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国家自然科学基金(60970055): 作品数：14被引量：20H指数：2; 导出分析报告; 相关作者：吕强黄旭吴进珍钱培德杨凌云更多>>; 相关机构：苏州大学江苏省计算机信息处理技术重点实验室苏州科技学院更多>>; 相关期刊：《计算机工程》《自动化学报》《中国科学：信息科学》《计算机与应用化学》更多>>; 相关主题：蛋白质蛋白质结构预测结构聚类侧链聚类算法更多>>; 相关领域：自动化与计算机技术生物学理学轻工技术与工程更多>>

A parallel ant colonies approach to de novo prediction of protein backbone in CASP8/9被引量：2: 《Science China(Information Sciences)》2013年第10期226-238,共13页LV Qiang WU HongJie WU JinZhen HUANG Xu LUO XiaoHu QIAN PeiDe; supported by National Natural Science Foundation of China(Grant No.60970055); Predicting the three-dimensional structure of proteins from amino acid sequences with only a few remote homologs, or de novo prediction, remains a major challenge in computational biology. The modeling of the protein ...; 关键词：protein backbone prediction PARALLEL ant colony optimization

从头预测蛋白质骨架的一种并行蚁群方法及其在CASP8/9中的应用被引量：8: 《中国科学：信息科学》2012年第8期1034-1048,共15页吴宏杰吕强吴进珍黄旭罗小虎钱培德; 国家自然科学基金(批准号:60970055)资助项目; 从低同源关系的氨基酸序列预测蛋白质的三维结构被称为从头预测,它是计算生物学领域中的挑战之一.蛋白质骨架预测是从头预测的必要先导步骤.本文应用一种基于共享信息素的并行蚁群优化算法,在现有能量函数指导下,通过不同能量项之间的...; 关键词：蛋白质骨架从头预测蛋白质折叠并行算法启发式算法

一种蛋白质点突变计算机预测的并行模型被引量：1: 《小型微型计算机系统》2012年第5期963-966,共4页栾忠兰吕强杨凌云徐超; 国家自然科学基金项目(60970055)资助; 认识和预测蛋白质天然构象的波动对蛋白质-蛋白质对接和设计等应用是非常重要的.但是许多骨架柔性的方法会导致骨架较大幅度的波动.Backrub模型能够对骨架进行微小的扰动,符合高分辨率晶体结构中观察到的构象的微妙变化.本文提出了一种...; 关键词：蛋白质骨架侧链 Backrub 并行扰动

A Fast Calculation of Metric Scores for Learning Bayesian Network: 《International Journal of Automation and computing》2012年第1期37-44,共8页Qiang Lv Xiao-Yan Xia Pei-De Qian; supported by National Natural Science Foundation of China (No.60970055); Frequent counting is a very so often required operation in machine learning algorithms. A typical machine learning task, learning the structure of Bayesian network （BN） based on metric scoring, is introduced as an e...; 关键词：Frequent counting radix-based calculation ADtree learning Bayesian network metric score

一种基于四层推理模型的旋转异构体库构造方法: 《苏州大学学报（自然科学版）》2011年第4期29-33,共5页缪大俊吕强黄旭; 国家自然科学基金(60970055); GPCR是一类重要的药物靶标,其侧链构象直接影响着对药物绑定位点的研究.现有的侧链旋转异构体库没有考虑侧链扭角之间的相互影响,而将它们同等看待.本文提出了一种基于四层推理模型的旋转异构体库构造方法,将侧链之间的相互影响也考虑进...; 关键词：GPCR蛋白质侧链预测四层推理模型隐马尔科夫模型

一种用于蛋白质结构聚类的聚类中心选择算法被引量：7: 《自动化学报》2011年第6期682-692,共11页黄旭吕强钱培德; 国家自然科学基金(60970055)资助~~; 提出一种对蛋白质结构聚类中心进行选择的算法.聚类是蛋白质结构预测过程中必不可少的一个后处理步骤,而目前在蛋白质结构预测中常用的属性阈值(Quality threshold,QT)聚类算法依赖于由经验得出的聚类半径;其他聚类算法,如近邻传播(Affi...; 关键词：蛋白质结构聚类属性阈值近邻传播聚类中心选择

一种基于SVR的分辨近天然G蛋白耦联受体—配体构象的方法被引量：1: 《生物信息学》2011年第2期167-170,共4页杨凌云吕强; 国家自然科学基金(批准号:60970055)资助项目; 蛋白质小分子对接的难点之一是从生成的大量候选结构中挑选出近天然构象。本文使用了一种基于SVR的方法来挑选RosettaLigand生成的GPCR—配体decoy构象中的近天然构象。首先,对已有数据训练得到一个SVR模型,预测decoy构象的LRMSD,然后...; 关键词：GPCR SVR 分子对接

一种基于HMM的蛋白质侧链旋转异构体构造方法: 《小型微型计算机系统》2011年第1期189-192,共4页温炜吕强杨鹏杨凌云吴进珍黄旭; 国家自然科学基金项目(60970055)资助; 蛋白质侧链预测是蛋白质结构预测以及蛋白质设计中非常重要的子问题,而旋转异构体库的构造是进行侧链预测的基础,为预测提供搜索空间.现有的旋转异构体库考虑的是单个氨基酸的统计信息,没有考虑与之相邻的氨基酸对其构象产生的影响.本...; 关键词：侧链预测旋转异构体库隐马尔科夫模型

蛋白质结构预测聚类算法的评估: 《计算机工程》2011年第1期24-27,共4页黄旭吕强钱培德; 国家自然科学基金资助项目(60970055); 在7个数据集上对3种不同聚类算法与3种不同相似性度量标准的多种组合进行实验,以评估这些因素对聚类性能的影响。为便于确定聚类参数,提出一种针对蛋白质结构预测的聚类中心选择算法。实验结果表明,在3种相似性度量标准中,RMSD对于聚类...; 关键词：蛋白质结构预测候选结构聚类算法相似性度量评估

基于能量的蛋白质结构聚类距离加权策略被引量：1: 《计算机工程》2010年第21期173-174,177,共3页黄旭吕强吴进珍钱培德; 国家自然科学基金资助项目(60970055); 在对蛋白质预测结构进行聚类的过程中,常用的均方根偏差、TM-score、GDT-TS等相似性度量方法仅反映了结构之间的距离关系而未考虑结构之间的能量关系。针对上述问题,对候选结构进行距离度量,计算两两之间的能量差异,并以此设置权重,对...; 关键词：蛋白质结构预测聚类算法均方根偏差相似性矩阵

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