方慧生

作品数：73被引量：216H指数：8
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供职机构：中国药科大学生命科学与技术学院更多>>
发文主题：蛋白质褶合光谱法神经网络光谱分析W更多>>
发文领域：生物学医药卫生理学机械工程更多>>
发文期刊：《药学进展》《光谱仪器与分析》《生物化学与生物物理进展》《分析试验室》更多>>
所获基金：国家自然科学基金江苏省自然科学基金更多>>
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通量平衡分析的进展与应用被引量：1
《药物生物技术》2015年第3期269-274,共6页颜思奇 李娟 方慧生 
代谢网络是系统生物学的一个热门话题,代谢网络包含生物体内编码酶的基因以及所有已知的代谢反应。通量平衡分析是分析代谢网络中代谢物通量的数学方法,通过计算代谢网络中代谢物的通量,可以预测生物体的生长速度或某个特定代谢物的生...
关键词：系统生物学 代谢网络 通量平衡分析 算法 软件工具 目标函数 
基于结构比对模板库的蛋白质模型评估被引量：2
《药物生物技术》2015年第2期105-111,共7页刘冠军 周莉 颜思奇 李娟 方慧生 
蛋白质天然构象预测是计算生物学领域最具有挑战性的课题之一。基于模板的预测方法是目前最为准确的方法,该方法的预测模型的好坏很大程度上在于其模板质量的好坏。从SCOP数据库中筛选了3 867个蛋白质,通过结构比对和统计分析,建立了一...
关键词：同源模建 结构预测 模型评估 TM-score RMSD PSSM 
Helicobacter pylori 26695基因组尺度代谢研究进展
《生物信息学》2014年第3期206-212,共7页游丽斌 刘冬娟 李娟 方慧生 
代谢网络在代谢功能研究、生物代谢过程控制、疾病诊断分析和药物靶标设计等方面具有重要理论和实践意义。生物信息学研究利用序列同源、结构模拟、对接等手段与生化实验有效结合促进了生物体代谢网络的进一步完善。本文作者在构建幽门...
关键词：幽门螺杆菌26695 基因组 代谢通路 分子靶标 抗菌 
抗体CDR-H3区段的免疫信息学分析被引量：1
《药物生物技术》2014年第3期238-241,共4页刘冬娟 游丽斌 李娟 方慧生 
抗原结合部位亲和力是其组成氨基酸理化特性、结构特征的集中体现。CDR-H3位于抗体的抗原结合部位中心,构象多变。本研究从人抗体CDR-H3的氨基酸分布序列信息入手,同时选取12个FDA已批准上市的治疗性抗体药物来分析抗体CDR-H3区段的结...
关键词：CDR-H3 免疫信息学 氨基酸分布 治疗性抗体 Base区域 β-发夹 
分子动力学模拟哇巴因对钠钾ATP酶构象的影响被引量：1
《药物生物技术》2014年第2期131-135,共5页方彩云 徐金兵 李娟 方慧生 
国家自然科学基金项目(No.31371399)
通过对钠钾ATP酶及其与哇巴因的复合物进行分子动力学模拟来研究哇巴因对该酶构象的影响,首先利用对接得到复合物,然后在相同环境中模拟酶单体及其复合物。结果显示,哇巴因的结合使酶αM1与αM2向小分子靠拢,酶的A区向P区发生轻微移动...
关键词：哇巴因 钠钾ATP酶 对接 分子动力学模拟 P区 ASP369 
蛋白质相互作用界面设计的研究进展
《药物生物技术》2013年第2期179-182,共4页沈素萍 刘言 李娟 方慧生 
蛋白质-蛋白质相互作用在细胞生命活动中起着十分关键的作用,包括信号转导,细胞骨架的重新构建以及转录控制。重新设计蛋白质-蛋白质相互作用可以指导新药开发,疾病治疗,可以为探讨重大疾病的机制提供重要的理论基础。由于蛋白质之间通...
关键词：蛋白质-蛋白质相互作用 生物界面 设计方法 
Profile-profile比对方法用于发现远距离同源模板
《生物信息学》2013年第1期16-21,共6页邢龙生 李娟 方慧生 陈凯先 
基于模板的模建方法是蛋白质结构预测领域中最为准确有效的方法,该类方法的成功与否对模板质量的要求较高。为待预测序列找寻合适的模板,本文提出了一种profile-profile比对的方法将查询序列同模板库中的已知结构蛋白进行比对,然后根据...
关键词：profile—profile比对 结构预测 远距离同源模板 PSI—BLAST 
蛋白质功能预测方法概述被引量：3
《生物信息学》2013年第1期33-38,共6页刘言 沈素萍 方慧生 陈凯先 
蛋白质是生物体内最必需也是最通用的大分子,对它们功能的认识对于科学领域和农业领域的发展有着至关重要的作用。随着后基因组时代的发展,NCBI数据库中迅速涌现出大量不明结构与功能的蛋白质序列,这些蛋白质序列甚至一跃成了研究的热...
关键词：蛋白质功能预测方法 结构基序 相互作用网络 ESG 
基于快速傅里叶变换的蛋白质-蛋白质对接程序的研究进展
《药物生物技术》2013年第1期76-80,共5页黄南曦 方慧生 
蛋白质-蛋白质相互作用与识别的研究是分子生物学领域的重要课题。然而由于蛋白质分子巨大,即使将蛋白质看成刚体,在没有指导信息的情况下,系统地搜寻和评估上亿个可能的对接取向十分困难,人们为了解决这个难点,发展了许多搜寻算法,快...
关键词：蛋白质-蛋白质对接 对接程序 刚性搜寻 搜寻算法 快速傅里叶变换 打分函数 
KEGG数据库的进展及其在生物信息学中的应用被引量：27
《药物生物技术》2012年第6期535-539,共5页李向真 刘子朋 李娟 方慧生 
KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库作为整合了基因、酶、化合物及代谢网络信息的综合性数据库,在生物信息学研究中提供了非常重要的平台。首先,人工获得实验数据并将其组织为计算格式,构建成一个系统功能知识体系:包...
关键词：代谢网络 京都基因和基因组百科全书 生物信息 代谢途径 直系同源分类 路径图 等级目录 
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