蛋白质结构预测

作品数：225被引量：488H指数：9
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基于K-mer扭转角偏好的蛋白质结构类型预测
《生物信息学》2021年第1期35-46,共12页万晓耕 
蛋白质的序列、结构和功能多种多样。大量研究表明蛋白质的结构与其氨基酸序列的排序有关,并且局部的氨基酸序列环境对蛋白质的结构具有一定的影响。本文提出一种新的基于5-mer氨基酸扭转角统计偏好的蛋白质结构类型预测方法,该方法通过...
关键词：蛋白质结构预测 分类 氨基酸序列 K-mer 扭转角 
基于遗传算法预测2D三向的蛋白质结构
《生物信息学》2019年第1期24-30,共7页夏慧芳 郭雨珍 江宏昊 
国家自然科学基金青年科学基金(11601288)
本文基于范德华力势能预测2D三向的蛋白质结构。首先,将蛋白质结构预测这一生物问题转化为数学问题,并建立基于范德华力势能函数的数学模型。其次,使用遗传算法对数学模型进行求解,为了提高蛋白质结构预测效率,我们在标准遗传算法的基...
关键词：蛋白质结构预测 范德华力势能 遗传算法 调整算子 
利用粒子群算法在菱形网格上预测蛋白质结构（英文）被引量：2
《生物信息学》2017年第2期105-111,共7页陶凤英 郭雨珍 
国家自然科学基金青年科学基金(11601288)
本文在菱形网格上研究讨论了二维HP模型。首先,将蛋白质结构预测问题转化成一个数学问题,并简化成氨基酸序列中每个氨基酸与网格格点的匹配问题。为了解决这个数学问题,我们改进并扩展了经典的粒子群算法。为了验证算法和模型的有效性,...
关键词：蛋白质结构预测 最优化模型 粒子群算法 调整策略 
距离约束的HMC采样算法在蛋白质结构预测中的运用
《生物信息学》2016年第2期117-122,共6页罗升 吕强 
国家自然科学基金项目(No.61170125)
蛋白质结构预测中,采样是指在构象空间中生成具有最小自由能的状态。传统的采样方法是对自由度直接赋值。这种方法在处理较少的残基时能取得好的效果。但是对于包含100个残基以上的蛋白质结构,由于构象空间的急剧增长,难以得到理想的结...
关键词：距离约束 HMC 采样 结构预测 蛋白质 
Dehouck-Gilis-Rooman统计势能函数的简化
《生物信息学》2013年第1期22-28,共7页陆文伟 黄日波 杜丽琴 韦宇拓 
国家973项目2009CB724703;国家自然科学基金31060125资助
统计有效能函数(Statisticaleffectiveenergyfunction(SEEF))又称统计势能函数,来源于对已知蛋白质结构数据库进行的统计分析。近年来Dehouck-Gilis-Rooman(DGR)小组通过将蛋白质结构的总体统计势能分解成低阶的势能项之和,提出了一种...
关键词：诱导蛋白数据集 能量函数性能 蛋白质结构预测 统计有效能函数 富集 
γ-转角的研究进展
《生物信息学》2012年第4期293-296,共4页周素侠 李娟 方慧生 陈凯先 
γ-转角是所有转角中数量位居第二的结构,约占整个蛋白质结构的3.4%。γ-转角有助于球形结构的形成,帮助肽链改变折叠方向,因此就更加有必要研究γ-转角的预测方法,从而提高蛋白质二级结构的预测精度。近几十年来关于γ-转角的预测方法...
关键词：γ-转角 蛋白质结构预测 研究方法 
支持向量机方法预测蛋白质结构中的二硫键
《生物信息学》2009年第4期261-263,共3页王宝文 王水星 刘文远 于家新 
国家自然科学基金(60671025;60474065);国家科技部高新技术计划项目(2005EJ000017)
在蛋白质结构预测的研究中,一个重要的问题就是正确预测二硫键的连接,二硫键的准确预测可以减少蛋白质构像的搜索空间,有利于蛋白质3D结构的预测,本文将预测二硫键的连接问题转化成对连接模式的分类问题,并成功地将支持向量机方法引入...
关键词：蛋白质结构预测 二硫键 支持向量机 LIBSVM 
蛋白质结构预测方法探析被引量：8
《生物信息学》2007年第4期185-186,共2页刘云玲 陶兰 
首先介绍了蛋白质结构预测中的三种理论方法,然后对同源蛋白质结构预测中侧链构造和环区构建中涉及到的主要方法进行了探讨,对非同源蛋白质结构预测中空间构象搜寻涉及到的主要算法进行了分析比较。
关键词：蛋白质结构预测 侧链 环区 构象搜寻 
用于蛋白质结构预测的一种改进模拟退火算法的研究
《生物信息学》2006年第4期173-175,共3页刘云玲 陶兰 
将一种模拟退火算法的改进方法作用遗传交叉算子的并行模拟退火算法PSA/GC,用于蛋白质结构预测的能量最小化问题,通过对三个蛋白质的实际测试,证实了PSA/GC比SA和PSA具有更强的寻优能力,能得到能量值更低的构象。通过对PSA/GC的交叉间...
关键词：蛋白质结构预测 能量最小化 PSA/GC 交叉算子 交叉间隔 
对预测蛋白质结构的拟物算法的分析和改进
《生物信息学》2006年第1期19-21,37,共4页曾涛 莫忠息 李晚霞 
国家自然科学基金资助项目(30170214)
对预测蛋白质空间结构的拟物算法的有效性进行理论分析,证明用该拟物算法求得合法的结构存在较大的随机性;给出折叠结构发生冲突的判断条件和提高拟物算法有效性的一些修正方案。
关键词：蛋白质结构预测 HP模型 折叠 拟物算法 
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