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1株猪源动物联合乳杆菌S7全基因组测序及生物信息学分析
《中国畜牧兽医》2025年第1期25-38,共14页刘辉 季海峰 王四新 陈美霞 张董燕 
重点研发计划(2022YFD1300400);北京市农林科学院科技创新能力建设专项(KJCX20240507);北京市农林科学院畜牧兽医研究所改革与发展项目(XMS202307);国家自然科学基金(32202705)。
[目的]旨在对1株具有较强耐酸耐胆盐特性的猪源动物联合乳杆菌S7进行全基因组测序及生物信息学分析。[方法]结合三代PacBio RSⅡ和二代Illumina HiSeq 2000测序技术对动物联合乳杆菌S7进行了全基因组测序,在此基础上使用GO、EggNOG、KEG...
关键词：猪 动物联合乳杆菌 全基因组测序 基因注释 
一株柴油降解菌Bacillus S3-2-LX的筛选鉴定和基因组测序分析
《西华师范大学学报（自然科学版）》2024年第6期569-578,共10页叶春宏 杨蕊毓 彭超 路璐 
国家自然科学基金项目(42107278);四川省科技厅应用基础研究项目(2021YJ0295,2022YEN0065);西华师范大学科研创新团队项目(CXTD2020-3)。
柴油污染对环境生物多样性和人类健康造成了严重威胁,微生物修复是目前柴油污染场地修复中的重要手段之一。以柴油为唯一的碳源,从四川某高校一垃圾堆放点的土壤中分离出一株芽孢杆菌属Bacillus的菌株S3-2-LX,菌体呈杆状,菌落呈乳白色...
关键词：柴油降解菌 分离和鉴定 芽孢杆菌属 基因组测序 基因注释 
苹果源云南链核盘菌近染色体水平基因组图谱构建与基因注释
《菌物学报》2024年第11期117-130,共14页戴承凤 谭颖 李幸运 吴若坤 孙广宇 梁晓飞 
国家苹果产业技术体系(CARS-27);国家重点研发计划(2023YFD1401400)。
褐腐病是核果和仁果等水果作物上的重要真菌病害,可导致采前和采后果实腐烂给生产带来重大损失。褐腐病由链核盘菌属真菌侵染引起,在我国有多个病原种,其中云南链核盘菌Moniliniayunnanensis是地理分布和寄主范围均较广的一个优势种,然...
关键词：苹果褐腐病 链核盘菌 基因组 适应进化 
基于Illumina Bovine SNP 50K芯片对比利时蓝牛的遗传规律解析
《黑龙江畜牧兽医》2024年第20期45-52,62,125,126,共11页王雪艳 李小鹏 韩亚辉 刘悦欣 陶雪雨 韩志鹏 杨睿智 张成龙 周稳 徐新如 刘书东 
大学生创新创业训练计划项目(202210757004);新疆维吾尔自治区西门塔尔牛(安格斯)牛群体改良技术体系项目(2023XM-20)。
为了研究大型肉牛比利时蓝牛生长发育的遗传规律,筛选优异基因,试验基于Illumina Bovine SNP 50K芯片数据,采用PLINK软件对270头比利时蓝牛常染色体数据进行基因组长纯合片段(ROH)检测并基于选择信号分析,通过核苷酸多态性检测取前5%的...
关键词：比利时蓝牛 Illumina Bovine SNP 50K芯片 长纯合片段 选择信号分析 基因注释 基因功能富集分析 
贝莱斯芽胞杆菌CS1.13生物合成TTMP相关基因分析及其发酵调控
《中国食品学报》2024年第10期37-46,共10页白丽君 兰箐松 张旭旭 鲁紫瑶 方海宇 刘君 禹艳春 蒋雪薇 
湖南省重点研发项目(2023NK2035);湖南省自然科学基金青年科学基金项目(2023JJ40017);湖南省教育厅优秀青年项目(23B0306);湖南省大学生创新训练计划项目(S202210536119)。
为解析芽胞杆菌四甲基吡嗪(TTMP)生物合成途径,对筛选自高盐稀态酱醪的贝莱斯芽胞杆菌CS1.13全基因组进行注释,结合固态发酵研究其TTMP的生物合成途径及调控特征,结果显示:COG、GO及碳水化合物活性酶注释发现CS1.13参与氨基酸代谢及转...
