RNA二级结构预测算法

作品数：11被引量：29H指数：3
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相关期刊：《计算机工程与应用》《小型微型计算机系统》《计算机技术与发展》《南京大学学报（自然科学版）》更多>>
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基于OpenCL的RNA二级结构预测算法被引量：1
《计算机技术与发展》2017年第9期1-6,共6页汪方良 施慧彬 
国家"973"重点基础研究发展计划项目(2014CB744900)
包含假结的RNA二级结构预测在计算分子生物学中一直是一个重要的研究领域,而预测包含任意类型假结结构已被证明为NP完全问题。为了解决此类问题,在CPU平台上实现了一种改进的遗传算法。该算法可预测包含两类假结结构的RNA序列,敏感性可...
关键词：RNA二级结构预测 假结 OPENCL 异构计算 
RNA二级结构预测算法的研究进展被引量：1
《湖南农业科学（下半月）》2014年第9期3-8,共6页黄伊子 李都悦 刘伟 周玮 
国家自然科学基金青年项目(31301388);湖南省自然科学基金(14JJ3092);湖南省科学技术厅科技计划项目(2014GK3046);湖南农业大学大学生科技创新基金(团委)资助科研项目(18);湖南农业大学植物保护学院"大学生创新性实验计划项目"(SAY1106)
在简要介绍了RNA的基础知识之后,对RNA二级结构的定义、表示方法、数据库等内容进行了详细阐述,并重点探讨了RNA二级结构预测方法的原理、适用范围及优缺点。目前,传统的RNA二级结构预测方法有比较序列分析法和最小自由能算法;新进发展...
关键词：RNA二级结构预测 算法 综述 
CPU/GPU系统上存储高效的RNA二级结构预测算法被引量：2
《小型微型计算机系统》2014年第5期1080-1084,共5页郑明 钟诚 
国家自然科学基金项目(60963001)资助
通过建立映射变换函数来改进基于最小自由能的RNA二级结构预测计算模型,分析证明了改进后的计算模型与原计算模型的等价性,利用改进后的计算模型使得GPU每个warp线程束内的线程并行计算矩阵元素时其所需的数据处于全局存储器同一行中,...
关键词：RNA二级结构预测 GPU计算 并行算法 动态规划 最小自由能 
基于局部茎搜索的RNA二级结构预测算法被引量：3
《生物化学与生物物理进展》2009年第1期115-121,共7页陈翔 卜东波 张法 高文 
国家重点基础研究发展计划(973)资助项目(2002CB713807);中国科学院前沿知识创新项目(20076020);国家自然科学基金资助项目(60503060;90612019;60752001)~~
RNA的二级结构预测是生物信息学中一个已经有30多年历史的经典问题,基于最小自由能模型(MFE)的优化算法是使用最为广泛的方法.但RNA结构中假结的存在使MFE问题理论上成为一个NP-hard问题,即使采用动态规划等优化算法也会面临时间复杂度...
关键词：RNA二级结构预测 假结 NP-HARD 启发式算法 
基于快速动态权重匹配的RNA二级结构预测算法被引量：2
《计算机应用》2008年第8期2006-2009,共4页骆嘉伟 彭政 
湖南省自然科学基金资助项目(06JJ4076)
在动态权重匹配算法的基础上提出了基于快速动态权重匹配的RNA二级结构预测算法。通过引入最大动态权重茎区搜索算法降低时间复杂度和扩大搜索假结的区域提高预测假结的能力,使得快速动态权重匹配算法与动态权重匹配算法相比,不仅具有O(...
关键词：RNA 假结 二级结构 动态权重 
基于免疫粒子群集成的RNA二级结构预测算法被引量：5
《计算机工程与应用》2007年第3期26-29,共4页胡桂武 彭宏 
国家自然科学基金资助项目(30230350);广东省自然科学基金资助项目(06301003)。
RNA二级结构预测在计算生物学中具有重要意义,针对RNA二级结构预测,提出了一种新的免疫粒子群集成算法,根据个体的浓度和适应值概率,利用免疫机制,在粒子群优化算法中设计了免疫替换算子,有效防止了粒子群优化算法易陷入局部最优的缺陷...
关键词：RNA二级结构 计算生物学 粒子群优化算法 免疫机理 协同进化 
RNA二级结构预测算法的设计与实现被引量：1
《计算机工程与科学》2006年第7期82-84,94,共4页李恒武 朱大铭 纪秀花 
国家自然科学基金资助项目(60273032)
本文提出了一个预测RNA二级结构的计算模型和动态规划算法。该算法采用子序列的组合策略和RNA二级结构的内在特性,计算多个平面伪结点和一个非平面伪结点结构。与Rivas算法相比,该算法减少了2n4的空间,并将时间复杂度由O(n6)降为O(n5)...
关键词：RNA二级结构 动态规划 热动力学 
计算最大堆迭的RNA二级结构预测算法被引量：4
《南京大学学报（自然科学版）》2005年第5期532-537,共6页刘振栋 李恒武 朱大铭 
国家自然科学基金(60273032)
RNA二级结构预测用于蛋白质功能分析,在生物信息学研究中具有重要意义.提出了一个时间复杂度为O(n2)的基于Greedy算法思想的算法.基于“堆迭结构相对稳定”的RNA分子结构特征,算法思想为计算具有最多堆迭的RNA二级结构.用VC++编程实现...
关键词：RNA二级结构 伪结点 NPC 动态规划 热动力学 
日新月异的RNA二级结构预测被引量：11
《自然杂志》2003年第6期314-322,共9页刘海军 史定华 王翼飞 
国家高技术研究发展计划 (86 3计划 )专项经费资助 (课题编号 :2 0 0 2AA2 340 2 1)
对RNA结构与功能的研究是当今生物信息学一个非常重要的课题 ,对RNA自身功能的认识在当前已经得到了极大的拓展和深入 ,而研究它更可以作为研究蛋白质结构与功能以及DNA序列中基因信息的突破口 .本文系统介绍了从上世纪 70年代以来发展...
关键词：DNA序列 基因信息 生物信息学 功能 蛋白质 RNA二级结构预测算法 碱基配对 
RNA二级结构预测算法
《计算机科学》2002年第z1期275-278,共4页李恒武 朱大铭 
　　1引言 　　热动力学最小自由能量方法预测RNA二级结构起始于Tinoco等人[1].1975年Pipas与Mcmahom首先进行了最小化自由能量的计算方法的研究[2],其时间复杂度为O(2n),且仅用于小于200个核苷酸的短序列.Studnicka等进一步定义了折叠...
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