刘祥

作品数：4被引量：5H指数：1
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供职机构：上海大学更多>>
发文主题：化学反应系统反应扩散方程基因调控网络子空间方法帆船更多>>
发文领域：理学生物学文化科学经济管理更多>>
发文期刊：《应用数学和力学》《应用科学学报》《计算机与应用化学》《上海大学学报（自然科学版）》更多>>
所获基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金更多>>
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改进的多尺度随机算法
《计算机与应用化学》2009年第2期161-166,共6页闫正楼 彭新俊 周文 刘祥 王翼飞 
国家自然科学基金资助项目(30571059);国家高科技研究发展计划(863)专项资助项目(2006AA02Z190).
多尺度随机模拟算法(multiscale stochastic simulation algorithm,MSSA)是模拟刚性化学反应系统的有效算法。但该算法对于慢-子系统上分子数目较大的刚性系统是低效的。为了有效地模拟该类系统,本文提出了τ-Leap算法改进的多尺度随机...
关键词：化学反应系统 MSSA算法 IMSSτ算法 τ-Leap算法 
蛋白质系统突变分析及系综优化算法的计算机实现
《上海大学学报（自然科学版）》2008年第4期377-382,共6页沈称意 李冯 彭新俊 刘祥 王翼飞 
国家高技术研究发展计划(863计划)资助项目(2006AA02Z190)
蛋白质突变分析是研究蛋白质活性位点、蛋白质相互作用分析及蛋白质功能的重要手段,由于常规的实验方法费时费力,计算机模拟蛋白质位点系统突变,并对突变的效果作合理的评价就显得尤为重要.介绍了计算机模拟蛋白质位点系统突变的实现方...
关键词：自治系综优化 蛋白质系统突变 突变分析 可及表面积 
加速随机模拟化学反应系统的“最后所有可能的步进”方法被引量：4
《应用数学和力学》2008年第3期342-350,共9页周文 彭新俊 刘祥 闫正楼 王翼飞 
国家自然科学基金资助项目(30571059);国家高技术研究发展(S63)计划资助项目(AA0272190)
提出了一种改进的模拟化学反应系统的加速方法,称为"最后所有可能的步进"(FAPS)方法.此方法不仅可以用较少的模拟次数得到整个运行过程中任何时刻物种的统计特性,而且还可以与leap算法相结合,有效地进行大规模的化学反应系统的模拟.数...
关键词：“最后所有可能的步进”方法 随机模拟算法 化学反应系统 
改进的非齐性空间反应扩散主方程的随机模拟被引量：1
《应用科学学报》2007年第6期651-656,共6页刘祥 周文 闫正楼 王翼飞 
国家自然科学基金(30571059);国家"863"高技术研究发展计划(2006AA02Z190)资助项目
提出一种改进的下一子空间算法,与原先的下一子空间算法相比,可以模拟更为复杂空间结构中的生化反应,并在某些情况下还可以降低计算量.该文以一个生化反应系统为例,分别利用原先的下一子空间算法和该文的改进算法进行了模拟.结果表明,...
关键词：基因调控网络 反应扩散方程 Gillespie算法 下一子空间方法 
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