杜文义

作品数：9被引量：5H指数：1
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供职机构：成都大学四川抗菌素工业研究所更多>>
发文主题：分子对接分子动力学模拟HIV-1整合酶复合物构象变化更多>>
发文领域：医药卫生理学生物学更多>>
发文期刊：《计算机与应用化学》《分子科学学报》《江苏农业科学》《中国药科大学学报》更多>>
所获基金：国家自然科学基金四川省教育厅科学研究项目更多>>
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HIV-1整合酶四聚体的模建及结构基础研究
《江苏农业科学》2017年第22期32-37,共6页左柯 胡建平 杜文义 梁立 刘嵬 苟小军 
国家自然科学基金(编号:11247018;11147175);四川省教育厅科研重点项目(编号:12ZA066);乐山市科技计划(编号:14SZD018)
HIV-1整合酶(HIV-1 IN)是目前开发抗艾滋病药中最具潜力的药物靶点之一,四聚体是该蛋白发挥生物学功能的主要聚集体形式。为了得到IN四聚体与病毒DNA的复合物,并研究其运动性与生物学功能的关系,采用同源模建、结构优化及叠落等方法,在...
关键词：HIV-1整合酶四聚体 病毒DNA 高斯网络模型 各向异性网络模型 分子对接 
肺炎克雷伯碳青霉烯酶与β-内酰胺酶抑制蛋白复合物的运动模式被引量：3
《四川大学学报（自然科学版）》2017年第3期585-594,共10页左柯 杜文义 代田洋 刘嵬 梁立 胡建平 
国家自然科学基金(11247018;11147175);四川省教育厅科研重点项目(12ZA066);乐山市科技计划项目(14SZD018)
肺炎克雷伯碳青霉烯酶能水解临床治疗多药耐药菌感染的碳青霉烯类抗生素,严重削弱革兰氏阴性菌感染的治疗效果.开发新型有效专一的肺炎克雷伯碳青霉烯酶抑制剂有助于提高此类抗生素的治疗有效率.β-内酰胺酶抑制蛋白能竞争性抑制肺炎克...
关键词：炎克雷伯碳青霉烯酶 β-内酰胺酶抑制蛋白 粗粒化模型 分子对接 抑制剂设计 
鲍曼不动杆菌LpxC的同源模建及分子对接
《分子科学学报》2017年第1期1-9,共9页左柯 胡建平 杜文义 刘嵬 梁立 苟小军 
国家自然科学基金资助项目(11247018);四川省教育厅科研重点资助项目(12ZA066);乐山市科技计划项目(14SZD018)
鲍曼不动杆菌已成为最普遍的医院致病菌,且耐药情况严峻.LpxC作为新抗菌药物靶点被大量研究,但鲍曼不动杆菌LpxC晶体尚未解析得到,基于其结构的药物设计等工作无法开展.以铜绿假单胞菌LpxC晶体结构为模板,通过同源模建方法获得鲍曼不动...
关键词：鲍曼不动杆菌 LpxC 同源模建 分子对接 分子动力学模拟 
HIV-1逆转录酶的分子对接及运动功能相关性分析被引量：1
《原子与分子物理学报》2016年第6期963-972,共10页杜文义 胡建平 左柯 梁立 刘嵬 苟小军 
国家自然科学基金(11247018;11147175);四川省教育厅科研重点项目(12ZA066);乐山市科技计划项目(14SZD018)
目的研究逆转录酶的运动性和生理功能的关系,以及N-乙酰基-β-芳基-1,2-二脱氢乙胺类衍生化合物与其的分子识别,方法采用高斯网络模型和各向异性网络模型研究了p66和p66-DNA的运动模式差异,并用分子对接方法研究化合物与逆转录酶的识别...
