蛋白质结构域

作品数:32被引量:40H指数:4
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基于语言模型的蛋白质结构域边界预测方法
《浙江工业大学学报》2024年第5期521-529,共9页张贵军 汪乾梁 彭春祥 
国家重点研发资助项目(2019YFE0126100);国家自然科学基金资助项目(62173304)。
蛋白质结构域对于蛋白质结构和功能研究具有重要意义。针对目前从头预测蛋白质结构域的方法普遍存在精度不高、耗费资源多等问题,提出了一种基于语言模型的蛋白质结构域边界预测方法DomTransformer,该方法基于蛋白质结构分类数据库(CATH...
关键词:蛋白质结构域 语言模型 从头预测 
中子自旋回波:研究蛋白质结构域动力学的利器
《物理》2024年第3期174-183,共10页孙喆炘 崔腾飞 储祥蔷 
国家自然科学基金委员会-中国工程物理研究院联合基金(批准号:U2230207)资助项目。
蛋白质作为生物系统这种复杂分子机器的重要组成部分之一,理解它们内部的结构及其在不同时间及空间尺度上的运动,对于研究生命的运作机理至关重要。相较于其他实验手段,中子自旋回波技术能探测到更大时空范围的性质,在研究蛋白质内部的...
关键词:中子散射 中子自旋回波 蛋白质结构域动力学 核技术及应用 
蛋白质结构域边界网络流预测方法被引量:1
《小型微型计算机系统》2023年第9期1892-1897,共6页余众泽 彭春祥 张贵军 
国家重点研究开发计划项目(2019YFE0126100)资助;国家自然科学基金项目(62173304)资助;浙江省自然科学基金重点项目(LZ20F030002)资助.
结构域边界预测是蛋白质结构和功能研究的重要问题.针对目前大多数结构域边界预测方法精度低的局限性,提出一种基于网络流的蛋白质结构域边界预测算法GraphDom.该算法将蛋白质结构域边界预测问题转化为网络流分割问题,根据设计的边容量...
关键词:蛋白质结构域 结构域边界预测 网络流 接触距离 
青狗尾草RNAi途径相关基因的全基因组鉴定和表达分析
《生物技术通报》2023年第1期175-186,共12页罗皓天 王龙 王禹茜 王月 李佳祯 杨梦珂 张杰 邓欣 王红艳 
国家自然科学基金项目(31100172);辽宁省科技厅自然科学基金计划面上项目(2022-MS-174)。
RNAi途径是RdDM途径的衍生途径,其中的AGO、DCL和RDR蛋白在植物的生长发育和响应非生物/生物胁迫过程中发挥重要作用。为了研究RNAi途径的3种主要蛋白在青狗尾草中的序列及结构特征,利用比较基因组学方法,在青狗尾草中鉴定到13个AGO基因...
关键词:RNAI 基因家族鉴定 蛋白质结构域 转录组 青狗尾草 
NOTCH3基因EGFr区域突变与CADASIL表型
《国际脑血管病杂志》2022年第6期443-447,共5页张晨 张在强 
首都临床特色应用研究与成果推广基金(Z171100001017080)。
伴皮质下梗死和白质脑病的常染色体显性遗传性脑动脉病(cerebral autosomal dominant arteriopathy with subcortical infarcts and leukoencephalopathy,CADASIL)是一种成年起病的遗传性小血管病,由位于染色体19p13区域的NOTCH3基因突...
关键词:CADASIL 受体 NOTCH3 蛋白质结构域 基因型 表型 
C端结构域截短提高苏云金芽孢杆菌来源几丁质酶的活力被引量:1
《微生物学报》2022年第4期1379-1389,共11页黎欣宇 邓旭 蒋思婧 周玉玲 欧阳玉茹 贺妮莎 张桂敏 
国家自然科学基金(31970059);湖北省教育厅中青年项目(202010701301003)。
【目的】尝试利用蛋白质结构域工程的手段优化苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis BMB 171)来源的几丁质酶BtChiA的酶活力,并对水解胶体几丁质的产物进行定性和定量分析。【方法】根据BtChiA的序列分析其结构域的组成,构建BtChiA及...
关键词:苏云金芽胞杆菌 几丁质酶 蛋白质结构域工程 酶活力 
PTD4-Cu,Zn-SOD原核重组表达载体优化及蛋白表达被引量:3
《中国医药生物技术》2021年第3期215-221,共7页程艳 万婷婷 薛荣亮 
国家自然科学基金(81471131)。
目的优化PTD4-Cu,Zn-SOD原核重组表达载体以增加SOD融合蛋白表达。方法通过基因工程设计引物并优化PTD4-Cu,Zn-SOD原核重组表达载体,扩增并鉴定目的基因,将优化后的原核重组表达载体以热激法转化至E.coliBL21(DE3)中,通过IPTG诱导重组...
关键词:蛋白质结构域 超氧化物歧化酶 质粒 
红球菌低分子量型腈水合酶的异源激活及激活子的结构域功能
《生物工程学报》2020年第8期1578-1589,共12页王甜忆 程中一 郭军玲 夏媛媛 刘中美 周哲敏 
国家自然科学基金(No.21878125);国家重点研发计划(Nos.2016YFE0127400,SQ2017YFGH001004)资助。
腈水合酶激活子具有亚基自身交换伴随子或者金属离子伴随子的功能,能够辅助腈水合酶摄取金属离子,对于腈水合酶的活性表达必不可少。与腈水合酶自身相比,激活子的序列保守性低,研究其激活作用的特点,探索其结构与功能之间的关系,对于理...
关键词:腈水合酶 激活子 结构模拟 蛋白质结构域 
基于蛋白质结构域特异性的关键蛋白质识别算法被引量:1
《计算机与数字工程》2020年第1期29-33,62,共6页杨増光 
关键蛋白质的识别对于理解细胞的生长调控过程、疾病研究和药物设计等方面具有重要的意义。随着高通量技术的发展,越来越多的蛋白质相互作用数据被获取,使得可以从网络水平上研究关键蛋白质。目前,许多基于蛋白质网络拓扑特征的算法被提...
关键词:蛋白质相互作用网络 关键蛋白质 边聚集系数 蛋白质结构域 TF-IDF 
基于时序加权PPI网络的关键蛋白质识别被引量:3
《计算机工程与应用》2019年第23期150-162,共13页胡健 朱海湾 毛伊敏 
国家自然科学基金(No.41562019,No.41530640);江西省自然科学基金(No.20161BAB203093,No.GJJ161566);江西省教育厅科技项目(No.GJJ151528,No.GJJ151531);省社科规划项目(No.13YD020)
关键蛋白质是生物体内一切生命活动中不可缺少的物质基础,关键蛋白质的识别不仅可以从理论上理解生命活动机理,同时在实际应用中为药物研制、疾病治疗提供重要基础。目前,现有的关键蛋白质识别算法大多应用在静态PPI网络上,忽略了蛋白...
关键词:关键蛋白质 保守蛋白质 混合动态保守蛋白质的时序加权网络 蛋白质结构域 共表达复合物中心性 
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