钮俊清

作品数：8被引量：13H指数：2
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供职机构：中国科学技术大学计算机科学与技术学院更多>>
发文主题：系统生物学可视化建模可视化代谢网络多AGENT系统更多>>
发文领域：医药卫生自动化与计算机技术自然科学总论生物学更多>>
发文期刊：《计算机仿真》《中国生物医学工程学报》《小型微型计算机系统》《计算机工程》更多>>
所获基金：国家重点基础研究发展计划中国科学院知识创新工程重要方向项目安徽省自然科学基金安徽省高等学校优秀青年人才基金更多>>
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一种可视化代谢网络建模工具被引量：1
《计算机工程》2009年第11期274-275,279,共3页李毅 郑浩然 钮俊清 李恒 周宏 
中科院知识创新基金资助项目(KSCX2-SW-329);国家重点基础研究发展计划基金资助项目(2006CB910700)
针对现有代谢网络建模工具在分析方法和模型描述方面的不足,基于Cytoscape插件开发一种可视化代谢网络建模工具,定义通用的支持FBA和13C-MFA模型的代谢网络描述语言,实现图形用户界面下的代谢网络建模功能。应用结果表明,该工具能较好...
关键词：代谢网络 可视化建模 Cytoscape插件 
从肿瘤基因表达数据挖掘分类规则的研究被引量：1
《中国生物医学工程学报》2009年第5期707-712,共6页马猛 汝颖 马腾 钮俊清 李龙澍 王煦法 
安徽省自然科学基金(050420204);安徽省高校学科拔尖人才基金(05025102);安徽省高校青年教师基金(2006jql038);安徽省科技攻关计划重大科技专项项目(8010201002)
基于肿瘤基因表达数据,利用信息科学的方法和技术建立肿瘤预测分类模型,对肿瘤基因表达模式研究和肿瘤的诊断识别具有重要意义。本研究提出一种从肿瘤基因表达数据中直接挖掘分类规则建立肿瘤预测分类器的方法。该方法首先抽取实验样本...
关键词：肿瘤 基因表达 数据挖掘 特征选取 分类规则 
一种基于完全匹配和分词匹配的混合分词匹配算法
《北京生物医学工程》2008年第6期591-595,共5页李恒 郑浩然 钮俊清 李毅 
国家重点基础研究发展计划(2006CB910700)资助
如何高效准确地进行酶的鉴别是代谢网络重构的难点和关键。由于基因标注文件中与ORF对应的蛋白质和酶信息都是采用自然语言描述的,重构中必须利用基因产物在酶数据库中寻找证据,从而进行与代谢相关的酶鉴别。针对目前通用的酶鉴别算法...
关键词：代谢网络重构 Patholigic算法 混合匹配算法 酵母菌 大肠杆菌 
VFA:一种可视化代谢网络建模工具被引量：2
《北京生物医学工程》2008年第5期490-493,497,共5页李毅 郑浩然 钮俊清 李恒 周宏 
国家重点基础研究发展计划(2006CB910700)资助
数学建模是代谢工程研究的关键方法之一。目前的代谢网络建模工具在构建代谢通量分析模型时,不能同时建立通量平衡分析(FBA)模型和13C代谢通量分析(13C-MFA)模型,而且大都采用私有格式描述代谢模型,不利于信息共享。为了解决上述问题,...
关键词：代谢网络 代谢通量 可视化建模 模型描述 
聚类和关联规则挖掘在基因表达数据分析中的应用研究
《北京生物医学工程》2008年第4期371-375,共5页马猛 钮俊清 宁岩 郑浩然 王煦法 
安徽省自然科学基金(050420204);安徽省高校学科拔尖人才基金(05025102);安徽省高校青年教师基金(2006jql038)资助
随着DNA微阵列技术的广泛应用,产生了海量基因表达数据,如何利用这些数据研究基因间的调控关系成为当前生物信息学的一个研究热点。关联规则挖掘是数据挖掘领域的一个重要技术,然而直接对基因表达数据进行关联规则挖掘存在两个问题:一...
关键词：生物信息学 基因表达数据 数据挖掘 聚类 关联规则 
一种基于有限记忆多LRU的Web缓存替换算法被引量：6
《小型微型计算机系统》2008年第6期1010-1014,共5页钮俊清 郑浩然 李恒 王煦法 
华为高校科技基金项目(YJCB2004034NM)资助
Web缓存的核心是缓存内容的替换算法.在动态不确定的网络环境下,本文提出一种基于有限记忆的多LRU(LH-MLRU)Web缓存替换算法,它是一种低开销、高性能和适应性的算法.LH-MLRU综合考虑各项因素对Web对象使用多个LRU队列进行分类管理,引入...
关键词：网络缓存 替换算法 有限记忆 多LRU 轨迹驱动 
一种基于多agent系统的生化系统分布式随机仿真算法被引量：1
《北京生物医学工程》2007年第5期485-488,共4页钮俊清 郑浩然 陈久生 马猛 王煦法 
中国科学院知识创新工程重要方向项目(KSCX2-SW-329)资助
系统生物学关注于对生化反应网络进行定量的数学建模和计算机仿真,这是理解生化网络的拓扑结构和动态行为的主要手段。Gillespie的随机仿真算法(SSA)是仿真均匀生化反应系统的一种标准的算法,而SSA算法最大的问题在于计算代价过高。基...
关键词：系统生物学 随机仿真算法 多agents分布式仿真 
基于多agent系统的细菌趋药性仿真被引量：2
《计算机仿真》2006年第4期138-140,共3页刘俊 郑浩然 钮俊清 
中国科学技术大学高水平大学建设重点项目;中国科学技术大学青年基金项目
细菌(如大肠杆菌)趋药性现象是细胞信号转导研究的典型案例,该文在阐述细菌趋药性现象的生物过程和研究进展的基础上,针对当前计算机仿真方法的不足之处,提出了一种基于多agent技术的计算机仿真方法,包括设计了针对细胞信号转导现象的...
关键词：细胞信号转导 系统生物学 细菌趋药性 多艾真特系统 仿真 
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