生物序列

作品数：109被引量：133H指数：6
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四种常用的生物序列比对软件比较被引量：4
《生物信息学》2016年第1期56-60,共5页陈凤珍 李玲 操利超 严志祥 
国家自然科学基金资助项目(U1301252)
随着高通量测序技术的快速发展,下一代测序技术也迅速发展为生物领域中的主流技术,而理解下一代测序数据最重要的一步是比对。比对是进行后续生物信息分析的基石,也因此催生了很多比对软件。本文主要选取了四种常用的比对软件Bowtie2、...
关键词：下一代高通量测序 比对软件 生物信息 
GPGPU加速生物序列比对研究进展
《生物信息学》2013年第2期115-119,共5页沈玉琳 金能智 孙一桐 者建武 马尧 
甘肃省重点实验室建设计划(NO.1106RTSA021);甘肃省2012年陇原青年创新人才扶持计划
序列比对是生物信息学中最常用和最经典的研究手段。生物序列比对需要有强大计算能力的硬件支撑,而近年快速发展起来的GPGPU正好可堪此任。本文首先介绍GPGPU的发展过程,进而讲述GPGPU硬件设备与其编程环境,然后对GPGPU做科学计算时需...
关键词：GPGPU 序列比对 数学库函数 
基于知识库的基因组数据整合分析
《生物信息学》2011年第4期318-321,共4页杨文涛 石建涛 陈明杰 徐海峰 王侃侃 张济 
国家自然科学基金重大项目(项目号:90919059)
数据整合逐渐成为生物数据分析的重要方向。随着高通量技术的广泛应用,基因组序列数据大量产生,而如何充分、高效地整合这些序列数据成为了一个难题。本文从序列角度出发设计了一套新的数据整合方法:序列群富集分析(SequenceSet Enrichm...
关键词：数据整合 生物序列 生物信息学 SSEA 
基于图形硬件加速的生物序列比对算法研究被引量：1
《生物信息学》2011年第2期146-150,154,共6页张林 柴惠 沃立科 袁小凤 黄燕芬 
浙江省自然科学基金(Y2080844);浙江省医药卫生科学研究基金(2009B112);浙江省教育厅资助项目(Y200906336)
生物序列比对是生物信息学的基础,是当今功能基因组学研究中最常用、最重要的研究方法之一。本文对各类序列比对算法优缺点进行分析,对图形硬件的优势进行挖掘。在此基础上,将各类序列比对算法中准确性最高的动态规划算法予以实现,并将...
关键词：序列比对 动态规划算法 图形硬件 
生物软件在序列分析过程中的运用被引量：4
《生物信息学》2010年第4期321-324,329,共5页邵西群 巴恒星 李志鹏 章秀婷 杨福合 
介绍了组合使用BLAST、FASTA/BLASTScan3.2,或用多序列比对软件,从数据库中快速提取大数量目标序列,最后用MEGA4快捷编辑整理大数量序列的方法。还介绍了一种生成核酸序列与其氨基酸序列相似性百分率整合表格的方法。简述了对引物设计...
关键词：生物序列 检索 分析 软件 
生物序列的聚类分析被引量：2
《生物信息学》2009年第1期64-67,共4页杨晶 高韡 谷小萱 张向宇 魏雪丽 田心 
国家自然科学基金(30770545)项目
通过不同的聚类方式,对公共数据库中生物序列数据进行生物信息的挖掘,以达到在更广泛和更深入的框架中了解它们之间的相互关系的目的。以帕金森病相关基因所对应的mRNA序列为例,使用双序列比对的得分值作为序列之间的距离定义。同时为...
关键词：生物序列 序列的比对 基因 模糊聚类 层次聚类 
生物序列局部联配中的马赛克问题的一种解决方法
《生物信息学》2006年第3期117-120,共4页黄均才 王凤碧 周明天 
电子科学基金(No.51415010101DZ02)
生物信息学中,Smith Waterman算法用于同源长序列的局部联配时,经常会出现马赛克问题(相似度很低的保守区域夹在两个相似度很高的区域中间)。在分析问题成因的基础上,提出利用动态加速扣分策略解决马赛克问题,即在计算得分矩阵的过程中...
关键词：生物序列联配 SMITH Waterman算法 马赛克问题 动态加速扣分策略 
基于对齐的生物序列相似性分析被引量：2
《生物信息学》2005年第2期81-84,共4页张少宏 戴宪华 
国家自然科学基金(60474075)。
生物序列相似性(或差异性)分析是生物信息学研究的一种重要的方法。其中基于对齐的生物序列相似性分析方法,重点介绍基于隐马尔可夫模型的比较方法,并比较基于对齐的各种生物序列分析方法的优缺点。
关键词：相似性分析 对齐 隐马尔可夫模型 生物序列分析 生物信息学 序列相似性 比较方法 差异性 优缺点 
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