关键词：贝莱斯芽胞杆菌 四甲基吡嗪 基因注释 发酵调控 
产三峡肽素的草酸青霉SG-4的全基因组测序
《生物学杂志》2024年第5期20-25,共6页张极峰 白晓轩 刘超 李婧 李奥 刘士平 
湖北省自然科学基金项目(2023AFB188)。
为充分解析草酸青霉SG-4的遗传信息,利用二代Illumina测序和三代PacBio测序相结合的方法对SG-4的全基因组进行测序,经过基因组组装、基因预测和功能注释后,对全基因组进行共线性分析和次级代谢产物合成基因簇预测。结果表明,草酸青霉SG-...
关键词：草酸青霉 SG-4 基因组 基因注释 三峡肽素 
白化红点齿蟾蝌蚪皮肤的转录组学分析
《水产学杂志》2024年第4期18-27,共10页柴鑫 杨卫诚 
国家自然科学基金项目(No.30560024);贵州省科技基金项目(黔科合LH字LKS〔2016〕,7207号合支撑〔2017〕2811号,黔科合重大专项字〔2016〕3022号).
为探究喀斯特洞穴的代表物种——红点齿蟾蝌蚪(Oreolalax rhodostigmatus)白化的分子调控机制,采用Illumina HiSeqTM4000对白化和黑色红点齿蟾蝌蚪皮肤组织进行了转录组测序,探寻基因表达差异,为红点齿蟾适应性进化提供理论依据。结果显...
关键词：红点齿蟾蝌蚪 皮肤白化 转录组测序 基因注释 
两种叶色血叶兰的转录组分析
《东南园艺》2024年第4期285-295,共11页吴英详 杨俊杰 陈芸芸 蔡坤秀 陈羡德 张天翔 吴思浩 符稳群 郑涛 
福建省科技计划项目(2019N0017);福建省自然科学基金项目(2021J011001)。
【目的】为丰富血叶兰转录组数据信息,以期帮助兰科植物的功能基因挖掘。【方法】本试验通过Illumina测序平台对两种叶色血叶兰的叶片进行转录组测序和生物信息学分析。【结果】两种叶色血叶兰样品各三个重复总计产出37.23 Gb Clean rea...
关键词：血叶兰 转录组 基因注释 叶色 
花椒根腐病拮抗菌株W-1基因组测序及抑菌机理研究
《南方农业学报》2024年第6期1639-1652,共14页田凤鸣 陈强 何九军 张晓娜 王国斌 
国家自然科学基金地区基金项目(12061065);甘肃省青年科技基金项目(21JR7RK913);2021年度陇南市科技计划项目(2021-13);2023年度陇南市科技计划项目(2023-S.QKJ-32)。
【目的】分析贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis)W-1的全基因组序列信息,探究其对花椒根腐病的生防机理,为该菌的高效开发和应用提供生物信息学基础,并为该菌开发为生物农药提供理论支持。【方法】采用三代PacBio平台测序技术对菌株W-...
关键词：花椒根腐病 贝莱斯芽孢杆菌 基因组测序 基因注释 抑菌机理 
基于BSA-seq的甜瓜抗枯萎病相关基因的定位与候选基因的注释
《分子植物育种》2024年第10期3156-3165,共10页杨梦飞 夏玲 梁昕景 韩晓燕 杨小锋 
海南省重大科技计划项目(zdkj201901);海南省自然科学基金青年基金项目(321QN0974)共同资助。
为挖掘甜瓜抗枯萎病相关基因,本研究以高抗枯萎病自交系YN为母本,高感枯萎病自交系CG为父本构建F_(2)群体,基于F_(2)群体分别构建极端高抗混池和高感混池,对子代混池和双亲池开展30×覆盖深度的全基因组重测序,通过计算2个子代池的SNP-i...
关键词：甜瓜 枯萎病 抗病性 BSA-seq 基因注释 
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