查磊

作品数：12被引量：20H指数：3
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供职机构：军事医学科学院基础医学研究所更多>>
发文主题：生物信息学RNASRNALAMP设计软件更多>>
发文领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
发文期刊：《军事医学》《生物物理学报》《科研信息化技术与应用》《中国生物化学与分子生物学报》更多>>
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体内与体外RNA-RNA相互作用的比较初探
《军事医学》2013年第7期517-520,共4页陆启轩 查磊 李宗城 陈临溪 李伍举 应晓敏 
国家973计划资助项目(2010CB912801);国家自然科学基金资助项目(31241404;30901577;81270420;31071157)
目的通过比较in vitro与in vivo的RNA-RNA相互作用(RNA-RNA interaction,RRI),探究通过in vitroRRI推测in vivo RRI的可靠性。方法采用perl语言编写脚本分析酵母转录组水平in vitro RNA的二级结构信息,得到可能的in vitro RRI,再与酵母...
关键词：RNA—RNA相互作用 生物信息学 RNA 小核仁 核糖体RNA 
结合RNA的蛋白质位点预测研究
《军事医学》2012年第11期830-834,共5页查磊 应晓敏 李伍举 
国家973计划资助项目(2010CB912801);国家自然科学基金资助项目(31071157)
目的尝试通过构建数学模型来确定蛋白质中与RNA相互作用的氨基酸位点。方法从蛋白质结构数据库(protein data bank,PDB)中收集532例蛋白质与RNA相互作用的数据,对每个氨基酸提取150个特征,并利用机器学习方法构建2个与RNA结合的蛋白质...
关键词：蛋白质-RNA复合物 结合位点 预测模型 
BioSunLAMP:一个用于环介导等温扩增的引物设计软件被引量：6
《军事医学》2012年第3期230-233,共4页查磊 蔡欣 应晓敏 徐东刚 曹源 李伍举 
国家自然科学基金资助项目(31071157)
目的环介导等温扩增法(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)是一种新型等温核酸扩增方法。由于其具有简便、高效、特异性高和成本低等优点,在甲型H1N1流感和肺结核等流行病检测中得到了广泛应用。在LAMP技术中,关键的起始步...
关键词：BioSunLAMP LAMP 引物设计 
基于转录终点序列特征预测大肠杆菌sRNA被引量：3
《生物物理学报》2011年第3期257-264,共8页刘倩 应晓敏 吴佳瑤 查磊 李伍举 
"863"计划项目(2006AA02Z323);国家自然科学基金项目(31071157)
细菌sRNA是一类长度在40～500nt的调控RNA,在细菌与环境相互作用中发挥重要功能,因此,细菌sRNA识别研究具有重要意义。然而,与蛋白编码基因具有易于识别的特征不同,目前细菌sRNA识别仍是一件比较困难的事。此方法介绍了一个基于已知细菌...
关键词：细菌sRNA 终点信号 预测 
环介导等温扩增法快速检测结核杆菌复合群内主要致病菌
《医学研究杂志》2010年第11期60-63,共4页洪明 查磊 付文亮 邹民吉 李伍举 吴奎武 徐东刚 
目的快速诊断和区分结核杆菌复合群内两种主要致病菌。方法利用环介导等温扩增(LAMP)技术建立快速检测和区分结核杆菌复合群内主要致病菌的方法,利用该方法对相关的临床分离株样本进行特异性检测,并利用1∶10倍比稀释的已知菌株DNA模板...
关键词：环介导等温扩增 快速检测 结核分枝杆菌复合群 卡介苗 
RT-LAMP检测甲型H1N1病毒核酸几种结果判定方法被引量：6
《医学研究杂志》2010年第5期68-70,共3页付文亮 蔡欣 查磊 高杰 洪明 邹民吉 李伍举 徐东刚 吴奎武 
目的比较RT-LAMP检测甲型H1N1流感病毒核酸几种不同的结果判定方法的差异,优化检测方法。方法利用已知的阳性病毒样本,对比电泳、直接观察、加入SYBR GREENⅠ核酸染料和优化后的预染核酸染料和的检测灵敏度。结果电泳检测的灵敏度最高,...
关键词：甲型H1N1流感病毒 RT—LAMP 结果判定 
sRNASVM——基于SVM方法构建大肠杆菌sRNA预测模型(英文)被引量：1
《生物物理学报》2009年第4期287-293,共7页王立贵 应晓敏 曹源 查磊 李伍举 
supported by grants from National High Technology Development Program of China (2006AA02Z323);National Sciences Foundation of China (90608004,30470411)~~
在理解细菌与环境的相互作用方面,细菌sRNA的识别发挥重要作用。文章介绍了一个通过增加训练集中实验证实的sRNA来构建细菌sRNA预测模型的策略,并以大肠杆菌K-12的sRNA预测为例来说明策略的可行性。结果表明,按此策略构建的模型sRNASVM...
关键词：SRNA 支持向量集 预测 
BioSun 3.0:一个综合性辅助分子生物学实验设计的软件系统
《科研信息化技术与应用》2009年第3期30-36,共7页查磊 应晓敏 曹源 李伍举 
本文介绍了一个综合性辅助分子生物学实验设计的软件系统BioSun。BioSun为一套辅助分子生物学实验设计软件,功能全面,并为生物学研究人员提供了易用的环境。使用BioSun分析数据和设计分子生物学实验可以加快实验进程,提高研究效率。
关键词：BioSun 生物信息学 计算机辅助设计 
pBV220载体中外源基因高效表达的自动化设计被引量：2
《中国生物化学与分子生物学报》2009年第4期379-382,共4页查磊 应晓敏 王立贵 曹源 骆志刚 苑波 李伍举 
国家自然科学基金资助项目(No.30470411)~~
pBV220载体是国内科学家构建的原核系统表达载体,目前仍在广泛应用.但是,实现外源基因的高效表达需要综合考虑诸如RNA二级结构等多种因素,极其耗时费力.为此,基于我们提出的pBV220载体中外源基因高效表达数学模型,编写了外源基因高效表...
关键词：PBV220 高效表达 自动化设计 
基于SVM方法构建细菌sRNA靶标预测模型
《军事医学科学院院刊》2008年第4期375-378,共4页赵雅琳 李华 侯妍妍 查磊 曹源 王立贵 应晓敏 李伍举 
国家"863"高技术项目(2006AA02Z323);国家自然科学基金项目(30500105;30470411)
目的:为实验方法鉴定细菌sRNA靶标和研究sRNA功能提供生物信息学支持。方法:首先以实验证实的132个sRNA与靶标相互作用数据为训练集,其中包含46个阳性数据和86个阴性数据;其次,以实验证实的22个阳性数据和随机生成的1 700个阴性数据为...
关键词：SRNA 靶标 预测 机器学习 SVM 
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