国家自然科学基金(60533020)

作品数：93被引量：514H指数：11
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相关作者：张云泉陈国良迟学斌郑启龙孙广中更多>>
相关机构：中国科学技术大学中国科学院软件研究所中国科学院研究生院中国科学院更多>>
相关期刊：《微电子学与计算机》《计算机系统应用》《计算机辅助工程》《仪器仪表学报》更多>>
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不依赖于剪接位点信号的高精度转录组序列比对算法
《计算机系统应用》2016年第12期138-142,共5页张勇 徐云 
国家自然科学基金(60533020)
高通量转录组测序技术已经发展成为分析不同细胞中选择性剪接事件的最有效方法,其测序数据处理的第一步是将数以百万的测序片段准确地比对到参考序列上,称之为转录组序列比对.现有的比对工具基本上都是依赖于经典的剪接位点信号,一定程...
关键词：选择性剪接 高通量转录组测序 滑动窗口 剪接位点 
基于OpenCL的图像重映射算法优化研究被引量：3
《科研信息化技术与应用》2013年第1期57-66,共10页吴再龙 张云泉 龙国平 徐建良 贾海鹏 
国家自然科学基金资助项目(60303020;40806040);国家自然科学基金资助重点项目(60533020);国家自然科学基金青年基金项目(61100072)
图像重映射（Remap）算法是典型的图像变化算法。在图像放缩、扭曲、旋转等领域有着广泛的应用。随着图片规模和分辨率的不断提高，对图形映射算法的性能提出了越来越高的要求。本文在充分考虑不同GPU平台硬件体系结构差异的基础上，系...
关键词：OPENCL 通用计算 图像重映射算法 跨平台 
基于肽序列标签的蛋白质翻译后修饰中的过滤算法
《计算机应用》2012年第5期1488-1490,共3页李文军 徐云 邵明芝 
国家自然科学基金重点项目(60533020)
大量的质谱数据无法被鉴定或是鉴定的精度不够高,特别是在肽段数据库较大时,普通的算法精度下降很快。提出一种新的盲搜索算法,此算法基于一种全新的基于相似关系度量的打分模型。为了处理大规模问题,同时还应用了基于母离子质量和肽序...
关键词：肽序列标签 翻译后修饰 质谱 盲搜索 大规模 
基于OpenCL的拉普拉斯图像增强算法优化研究被引量：19
《计算机科学》2012年第5期271-277,共7页贾海鹏 张云泉 龙国平 徐建良 李焱 
国家自然科学基金项目(60303020;40806040);国家自然科学基金重点项目(60533020);国家"863"计划基金项目(2006AA01A102;2R2010FM002);ISCAS-AMD联合fusion软件中心资助
OpenCL是面向异构计算平台的通用编程框架,然而由于硬件体系结构的差异,如何在平台间功能移植的基础上实现性能移植仍是有待研究的问题。当前已有算法优化研究一般只针对单一硬件平台,它们很难实现在不同平台上的高效运行。在分析了不同...
关键词：OPENCL 通用计算 拉普拉斯算法 跨平台 
基于OpenCL的图像模糊化算法优化研究被引量：6
《计算机科学》2012年第3期260-264,共5页张樱 张云泉 龙国平 
国家自然科学基金(60303020);国家自然科学基金重点项目(60533020);国家高科技技术研究发展计划(2006AA01A102)资助
现代GPU一般都提供特定硬件(如纹理部件、光栅化部件及各种片上缓存)以加速二维图像的处理和显示过程,相应的编程模型(CUDA、OpenCL)都定义了特定程序设计接口(CUDA的纹理内存,OpenCL的图像对象)以便图像应用能利用相关硬件支持。以典...
关键词：AMD GPU BLUR OPENCL 图像对象 
SIMD技术与向量数学库研究被引量：10
《计算机科学》2011年第7期298-301,共4页解庆春 张云泉 王可 李焱 许亚武 
国家863项目(2006AA01A125;2009AA01A129;2009AA01A134);国家自然科学基金项目(60303032);国家自然基金重点项目(60533020)资助
首先,结合Intel,AMD和IBM处理器,介绍了单指令流多数据流(SIMD)向量化技术及其各自的特点。其次,在3种平台上对各自开发的函数库中的部分向量数学函数进行了测试。结果表明,相对传统的标量计算,向量化技术带来的加速比较高,特别是Cell ...
关键词：向量化 SSE MMX 3DNow! SIMD 
ELF:基于无用块消除和低重用块过滤的共享Cache管理策略被引量：1
《计算机学报》2011年第1期143-153,共11页隋秀峰 吴俊敏 陈国良 唐轶轩 
国家"八六三"高技术研究发展计划项目基金(2008AA01Z111);IBM大学合作联合研究项目(JSA200906010);中国科学技术大学研究生创新基金(KD2008059);国家自然科学基金重点项目(60533020)资助
当代CMP处理器通常采用基于LRU替换策略或其近似算法的共享最后一级Cache设计.然而,随着LLC容量和相联度的增长,LRU和理论最优替换算法之间的性能差距日趋增大.为此已提出多种Cache管理策略来解决这一问题,但是它们多数仅针对单一的内...
关键词：多核 共享高速缓存 插入策略 替换算法 基于计数的算法 
基于串联质谱的快速肽段鉴定算法被引量：1
《计算机工程》2010年第18期214-216,共3页邵明芝 徐云 王颖 李文军 
国家自然科学基金资助重点项目"当代并行机的并行算法应用基础研究"(60533020)
在现有RT-PSM算法的基础上,完成蛋白质数据库酶切成肽段数据库的转换过程,提出有效峰提取的优化策略,设计一个肽段鉴定算法——FPI-PSM。对于没有翻译后修饰的情形,采用Keller数据集进行测试。与RT-PSM算法相比,FPI-PSM算法的灵敏度提高...
关键词：串联质谱 肽段鉴定 碎片离子 有效峰提取 
HPMR系统KV路由算法设计
《计算机工程》2010年第20期102-105,共4页郑启龙 王向前 王昊 
国家自然科学基金资助重点项目(60533020);安徽省自然科学基金资助项目(090412068)
提出一种针对HPMR系统的KV路由算法。HPMR系统是MapReduce模型的一个实现,改进了MapReduce模型以适应高性能计算的需求。HPMR的KV路由算法生成KV路由表,所有数据的收发动作将依据该路由表进行。KV路由算法产生的KV路由表直接决定HPMR系...
关键词：MAPREDUCE模型 高性能计算 DSS-KV路由算法 
基于混合精度算法的改进HPL软件包被引量：2
《计算机工程》2010年第19期47-49,共3页王磊 张云泉 刘芳芳 张先轶 
国家自然科学基金资助项目(60303020);国家自然科学基金资助重点项目(60533020);国家"863"计划基金资助项目(2006AA01A102;2006AA01A125)
利用求解线性方程组的混合精度算法,对HPL软件包进行改进。从性能与加速比、迭代时间与迭代次数以及误差分析3个方面,在四路AMD Opteron870双核处理器平台上,对原HPL与改进的HPL软件包进行对比测试。实验结果表明,改进的HPL软件包在保...
关键词：混合精度算法 HPL软件包 加速比 
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