国家自然科学基金(30971480)

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基于提升小波的基因芯片数据的分类预测
《应用数学与计算数学学报》2014年第2期218-227,共10页凌玲 衣娜 王翼飞 
国家自然科学基金资助项目(30971480)
针对肿瘤的早期诊断,提出了一种基于提升小波变换的特征提取的方法,对肿瘤数据样本进行分析鉴别.该方法利用提升小波变换对190例肝癌(包括对照)和107例肺癌(包括对照)基因表达谱芯片数据进行处理后,提取信号的低频信息,经支持向量机训...
关键词：提升小波 支持向量机 核函数 交叉验证 肝癌和肺癌基因芯片 
多重时滞生化反应系统的MD-Leaping算法
《上海大学学报（自然科学版）》2013年第1期75-79,共5页庄刚 衣娜 答亮 王翼飞 
国家自然科学基金资助项目(30971480)
针对多重时滞生化反应系统,提出MD-Leaping模拟算法,该算法能快速有效地刻画封闭系统中生化反应的进程和结果.相较于D-Leaping算法,针对单时滞反应建立以反应序列为主体的四元结构体,该算法通过对多重时滞反应系统建立以不同时滞时间为...
关键词：多重时滞系统 随机模拟算法 生化反应系统 MD-Leaping算法 
α-synuclein蛋白与A-β肽和β-synuclein蛋白相互作用位点的预测
《上海大学学报（自然科学版）》2012年第2期178-182,共5页王群群 答亮 王翼飞 
国家科技重大专项资助项目(2009ZX09103-686);国家自然科学基金资助项目(30971480);上海市重点学科建设资助项目(S30104);上海市教委重点学科建设资助项目(J50101)
α-synuclein蛋白的异常聚集是引起帕金森病的重要因素.实验研究发现,α-synuclein蛋白能与多个蛋白相互作用.在相互作用的蛋白质中,有的可以促进α-synuclein的异常聚集,如A-β肽;有的可以抑制α-synuclein的异常聚集,如β-synuclein蛋...
关键词：α-synuclein蛋白 A-β肽 β-synuclein蛋白 同源建模 分子对接 活性位点 
基于Java3D的蛋白质相互作用网络成像软件
《微计算机信息》2011年第11期98-99,11,共3页金鼎立 答亮 冯铁男 王翼飞 
基金申请人:答亮;项目名称:新的端粒酶抑制蛋白LPTS的抗肿瘤药效研究;基金颁发部门:国家科技重大专项(2009ZX09103-686);基金申请人:答亮;项目名称:乙肝病毒X蛋白(HBx)调节细胞自吞噬的分子机制研究;基金颁发部门:国家自然科学基金(30971480)
蛋白质-蛋白质相互作用网络三维呈现对于蛋白质组学的进一步研究有着重要的促进作用。本文利用Java6.0开发工具包,设计了一个蛋白质相互作用网络显示的软件(Protein-Protein Interaction Network Expandor,简称PINE)。PINE从目前三个常...
关键词：蛋白质-蛋白质相互作用网络 质心分布 三维显示 立体双图 
利用提升小波的蛋白质相互作用特征提取
《应用数学与计算数学学报》2011年第2期235-244,共10页冯铁男 答亮 金鼎立 王翼飞 
科技部重大科技专项资助项目(2009ZX09103-686);国家自然科学基金资助项目(30971480);上海大学研究生创新基金资助项目(SHUCX101072)
利用提升小波从蛋白质序列中提取出它们相互作用的频谱特征,经支持向量机训练学习后,用于预测蛋白质间的相互作用.模拟计算结果表明,在阳性数据和阴性数据平衡的前提下,利用提升小波获取的低维蛋白质相互作用特征向量可以得到较高预测精...
关键词：提升小波 相互作用特征 数据平衡 蛋白质相互作用 
生化反应系统的加速τ-Leap模拟算法
《应用科学学报》2011年第2期203-208,共6页衣娜 庄刚 王翼飞 
国家自然科学基金(No.30971480);国家科技重大专项基金(No.2009ZX09103-686);上海市教委重点学科建设项目基金(No.J50101);上海市重点学科建设项目基金(No.S30104)资助
该文重新定义了临界反应,以更合理地界定可能出现负分子组分的反应.在此基础上提出了加速τ-leap算法,使系统中某些反应物数目较少时也可以采用τ-leap方法进行模拟,同时提高了模拟速度.以两个生化反应系统模型为例,分别用精确的随机模...
关键词：步长选择策略 临界反应 τ-leap算法 随机模拟算法 生化反应系统 
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