国家自然科学基金(30571059)

作品数:18被引量:34H指数:3
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模拟化学反应系统的快速无偏τ-Leap算法被引量:1
《计算数学》2009年第3期309-322,共14页彭新俊 王翼飞 
国家自然科学基金(30571059);国家高科技研究发展计划(863)专项资助项目(2006AA02Z190);上海市重点学科资助(S30405);上海师范大学校级项目(SK200937)
化学反应系统中的Leap算法可在获得较好精度的同时大幅提高模拟速度,最近提出的无偏Leap方法有效地克服了由Leap时间区间内的反应次数的近似均值与真实均值之间的偏差引起的Leap算法的误差的不足,本文讨论了一个基于物种相对改变估计真...
关键词:化学反应系统 Leap算法 快速无偏γ-Leap算法 快速无偏时滞 γ-Leap算法 
Support vector machine for predicting protein interactions using domain scores
《Journal of Shanghai University(English Edition)》2009年第3期207-212,共6页彭新俊 王翼飞 
supported by the National Natural Science Foundation of China (Grant No.30571059);the National High-Technology Research and Development Program of China (Grant No.2006AA02Z190);the Shanghai Leading Academic Discipline Project (Grant No.S30405)
Protein-protein interactions play a crucial role in the cellular processsuch as metabolic pathways and immunological recognition. This paper presents a new domain score-based support vector machine (SVM) to infer pr...
关键词:protein-protein interactions DOMAINS support vector machine (SVM) domain score 
双模糊渐进直推式支持向量机算法被引量:9
《模式识别与人工智能》2009年第4期560-566,共7页彭新俊 王翼飞 
国家自然科学基金项目(No.30571059);国家863计划项目(No.2006AA02Z190)资助
直推式支持向量机(TSVM)是支持向量机与直推式学习相结合的重要算法.文中为TSVM中的临时标签样本引入双模糊隶属度以及样本修剪策略,构建一种双模糊渐进直推式支持向量机(BFPTSVM)算法.该算法可有效降低TSVM的计算复杂度及核存储量.模...
关键词:直推式支持向量机(TSVM) 直推式学习 双模糊隶属度 双模糊支持向量机 样本修剪策略 
改进的多尺度随机算法
《计算机与应用化学》2009年第2期161-166,共6页闫正楼 彭新俊 周文 刘祥 王翼飞 
国家自然科学基金资助项目(30571059);国家高科技研究发展计划(863)专项资助项目(2006AA02Z190).
多尺度随机模拟算法(multiscale stochastic simulation algorithm,MSSA)是模拟刚性化学反应系统的有效算法。但该算法对于慢-子系统上分子数目较大的刚性系统是低效的。为了有效地模拟该类系统,本文提出了τ-Leap算法改进的多尺度随机...
关键词:化学反应系统 MSSA算法 IMSSτ算法 τ-Leap算法 
CCH-based geometric algorithms for SVM and applications
《Applied Mathematics and Mechanics(English Edition)》2009年第1期89-100,共12页彭新俊 王翼飞 
Supported by the National Natural Science Foundation of China (No. 30571059);the National High-Tech Research and Development Program of China (No. 2006AA02Z190);Shanghai Leading Academic Discipline Project (No. 530405)
The support vector machine (SVM) is a novel machine learning tool in data mining. In this paper, the geometric approach based on the compressed convex hull (CCH) with a mathematical framework is introduced to solv...
关键词:support vector machine (SVM) compressed convex hull kernel parameter geometric approach probabilistic speed-up 
基于CCH的SVM几何算法及其应用被引量:2
《应用数学和力学》2009年第1期90-100,共11页彭新俊 王翼飞 
国家自然科学基金资助项目(30571059);国家高科技研究发展计划(863)专项资助项目(2006AA02Z190);上海市重点学科资助项目(S30405)
支持向量机(support vector machine(SVM))是一种数据挖掘中新型机器学习方法.提出了基于压缩凸包(compressed convex hull(CCH))的SVM分类问题的几何算法.对比简约凸包(reduced convex hull(RCH)),CCH保持了数据的几何体形状,并且易于...
关键词:支持向量机 压缩凸包 核参数 几何方法 概率加速 
总间隔v-支持向量机及其几何问题被引量:10
《模式识别与人工智能》2009年第1期8-16,共9页彭新俊 王翼飞 
国家自然科学基金项目(No.30571059);国家863计划项目(No.2006AA02Z190)资助
提出总间隔v-支持向量机(TM-v-SVM),该算法可取得比v-SVM更好的理论分类性能.研究表明TM-v-SVM等价于求解特征空间中的两个压缩凸包的最近点对.讨论压缩凸包的相关性质,并给出对应的几何算法.数值模拟实验表明TM-v-SVM和对应的几何算法...
关键词:支持向量机(SVM) 总间隔支持向量机(TM—SVM) 总间隔v-支持向量机(TM-v-SVM) 压缩凸包(CCH) 几何算法 
基于残基序列信息的蛋白质相互作用位点预测(英文)被引量:1
《计算机与应用化学》2008年第6期649-653,共5页彭新俊 王翼飞 
Supported by the National Natural Science Foundation of China(30571059);the National High-Tech Research and Develop-ment Program of China(2006AA022190).
蛋白质相互作用位点在细胞进程中有着非常重要的作用.尽管利用高通量方法发现蛋白质相互作用位点取得很大的成功,仍需要计算方法辅助预测实验中的相互作用位点.本文提出了基于残基序列谱、进化率和疏水性的预测异源蛋白质复合物作用位...
关键词:支持向量机 蛋白质相互作用位点 序列谱 进化率 疏水性 向量表示 
DC-CLUSTER软件的设计与开发
《微计算机信息》2008年第14期56-58,227,共4页李冯 沈称意 王翼飞 
国家自然科学基金(30571059);863项目(2006AA02Z190)
目前,基因芯片的信息挖掘已成为生物信息学研究的热点之一,引起了广泛的重视。特别是高密度的DNA微阵列,由于它荷载了成千上万个DNA片段,可用于高通量的生物学检测,其开发和利用已进入商业化阶段,而其信息处理和信息挖掘更受关注。本文...
关键词:生物信息学 基因芯片 聚类分析 差异基因 
改进的概率权重随机模拟算法被引量:4
《应用科学学报》2008年第4期397-402,共6页周文 刘焕 王翼飞 
国家自然科学基金(No.30571059);国家“863”高技术研究发展计划(No.2006AA02Z190)资助项目
提出了一种改进的概率权重随机模拟算法(IPW SSA),该算法自适应地确定权重因子,对反应率常数跨度很大的系统的化学反应动力学的随机模拟更为有效、实用.文中以两个化学反应系统为例,分别使用原始的和改进的概率权重随机模拟算法对其进...
关键词:随机模拟算法 概率权重 化学反应系统 
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