生物序列

作品数：109被引量：133H指数：6
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融合信息量差异和聚类精炼的多Motif识别
《小型微型计算机系统》2017年第9期1971-1976,共6页王迎国 钟诚 
国家自然科学基金项目(61462005)资助;广西自然科学基金项目(2014GXNSFAA118396)资助
采用信息量差异扩展采样Markov链的排斥力函数,使排斥力的值增加,推动两条相互靠近的采样Markov链向不同的区域探索,使motif位置概率矩阵元素值得到更新,避免motif识别算法过早陷入局部最优解,以发现更多的候选motif;利用信息量对motif...
关键词：生物序列 多motif识别 排斥力 聚类精炼 GIBBS采样 
面向OpenCL架构的大规模生物序列比对被引量：2
《小型微型计算机系统》2012年第2期392-398,共7页陈钢 韦刚 李国波 裴颂文 吴百锋 
上海市重点学科建设基金项目(B114)资助;AMD大学合作计划基金项目资助
为提高生物序列比对算法的性能和效率,提出一种异构处理平台下可移植的大规模生物序列比对算法及其优化方法.通过改变原有Smith-Waterman算法的计算流程和数据依赖关系,增加序列比对的并行性;通过改变存储器布局后使用向量数据类型,提...
关键词：OPENCL GPU 生物序列比对 SMITH-WATERMAN算法 
基于纳米计算结构上的生物序列模体发现算法被引量：3
《小型微型计算机系统》2007年第4期635-639,共5页沈一飞 陈国良 张强峰 
国家自然科学基金项目(60533020)资助.
模体发现对于预测基因特殊功能位点和鉴别药物作用目标等有重要的应用价值.本文介绍了一种纳米计算平台系统结构模型—CellMatrix以及在其上实现的DNA序列模体发现算法.CellMatrix是一种针对纳米计算平台提出的由同构晶格组成的可重构...
关键词：纳米计算平台 模体发现 CELL MATRIX 
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