叶绿体基因组密码子使用偏好性及影响因素分析被引量：3
《江苏农业科学》2023年第20期28-34,共7页龚意辉 唐诗眙 周桂花 陈磊 张斌 李鹏 
湖南省教育厅科学研究重点项目(编号:20A281);湖南省自然科学基金面上项目(编号:2021JJ30376);湖南省科技特派员服务乡村振兴项目(编号:2022NK4218);湘潭市农业科学研究所横向项目(编号:380220590112)。
为了解黄荆坪竹根椒(Capsicum annuum L. cv Huang Jingping)叶绿体基因组密码子使用模式,以其51条蛋白编码序列(coding sequence, CDS)为研究对象,采用Codon W 1.4.2、CUSP、 Excel 2010、SPSS 16.0等软件对黄荆坪竹根椒密码子的GC含...
关键词：黄荆坪竹根椒 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子 
古老月季叶绿体基因组密码子分析被引量：2
《江苏农业科学》2023年第17期34-41,共8页程培蕾 严陶韬 高静瑶 张彤钰 
江苏省高等学校基础科学(自然科学)研究面上项目(编号:21KJB210006);江苏省种业振兴“揭榜挂帅”项目[编号:JBGS(2021)091];江苏省林业科技创新与推广项目[编号:LYKJ(2021)02];苏州农业职业技术学院博士提升计划科研启动基金项目(编号:BS2103)。
我国古老月季月月粉具有连续开花、重瓣和标志性茶香等优良性状,是重要的育种材料。为明确月月粉叶绿体基因组密码子的特点,从NCBI网站获得了完整的叶绿体基因组信息,并对所有基因的密码子使用偏性进行计算分析。结果表明,月月粉叶绿体...
关键词：月季 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子 
南欧大戟叶绿体基因组密码子偏好性分析被引量：2
《江苏农业科学》2023年第15期35-41,共7页余涛 蒲芬 管芹 范敏 
云南省乡村振兴科技专项(编号:202204BK090318);云南省地方高校联合专项(编号:202001BA070001-104)。
为了揭示南欧大戟叶绿体基因组密码子使用偏性及形成原因,以南欧大戟叶绿体基因组中长度大于300 bp的非重复蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.1、CUSP在线程序等生物信息学分析工具对其密码子偏性及使用模式进行分析。结果表明...
关键词：南欧大戟 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子 
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