中国科学院知识创新工程重要方向项目(KSCX2-SW-329)

作品数：7被引量：18H指数：2
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相关期刊：《北京生物医学工程》《电子学报》《生物物理学报》《电子与信息学报》更多>>
相关主题：DNA序列碱基序列染色体蛋白质序列二级结构预测更多>>
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一种可视化代谢网络建模工具被引量：1
《计算机工程》2009年第11期274-275,279,共3页李毅 郑浩然 钮俊清 李恒 周宏 
中科院知识创新基金资助项目(KSCX2-SW-329);国家重点基础研究发展计划基金资助项目(2006CB910700)
针对现有代谢网络建模工具在分析方法和模型描述方面的不足,基于Cytoscape插件开发一种可视化代谢网络建模工具,定义通用的支持FBA和13C-MFA模型的代谢网络描述语言,实现图形用户界面下的代谢网络建模功能。应用结果表明,该工具能较好...
关键词：代谢网络 可视化建模 Cytoscape插件 
染色体碱基序列的联合多重分形分析被引量：7
《电子与信息学报》2008年第2期298-301,共4页陈双平 韩凯 马猛 王煦法 
中国科学院知识创新工程重要方向基金项目(KSCX2-SW-329);安徽省高校青年教师基金(2006jql038);河南省自然科学基金(2006jql038);河南省教育厅自然科学研究项目(2007520062)
多重分形谱可以用于分析一条染色体碱基序列的概率分布情况,联合多重分形谱可以区分两条染色体碱基序列的概率分布之间的差异。该文将联合多重分形谱应用于实际染色体中碱基序列和随机产生碱基序列的比较分析中。实验结果表明:同一物种...
关键词：离散稳恒信源 联合多重分形分析 DNA序列 
一种基于多agent系统的生化系统分布式随机仿真算法被引量：1
《北京生物医学工程》2007年第5期485-488,共4页钮俊清 郑浩然 陈久生 马猛 王煦法 
中国科学院知识创新工程重要方向项目(KSCX2-SW-329)资助
系统生物学关注于对生化反应网络进行定量的数学建模和计算机仿真,这是理解生化网络的拓扑结构和动态行为的主要手段。Gillespie的随机仿真算法(SSA)是仿真均匀生化反应系统的一种标准的算法,而SSA算法最大的问题在于计算代价过高。基...
关键词：系统生物学 随机仿真算法 多agents分布式仿真 
一个基于同位素标记实验的代谢通量估计高效率算法被引量：2
《北京生物医学工程》2007年第4期352-355,共4页陈久生 郑浩然 娄慧 
中国科学院知识创新工程重要方向项目(KSCX2-SW-329)资助
基于碳同位素标记实验的代谢通量分析(13CMFA)是代谢工程中的重要方法,它可以对微生物中心代谢网络中的所有代谢通量进行精确量化分析。13CMFA通过逐步拟合同位素标记状态测量数据对胞内的代谢通量进行估计,这对应于一个测量结果和计算...
关键词：代谢通量分析 碳同位素标记实验 进化优化 凸集 大肠杆菌 
离散稳恒信号的多重分形谱的计算及其应用被引量：2
《电子与信息学报》2007年第5期1054-1057,共4页陈双平 郑浩然 刘金霞 童庆 王煦法 
中国科学院知识创新工程重要方向基金项目(KSCX2-SW-329);中国科学技术大学高水平大学建设重点项目资助课题
对于未知信号而言,一般将其视为稳恒信源的输出。因而,利用统计的方法计算信源输出信号的多重分形谱,与理论上计算的结果加以比较,据此就可以判断信源模型参数估计的合理性。该文给出了计算信号多重分形谱的一般方法,并且探讨了计算过...
关键词：离散稳恒信源 多重分形谱 脱氧核糖核酸(DNA)序列 统计分析 
蛋白质序列中的关联规则发现及其应用被引量：4
《生物物理学报》2006年第3期171-176,共6页陈双平 郑浩然 刘海燕 王煦法 
中国科学院知识创新工程重要方向项目(KSCX2-SW-329)~~
随着蛋白质序列-结构分析中使用的机器学习算法越来越复杂,其结果的解释和发现过程也随之复杂化,因此有必要寻找简单且理论上可靠的方法。通过引入原理简单、理论可靠、结果具有很强实际意义的关联规则发现算法,找到了蛋白质序列中数以...
关键词：蛋白质序列 关联规则 二级结构预测 模式发现 
二态隐马尔可夫过程熵率的逼近算法被引量：1
《电子学报》2006年第3期499-502,共4页陈双平 郑浩然 童庆 王煦法 
中国科学技术大学高水平大学建设重点项目;中国科学院知识创新工程重要方向项目(No.KSCX2-SW-329)
基于熵率上下界收敛性,该文提出了一个算法以计算二态隐马尔可夫过程的熵率.该算法能以任意精度逼近熵率的理论值,且可计算最大偏差.算法的复杂度的对数和误差的对数为线性关系,因此其计算代价是可以接受的.该算法为计算一般隐马尔可夫...
关键词：二态隐马尔可夫过程 熵率 渐近逼近 
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