大肠杆菌启动子

作品数：11被引量：9H指数：2
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相关期刊：《计算机与应用化学》《北京工业大学学报》《生物信息学》《内蒙古大学学报（自然科学版）》更多>>
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基于序列柔性参数的大肠杆菌启动子的预测被引量：1
《内蒙古大学学报（自然科学版）》2018年第6期620-628,共9页谢亚茹 董志飞 杨佳赫 周小军 李前忠 
国家自然科学基金资助项目(Nos:31460234;61361015;11647310);内蒙古大学大学生创新创业项目基金(Nos:201610126027)
以大肠杆菌K-12的启动子(Promoter)序列作为正集,编码区(Coding区)和基因间汇聚区(CON区)的序列作为两组对照负集建立数据库,分别对实验上确定的165条σ38、94条σ54及600条σ70启动子序列进行二联体位点的保守性分析,得到保守性参数随...
关键词：大肠杆菌K-12 二联体位置关联权重矩阵 保守性参数 柔性参数 ROC曲线 
原子力显微镜力谱研究大肠杆菌启动子与RNA聚合酶的相互作用被引量：1
《微生物学报》2018年第1期109-121,共13页姚智绚 张晓娟 段艳婷 张晓梅 史劲松 许正宏 
江苏自然科学基金(BK20150151);国家自然科学基金(31630044)~~
【目的】本研究通过原子力显微镜(AFM)力谱技术研究了大肠杆菌启动子与RNA聚合酶(RNAp)间的相互作用,目的是建立一种高效的体外表征启动子的新方法。【方法】优化了用于单分子AFM力谱分析的蛋白固定化策略,建立AFM力谱分析启动子的策略...
关键词：作用力 大肠杆菌启动子 RNA聚合酶 AFM CAT酶活 
利用位点特异性打分矩阵对大肠杆菌启动子的预测被引量：2
《生物信息学》2015年第2期125-130,共6页闫妍 万平 
启动子是基因转录起始的一个关键性元件。本研究利用数据库中提供的大肠杆菌启动子数据,基于位点特异性打分矩阵(Position-specific scoring matrix,PSSM)算法建立了大肠杆菌启动子预测方法,并采用ROC曲线对预测结果进行评估。结果显示...
关键词：大肠杆菌 启动子 位点特异性打分矩阵(PSSM) 预测 
大肠杆菌启动子启动强度的预测
《计算机与应用化学》2014年第1期101-104,共4页周漩 周欣 钟兆健 
启动子是DNA序列中的关键元件,直接影响生物的转录与表达,启动子的研究对转录机制的阐明以及整个基因组功能的注释都具有重要作用。然而,用实验方法对启动子进行检测费时费力,发展启动子预测的方法具有十分重要的意义。本文基于离散小...
关键词：离散小波变换 伪三碱基组成 支持向量机 大肠杆菌启动子 
基于多特征尺度的大肠杆菌启动子预测被引量：1
《计算机工程与科学》2010年第9期148-151,共4页杨乌日吐 林昊 
内蒙古大学青年科学基金资助项目(ND0810);电子科技大学科研启动费资助项目
本文对实验证实的741条大肠杆菌Sigma70启动子的序列进行预测研究。首先,基于RNA聚合酶与DNA的相互作用,利用位置打分函数对序列中的保守位点进行了衡量;然后,根据启动子的序列特征,利用离散性指标对序列中不同的碱基信息含量进行测量;...
关键词：大肠杆菌启动子 位置关联打分函数 多样性指标 修正的马氏判别式 
大肠杆菌启动子特征参数的统计分析被引量：3
《生物信息学》2009年第1期37-39,43,共4页林昊 
电子科技大学优秀毕业生科研启动费
首先统计了683条大肠杆菌sigrna70启动子序列的每个位点单碱基频率，并计算了每个位点单碱基体现保守性的M1（1）值和相应涨落限，从而获得多个大于涨落限的保守位点。其次，对大肠杆菌的转录起始位点到翻译起始位点的距离进行了统计，...
关键词：启动子 保守位点 转录起始位点 基因间 
一种基于多特征的大肠杆菌启动子判别算法
《生物信息学》2006年第2期65-68,84,共5页敖伟 王正志 杜耀华 
国家自然科学基金项目(No.60471003)
主要对从一段DNA序列中提取出信息以判别其中是否含有启动子的问题进行了研究。首先从固定长度的序列中提取成分特征和结构特征,然后将这些特征输入到一个非线性分类器中进行判别。测试结果显示,在正集&非编码区负集中,平均错误率降低为...
关键词：启动子 词频 组合模式 VITERBI 算法 非线性分类器 
一种新型脱氧核糖核酸序列表征子及其应用于E.coli启动子对RNA转录启动强度的QSAM研究
《化学通报》2006年第6期465-468,共4页周鹏 周原 曾晖 李志良 
霍英东基金;国家"春晖计划"教育部启动基金;重庆应用基础研究基金及重庆大学自主创新基金资助项目
从天然碱基的36种性质参数出发,通过主成分分析(PCA)技术处理得到了1个显著的主成分得分,并将该得分作为单个碱基的信息描述子———VBPV。进而使用VBPV对38个大肠杆菌(E.coli)启动子序列一级结构进行表征,并结合多元统计方法将表征参...
关键词：VBPV 定量序列活性模型 大肠杆菌启动子 碱基 
大肠杆菌启动子特征元件对启动子识别的影响被引量：1
《北京工业大学学报》2005年第2期126-129,共4页冉令华 阮晓钢 
国家自然科学基金资助项目(60234020).
为了进一步研究大肠杆菌启动子的识别算法,根据大肠杆菌基因分子生物学有关理论与统计事实,对大肠杆菌启动子特征元件进行了研究.从启动子样本中选取不同的保守序列,采用2种神经网络结构.分别分析了启动子特征元件对识别的影响.研究发现...
关键词：神经网络 大肠杆菌 启动子 
基于知识神经网络的大肠杆菌启动子识别算法的改进及C++实现被引量：1
《应用数学与计算数学学报》2004年第2期1-7,共7页周晖杰 史定华 
国家863资助项目功能基因组的信息分析(2002AA234021)重点项目的支持.
本文简要介绍了基于知识神经网络算法在启动子识别中的应用以及对该算法的若干改进,并通过C++实现.对86个启动子与82个非启动子样本,利用改进算法并通过交叉验证,其预测结果显示误分类样本个数仅为2个,达到了更高的准确率.
关键词：C++ 基于知识 识别算法 神经网络 改进算法 显示 交叉验证 识神 启动子 大肠杆菌 
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