关键词：HIV-1逆转录酶 高斯网络模型 各向异性网络模型 分子对接 新药设计 
羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶的分子模拟研究
《中国药科大学学报》2016年第5期551-559,共9页杜文义 胡建平 左柯 刘嵬 梁立 代田洋 
国家自然科学基金资助项目(No.11247018,No.11147175);四川省教育厅科研重点项目资助项目(No.12ZA066);乐山市科技计划资助项目(No.14SZD018)~~
为了研究羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶识别的机制以及构象变化,采用Auto Dock对58个羟基异吲哚酮类衍生物与整合酶进行了分子对接,并对抑制HIV-1整合酶活性较好的两个化合物所形成的复合物模型分别进行了16 ns的分子动力学模拟。...
关键词：羟基异吲哚酮类衍生物 分子对接 分子动力学模拟 HIV-1整合酶 构象分析 
Pim-1蛋白激酶与3,5-二取代吡唑并吡啶衍生物的分子识别研究
《成都大学学报（自然科学版）》2016年第2期107-112,共6页梁立 胡建平 杜文义 左柯 刘嵬 苟小军 
国家自然科学基金(11247018;11147175);四川省教育厅科研重点课题(12ZA066)资助项目
具有丝/苏氨酸激酶活性的Pim-1蛋白激酶(Pim-1 protein kinase,PPK)的过度表达能导致肿瘤的发生,是一个有效的抗肿瘤药物作用靶点.对PPK与3,5-二取代吡唑并吡啶衍生物(3,5-Disubstituted pyrazolopyridine derivatives,DPD)的复合物进行...
关键词：Pim-1蛋白激酶 分子动力学模拟 成簇分析 自由能曲面图 构象变化 
HCV NS3/4A蛋白酶与Faldaprevir类似物的分子识别机制及其复合物运动模式
《生物工程学报》2016年第5期669-682,共14页梁立 胡建平 杜文义 左柯 刘嵬 苟小军 
国家自然科学基金(Nos.11247018;11147175);四川省教育厅科研重点项目(No.12ZA066);乐山市科技计划项目(No.14SZD018)资助~~
Faldaprevir类似物(Faldaprevir analogue molecule,FAM)能有效抑制HCV NS3/4A蛋白酶的催化活性,是一种潜在抗HCV先导化合物。通过生物信息学统计分析了已报道的HCV NS3/4A蛋白酶晶体结构,得到了FAM-HCV NS3/4A蛋白酶晶体结构。对FAM-HC...
关键词：HCV NS3/4A蛋白酶 Faldaprevir类似物分子 分子动力学模拟 结合自由能 构象变化 
二酮酸化合物与HIV-1整合酶识别的分子模拟研究
《中国抗生素杂志》2016年第3期200-211,共12页杜文义 胡建平 左柯 代田洋 刘嵬 梁立 苟小军 
国家自然科学基金(No.11247018和No.11147175);四川省教育厅科研重点项目(No.12ZA066);乐山市科技计划项目(No.14SZD018)
目的研究二酮酸类化合物（diketoacids，DKAs）与HIV-1整合酶（integrase，IN）的分子识别机制和二者复合物的构象变化，为预测同类化合物抑制活性提供理论支持。方法使用AutoDock程序包将10个二酮酸类化合物与整合酶进行了分子对接，...
关键词：二酮酸类 HIV-1整合酶 分子对接 分子动力学模拟 自由能分解 
流感病毒A型核酸内切酶与羟基嘧啶酮衍生物识别的分子动力学模拟被引量：1
《计算机与应用化学》2015年第8期926-932,共7页杜文义 梁立 刘嵬 左柯 胡建平 苟小军 
国家自然科学基金(11247018;11147175);四川省教育厅科研重点项目(12ZA066);乐山市科技计划项目(14SZD018)
流感病毒A型核酸内切酶（Influenza A Endonuclease,IAE）是目前抗流感新药物研发的重要靶标。本文对IAE单体及其与羟基嘧啶酮衍生物（Hydroxy pyrimidine-ketone derivatives,HPD）抑制剂的复合物分别进行了2.1 ns的分子动力学模拟。...
关键词：流感病毒A型核酸内切酶 分子动力学模拟 自由能曲面 成簇分析 分子识别 
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