国家重点基础研究发展计划(2006CB910700)

作品数:11被引量:12H指数:2
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相关机构:中国科学技术大学中原工学院安徽大学暨南大学更多>>
相关期刊:《生物物理学报》《计算机工程》《数学的实践与认识》《Science Bulletin》更多>>
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Identifying cooperative transcription factors by combining ChiP-chip data and knockout data
《Cell Research》2010年第11期1276-1278,共3页Yi Yang Zili Zhang Yixue Li Xin-Guang Zhu Qi Liu 
This work was supported by the National Basic Research Program of China (Grant Nos. 2009CB918404 and 2006CB910700), International S&T Cooperation Program of China (Grant No. 2007DFA31040) and the National Natural Science Foundation of China (Grant Nos. 30700154 and 31070746).
Dear Editor, Eukaryotic transcriptional regulation networks are extremely complex. Usually, multiple transcription factors (TFs) bind to the promoter region of a gene and cooperate to control gene expression precisely...
关键词:转录因子 基因敲除 合作 数据资料 芯片 识别 真核基因转录 基因组序列 
求解混沌映射不变分布的符号计算法被引量:1
《数学的实践与认识》2010年第6期171-177,共7页陈双平 韩恺 马猛 郑浩然 王煦法 
国家自然科学基金(60802026);国家重点基础研究发展计划(2006CB910700);暨南大学青年基金(51208030)
根据Frobenius-Perron方程,可以对混沌映射的不变分布从理论上加以分析,从而对混沌映射不变分布作出大致的估计.由此可以利用符号计算的方法求解得到迭代函数系统不变分布的密度近似函数,从而逼近理论解.用几个计算实例和常见数值解法...
关键词:迭代函数系统 不变分布 数值计算 符号计算 
一种可视化代谢网络建模工具被引量:1
《计算机工程》2009年第11期274-275,279,共3页李毅 郑浩然 钮俊清 李恒 周宏 
中科院知识创新基金资助项目(KSCX2-SW-329);国家重点基础研究发展计划基金资助项目(2006CB910700)
针对现有代谢网络建模工具在分析方法和模型描述方面的不足,基于Cytoscape插件开发一种可视化代谢网络建模工具,定义通用的支持FBA和13C-MFA模型的代谢网络描述语言,实现图形用户界面下的代谢网络建模功能。应用结果表明,该工具能较好...
关键词:代谢网络 可视化建模 Cytoscape插件 
一种基于多数据源融合的酵母蛋白质相互作用预测方法被引量:1
《北京生物医学工程》2009年第4期373-377,共5页杨晓飞 郑浩然 韩思远 侯辉超 张宽 
国家重点基础研究发展计划(2006CB910700)资助
蛋白质-蛋白质相互作用在生命活动中起着重要的作用。本文通过整合多个数据源,采用Logistic回归模型,对模式生物酵母所有的蛋白质之间相互作用进行了计算预测,得到了一个酵母蛋白质相互作用的加权网络,结果分析表明本文得到的蛋白...
关键词:蛋白质相互作用 多数据源 LOGISTIC回归 信号通路 
An Online Computer Vision System for Worm's Quantitative Locomotion Analysis
《生物物理学报》2009年第S1期514-514,共1页Hai-ning Zhang1, Zheng-xing Wu1, An-lian Qu1, Tao Xu2 1 Huazhong University of Science and Technology, Wuhan 430074, P.R.China 2 Institute of Biophysics, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, P.R.China 
国家‘973’重大基础研究计划(2006CB910700)资助
Background: The small nematode Caenorhabditis elegans (C.elegans) is an excellent model organism for studying the molecular and cellular basis of nervous system function. Since
关键词:ONLINE analysis C.elegans COMPUTER VISION locomotion 
权重无标度网络上财富分布的仿真研究(英文)被引量:1
《中国科学技术大学学报》2009年第5期526-531,539,共7页杜文博 郑浩然 张相华 赵琳 
Supported by National Basic Research Programof China(2006CB910700)
在权重无标度网络上进行演化囚徒困境博弈的模拟仿真,对财富分布和网络权重参数β的关系进行了研究,并引入经济学中的两个重要参数(基尼系数和帕累托指数)来分析此系统中财富分布的不平等性.实验数据表明,这两个参数与β密切相关,并且...
关键词:演化博弈 复杂权重无标度网络 财富分布 基尼系数 帕累托指数 
Relationship between topology and functions in metabolic network evolution被引量:5
《Chinese Science Bulletin》2009年第5期776-782,共7页WANG Zhuo CHEN Qi LIU Lei 
Supported by National Key Basic Research and Development Program of China (Grant Nos. 2006CB0D1203, 2006CB0D1205 and 2006CB910700);National Natural Science Fundation of China (Grant No. 30800199)
What is the relationship between the topological connections among enzymes and their functions during metabolic network evolution? Does this relationship show similarity among closely related or-ganisms? Here we inves...
关键词:代谢网络 演化 拓扑 叶绿体 蓝细菌 
基于强连通分量的^13C MFA计算模型稳定性判断被引量:1
《北京生物医学工程》2009年第1期34-38,共5页周宏 郑浩然 李毅 李恒 
国家重点基础研究发展计划(2006CB910700)资助
基于碳同位素标记实验的代谢通量分析,是代谢工程中一种强大的定量分析工具。^13C MFA在进行定量分析时,需要给定代谢网络及其对应的碳原子转移网络,同时为了保证计算的正确性和可靠性,要求所给定的碳原子转移网络中不能含有陷阱(t...
关键词:代谢流量分析 碳同位素标记实验 陷阱 有向图 强连通分量 
一种基于完全匹配和分词匹配的混合分词匹配算法
《北京生物医学工程》2008年第6期591-595,共5页李恒 郑浩然 钮俊清 李毅 
国家重点基础研究发展计划(2006CB910700)资助
如何高效准确地进行酶的鉴别是代谢网络重构的难点和关键。由于基因标注文件中与ORF对应的蛋白质和酶信息都是采用自然语言描述的,重构中必须利用基因产物在酶数据库中寻找证据,从而进行与代谢相关的酶鉴别。针对目前通用的酶鉴别算法...
关键词:代谢网络重构 Patholigic算法 混合匹配算法 酵母菌 大肠杆菌 
VFA:一种可视化代谢网络建模工具被引量:2
《北京生物医学工程》2008年第5期490-493,497,共5页李毅 郑浩然 钮俊清 李恒 周宏 
国家重点基础研究发展计划(2006CB910700)资助
数学建模是代谢工程研究的关键方法之一。目前的代谢网络建模工具在构建代谢通量分析模型时,不能同时建立通量平衡分析(FBA)模型和13C代谢通量分析(13C-MFA)模型,而且大都采用私有格式描述代谢模型,不利于信息共享。为了解决上述问题,...
关键词:代谢网络 代谢通量 可视化建模 模型描述 
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