袁倩倩

作品数：9被引量：19H指数：3
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供职机构：中国科学院天津工业生物技术研究所更多>>
发文主题：补料发酵代谢网络代谢工程乙酰辅酶AΒ-丙氨酸更多>>
发文领域：生物学自动化与计算机技术轻工技术与工程医药卫生更多>>
发文期刊：《生物加工过程》《中国生物工程杂志》《生物工程学报》《化工进展》更多>>
所获基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划中国科学院重点实验室基金天津市自然科学基金更多>>
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数字细胞模型的研究及应用被引量：3
《生物工程学报》2022年第11期4146-4161,共16页袁倩倩 毛志涛 杨雪 廖小平 马红武 
国家重点研发计划(2018YFA0900300);中国科学院国际大科学合作计划(153D31KYSB20170121);国家自然科学基金(21908239);天津市合成生物技术创新能力提升行动项目(TSBICIP-PTJS-001)。
组学分析技术的发展推动生物学逐渐成为一门以数据分析为中心的科学。依托生物数据在细胞整体系统水平建立数字细胞模型,对于理解细胞系统组织原理和生命产生进化规律,预测各种环境和基因扰动对细胞功能的影响并指导设计人工生命具有重...
关键词：数字细胞 基因组尺度代谢网络 途径设计 多约束模型 代谢工程 
基于图论和约束优化的异源代谢途径设计方法及应用被引量：2
《生物工程学报》2022年第4期1390-1407,共18页余文童 袁倩倩 马红武 王智文 
国家重点研发计划项目(2018YFA0901400);国家自然科学基金(21908239)。
构建高产高附加值产品的微生物细胞工厂是代谢工程的研究目标之一,设计高效的产品合成途径是实现这一目标的重要方式。不同微生物底盘因其代谢能力有所差异,故而可以利用的底物和生产的产品范围有限。为了扩大其生产能力,需要进行代谢...
关键词：途径设计 代谢网络 代谢工程 图论方法 约束方法 
基于图论的代谢网络中流通代谢物处理新方法被引量：2
《生物工程学报》2022年第4期1554-1564,共11页高雅杰 袁倩倩 杨雪 毛志涛 余文童 刘浩 Igor Goryanin 马红武 
国家重点研发计划(2018YFA0900300);天津市合成生物技术创新能力提升行动项目(TSBICIP-PTJS-001,TSBICIP-KJGG-005)。
使用图论方法对基因组尺度代谢网络进行途径搜索是目前途径设计中最常用的方法之一。然而,由于流通代谢物(如H^(+)、H_(2)O、CO_(2)和ATP等)的影响,图论搜索得到的途径在生物学上经常是不可行的。虽然前人提出了一些方法对流通代谢物进...
关键词：代谢网络模型 图论方法 流通代谢物 途径分析 
海洋氮循环过程及基于基因组代谢网络模型的预测被引量：3
《微生物学报》2020年第6期1130-1147,共18页张日钊 李斐然 袁倩倩 马红武 
国家重点研发计划(2018YFA0901401);中国科学院国际合作项目(153D31KYSB20170121);国家自然科学基金(21908239).
海洋氮循环在地球元素循环中充当着必不可少的角色。海洋氮循环是由一系列氧化还原反应构成的生物化学过程。固氮作用和氮同化作用为生态系统提供了生物可用氮(铵盐)。硝化作用可进一步将铵盐氧化为硝酸盐,硝酸盐又可以通过反硝化作用...
关键词：固氮过程 硝化过程 反硝化过程 厌氧氨氧化过程 异化硝酸/亚硝酸还原过程 海洋氮循环 
由代谢网络分析发现菌种代谢工程改造新策略被引量：4
《化工进展》2017年第12期4592-4600,共9页袁倩倩 李斐然 罗浩 马红武 赵学明 
国家重点基础研究发展计划(2012CB725203);国家自然科学基金(21621004,21390201);天津科技支撑项目(14ZCZDSY00060);中国科学院重点研究项目(ZDRW-ZS-2016-3)
微生物菌种需要经过一系列代谢工程改造才能实现高产特定产品,而经过二十多年的研究积累,应用传统代谢工程方法通过局部途径分析发现菌种改造策略遇到严重瓶颈,急需从新的角度进行分析以发现新的改造策略。本文结合本实验室已有工作以...
关键词：代谢 生物工程 模型 优化设计 
生物法合成双乙酰的研究进展被引量：4
《生物加工过程》2017年第5期57-64,共8页崔真真 毛雨丰 陈聪 袁倩倩 王智文 陈涛 
国家自然科学基金(21621004;21576200;21390201);天津市自然科学基金(15JCQNJC06000)
随着对双乙酰生物合成途径的深入研究,利用代谢工程的方法定向改良菌株,优化双乙酰的代谢途径,成为提高双乙酰生产水平的新思路。本文总结了双乙酰的生产菌株和相关代谢途径,综述了改造双乙酰生产菌株的代谢工程策略,提出了未来的研究...
关键词：双乙酰 生物法 代谢工程 
一碳化合物利用新途径的设计和体外构建被引量：2
《生物加工过程》2017年第5期86-92,共7页陈阳 杨雪 袁倩倩 罗浩 李培顺 马红武 
天津科技支撑项目(14ZCZDSY00060);中国科学院重点研究项目(ZDRW-ZS-2016-3)
一碳化合物作为糖类的廉价替代底物在工业生物技术中具有广泛的应用前景。传统途径中由一碳化合物或糖类生产乙酰辅酶A衍生产品时会有1/3的碳损失,导致产品得率较低,因此找到没有碳损失的新途径非常重要。基于MetaCyc数据库的代谢反应...
关键词：代谢网络模型 一碳化合物 乙酰辅酶A 新途径 体外验证 
体外苏氨酸循环固碳途径的构建被引量：1
《中国生物工程杂志》2017年第6期56-62,共7页巨晓芝 袁倩倩 马春玲 肖冬光 马红武 
国家重点基础研究计划(2012CB725203);天津市科技支撑计划重点项目(14ZCZDSY00060);中科院重点部署项目(ZDRW-ZS-2016-3)资助项目
乙酰CoA是生物体代谢过程中重要的代谢物,也是许多有价值产品合成的前体物质。然而传统途径中通过丙酮酸脱羧生成乙酰CoA碳得率较低,因此构建一条高效的乙酰CoA合成途径具有重要的意义。由于在体外验证文献报道的高碳摩尔得率合成乙酰Co...
关键词：体外 固碳途径 苏氨酸循环 乙酰 COA 
一种基于代谢网络分析最小化基因组的方法及其在大肠杆菌中的应用被引量：1
《生物工程学报》2013年第8期1173-1184,共12页汤彬彩 郝彤 袁倩倩 陈涛 马红武 
国家重点基础研究发展计划(Nos.2012CB725203;2011CBA00804);国家自然科学基金(Nos.NSFC-21106095;NSFC-21176182)资助~~
最小生命体的合成是合成生物学研究的重要方向。最小化基因组的同时而又不对细胞生长产生影响是代谢工程研究的一个重要目标。文中提出了一种从基因组尺度代谢网络模型出发,通过零通量反应删除及对非必需基因组合删除计算获得基因组最...
关键词：基因组尺度代谢网络 基因组最小化 组合算法 大肠杆菌 
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