云南高校图书馆联盟文献共享服务平台- MRBAYES

MRBAYES: 作品数：10被引量：34H指数：3; 导出分析报告; 相关领域：生物学更多>>; 相关作者：周剑夫夏宏举张驰傅绍春刘晓光更多>>; 相关机构：南开大学北京化工大学中国科学院湖南省林业科学院更多>>; 相关期刊：《病毒学报》《安徽农业科学》《中国人兽共患病学报》《武汉大学学报（理学版）》更多>>; 相关基金：国家自然科学基金中国科学院战略性先导科技专项国家高技术研究发展计划江苏省农业科技支撑计划项目更多>>

基于混合路径HMC的分子树空间采样方法: 《计算机科学》2023年第12期322-329,共8页李晓鹏凌诚高敬阳; 北京市自然科学基金(5182018)。; 随着现代分子序列数据越来越丰富,描述物种间历史关系的树状拓扑空间也急剧扩大,系统发育树的可靠推断仍面临着巨大挑战。近年来,马尔可夫链蒙特卡洛算法(MCMC)家族中最先进的哈密顿马尔可夫蒙特卡洛(HMC)算法被证明可以应用于系统发育...; 关键词：MRBAYES 树空间哈密顿马尔可夫蒙特卡洛(HMC) 多模态后验分布混合路径

一种基于GPU的核苷酸分子系统发育树条件似然概率可扩展并行计算方法: 《计算机科学》2022年第S02期919-925,共7页黄佳为李晓鹏凌诚; 国家自然科学基金(61602026); 贝叶斯与Metropolis-Hastings算法的高效实现让MrBayes成为使用广泛的分子序列系统发育分析工具。然而,分子序列与进化参数的增加导致候选分子树样本空间急剧扩大,使得系统发育树的重构工作面临巨大计算挑战。为降低MrBayes系统发育分...; 关键词：MRBAYES 似然计算 GPU 并行计算 CUDA编程

贝叶斯支端定年法推断分异时间和演化速率: 《古脊椎动物学报（中英文）》2021年第4期333-341,共9页张驰; 中国科学院率先行动百人计划青年俊才(C类)和中国科学院战略性先导科技专项(B类)(编号:XDB26000000)资助。; 贝叶斯支端定年法是近些年开发的推断类群分异时间和演化速率的方法。它克服了传统分步计算的缺陷,但涉及的统计学知识也更多。本文从贝叶斯统计计算的角度分层剖析了支端定年法的原理和计算过程,按照分异时间的先验分布、演化速率的先...; 关键词：贝叶斯支端定年法石化生灭过程宽松钟 Mk模型 MRBAYES

基于全基因组序列的新型冠状病毒SARS-CoV-2多算法进化树分析被引量：3: 《病毒学报》2020年第6期1014-1019,共6页傅奇庄峙厦黄华斌何少贵肖玉娟; 新型冠状病毒(SARS-CoV-2)作为一种RNA病毒,具有高突变率的特征,自新型冠状病毒肺炎(COVID-19)发生以来,病毒基因组已出现了一定程度的突变,可以通过进化分析对其进行分类,以辅助分析病毒感染源。由于时间较短,总体突变率仍然较低,利用...; 关键词：新型冠状病毒(SARS-CoV-2) COVID-19 进化树 Paup MRBAYES MEGA

MrBayes分子钟定年之程序（英文）被引量：1: 《古脊椎动物学报》2019年第3期241-252,共12页张驰; supported by the 100 Young Talents Program of Chinese Academy of Sciences and partly supported by the Strategic Priority Research Program of Chinese Academy of Sciences (XDB26000000)~~; 介绍了利用MrBayes进行分子钟定年的研究概况和程序。利用一个整合分子序列和形态特征的膜翅目昆虫的数据,展示了两种现代方法:全证据定年和节点定年,并对这两种方法的相似点和不同之处进行比较和讨论。此外,还用无分子钟的方法对同一...; 关键词：贝叶斯系统发育推断分子钟定年马尔可夫链蒙特卡罗 MRBAYES

