剪接位点识别

作品数：18被引量：38H指数：3
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基于BERT和CNN的基因剪接位点识别
《计算机应用》2023年第10期3309-3314,共6页左敏 王虹 颜文婧 张青川 
国家自然科学基金项目资助项目(61873027)。
随着高通量测序技术的发展,海量的基因组序列数据为了解基因组的结构提供了数据基础。剪接位点识别是基因组学研究的重要环节,在基因发现和确定基因结构方面发挥着重要作用,且有利于理解基因性状的表达。针对现有模型对脱氧核糖核酸(DNA...
关键词：剪接位点识别 BERT 卷积神经网络 深度学习 脱氧核糖核酸 
基于支持向量机的供体剪接位点识别
《数码设计》2018年第12期82-82,共1页曾莹 
湖南农业大学东方科技学院2016年青年科学基金项目(16QNZ01):基于机器学习的分子序列信号位点识别研究.
剪接位点识别是基因识别中的关键环节。本文对待测样本采用0/1编码,以表征各位置上的碱基,并结合碱基二联体出现的频次,最后采用支持向量机(SVM)进行分类决策。HS3D数据集上的仿真结果显示,本方法获得的预测精度为92.84%。
关键词：剪接位点 基因识别 支持向量机(SVM) 0/1编码 
多尺度组分特征和位点关联特征相融合的剪接位点识别被引量：1
《计算机工程与应用》2014年第10期120-123,187,共5页周雄 
为了提高剪接位点的识别精度,提出一种多尺度组分和位点关联特征相融合的剪接位点识别模型(MSC-APR)。确定剪接位点序列保守性的窗口长度,分别提取序列的多尺度组分和位点关联特征,然后将两类特征组合输入最小二乘支持向量机构建剪接位...
关键词：剪接位点 最小二乘支持向机 位点关联特征 多尺度组分特征 
基于快速傅里叶变换的剪接特征提取被引量：3
《北京理工大学学报》2014年第2期207-210,共4页吕佳 彭勤科 
国家自然科学基金资助项目(61173111;60774086);国家教育部高等学校博士学科点专项科研基金资助课题(20090201110027)
挖掘剪接特征是剪接位点识别算法的基础,在频域空间挖掘对位点识别有帮助的特征至关重要.利用基于快速傅里叶变换的剪接特征提取方法对其进行特征提取,该方法能够将时域信息转化到频域中,以此来构建所需的频域特征,为了比较还构建了位...
关键词：快速傅里叶变换 生物信息处理 剪接位点识别 
一种基于概率统计特征的剪接位点识别方法被引量：2
《计算机工程与应用》2011年第31期182-184,共3页李绍燕 邓伟 
依据剪接位点附近存在的序列保守性出现了多种机器学习识别方法,如基于统计概率的方法、基于隐马尔可夫模型(Hidden Markov Model,HMM)的方法和基于支持向量机(Support Vector Machines,SVM)的方法等,这些方法识别精度较高,但算法过程...
关键词：剪接位点识别 机器学习 概率统计特征 
KL距离的变长马尔可夫模型识别人类剪接位点
《生物物理学报》2011年第8期719-726,共8页李绍燕 邓伟 
针对传统基因剪接位点识别方法具有所用到的序列长,且参数多的问题,论文提出了一种基于KL距离的变长马尔可夫模型(Kullback Leibler divergence-variable length Markovmodel,KL-VLMM)。该模型在变长马尔可夫模型的基础上进行改进,由KL...
关键词：变长马尔可夫模型 剪接位点识别 KL距离 
基于模糊支持向量机的剪接位点识别被引量：2
《计算机应用》2011年第4期1117-1120,共4页孙波 李小霞 李铖果 
为了提高模糊支持向量机(FSVM)对剪接位点的识别精度,提出一种计算样本隶属度的新方法。将样本到两聚类中心的距离比值作为样本的初始隶属度,采用K近邻(KNN)方法计算样本的紧密度,最后将初始隶属度与紧密度的乘积作为样本的最终隶属度,...
关键词：模糊支持向量机 隶属度 紧密度 剪接位点识别 选择性剪接 
利用多样性增量位置得分函数预测人类5'非翻译区剪接位点被引量：1
《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》2009年第4期274-278,共5页陈丽萍 吕军 
内蒙古工业大学校重点基金项目(ZD200607)
5’非翻译区中的剪接位点两侧不存在由编码区到非编码区的状态转换,所以通常的识别剪接位点的算法在非翻译区的性能不太理想.本文把多样性增量的位置得分函数应用到5’非翻译区剪接位点的识别中.对于供体端,正负集样本数之比为1∶17,识...
关键词：5’非翻译区 剪接位点识别 多样性增量位置得分函数 
Takagi-Sugeno模型在剪接位点识别中的应用被引量：1
《大连海事大学学报》2007年第4期60-64,共5页郭烁 朱义胜 
国家自然科学基金资助项目(60671061)
为降低基因剪接位点识别算法复杂度和计算量,根据剪接位点上下游序列的保守特性及碱基组成随位点邻近序列GC含量变化等统计特征,建立Takagi-Sugeno模糊模型.通过模型输出值和阈值比较,判断真实的剪接位点.基于模糊似然函数的模糊聚类算...
关键词：Takagi—Sugeno模型 剪接位点 识别 模糊似然函数 最小二乘法 阈值 GC含量 
人工神经网络和支持向量机在剪接位点识别上的应用被引量：1
《科技资讯》2007年第22期215-216,共2页杨艳 
将人工神经网络和支持向量机应用于剪接位点的识别中,并用标准测试数据集进行了5倍率交叉验证,测试结果显示人工神经网络和支持向量机对剪接位点的识别效果优于目前广泛使用的权阵列模型。
关键词：人工神经网络 支持向量机 基因 剪接位点 
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