福建省2004-2010年登革病毒E蛋白基因序列分析(英文)被引量：11: 《中国人兽共患病学报》2012年第10期973-977,共5页黄萌张拥军林梅清王金章严延生翁育伟; Supported by the Priority Programs in Science and Technology,Fujian Province(No.2010Y0010);the Priority Programin 863Project in China(No.2011AA02A114)~~; 通过登革病毒包膜蛋白基因序列测定与进化分析,确定2004 2010年间福建省登革病毒的主要来源地。方法提取登革病毒分离株的RNA,扩增病毒外膜蛋白基因,扩增产物经TA克隆后提取质粒并测序,应用相关专业软件做序列分析。结果在测定的12株登...; 关键词：登革热包膜蛋白进化树贝叶斯 MRBAYES

MrBayes（MC）~3GPU算法的优化: 《武汉大学学报（理学版）》2012年第2期157-164,共8页暴洁夏宏举周剑夫王刚刘晓光; 国家自然科学基金(60903028;61070014)资助项目;天津市科技支撑计划重点项目(11ZCKFGX01100); 为了进一步提高CPU-GPU协同贝叶斯种系发生算法n(MC)3的并发度,本文在n(MC)3算法基础上提出了优化算法,修改算法并行策略,重组计算次序,削弱相邻计算节点之间的依赖关系,增强GPU空闲单元的利用,实现了更高的加速比,显著提高了算法性能.; 关键词：种系发生贝叶斯 CUDA 流并发度

桂东黄菌的科学名称辨识兼及庆元黄靛的正名: 《湖南林业科技》2011年第2期9-13,41,共6页谭著明申爱荣傅绍春刘小娟唐树文; 国家科技部"863"项目(2007AA021506);湖南省农业成果转化基金项目(2008NK4027); 用形态分类和ITS序列分析法对湖南桂东黄菌进行了鉴定,用基于Bayians理论和Markov chain Monte Carl(MCMC)算法的MrBayes3.1.2软件,将桂东黄菌与Genbank中牛肝菌科40个物种85个ITS序列进行系统发育树分析。结果表明,以欧洲缘盖牛肝菌(Bo...; 关键词：小美牛肝菌缘盖牛肝菌 ITS序列谱系树 MRBAYES

系统发生分析程序MrBayes 3.1使用方法介绍被引量：10: 《安徽农业科学》2009年第33期16665-16669,共5页王勇陈克平姚勤; 江苏大学高级人才科研启动基金项目(09JDG029);江苏省农业科技支撑项目(BE2008379); 在介绍MrBayes3.1程序基本特点以及Nexus文件准备的基础上,选取普通DNA序列、普通蛋白质序列、含编码区域的DNA序列、mRNA序列以及混合型数据文件为例分别介绍了MrBayes3.1程序的基本使用方法,为初学者正确使用该程序提供了操作指南,同...; 关键词：系统发生分析贝叶斯推理法 MRBAYES 3.1 使用方法

Estimating ancestral distributions of lineages with uncertain sister groups:a statistical approach to Dispersal-Vicariance Analysis and a case using Aesculus L.(Sapindaceae) including fossils被引量：9: 《Journal of Systematics and Evolution》2009年第5期349-368,共20页A.J.HARRIS; a National Science Foundation (USA) grant made to Xiang(DEB-0444125);supported by a NSF grant funded to D.E.Soltis (DEB-0090283); We propose a simple statistical approach for using Dispersal-Vicariance Analysis （DIVA） software to infer biogeographic histories without fully bifurcating trees. In this approach, ancestral ranges are first optimiz...; 关键词：AESCULUS biogeography DIVA fossil wildcards MRBAYES phylogenetic uncertainty.

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