位点预测

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基于双向长短期记忆网络和卷积神经网络的DNA 6mA甲基化位点预测
《计算生物学》2024年第3期29-38,共10页高伟 郭晓甜 李慧敏 
云南省研究生优质课程建设项目“高等数理统计”(云学位[2022] 8号)。
DNA N6-甲基腺嘌呤(6mA)是一种重要的表观遗传修饰,参与基因调控、DNA复制和修复等生物过程,对疾病研究也具有重要意义,准确识别DNA 6mA位点对理解其功能和机制至关重要。尽管现有的NA 6mA位点预测方法已取得较大成功,但在预测精度和跨...
关键词：DNA 6mA位点 双向长短期记忆网络 卷积神经网络 特征编码 
基于InceptionV3_SVM模型的蛋白质-ATP绑定位点预测
《电脑知识与技术》2024年第14期4-9,17,共7页宋泽瑞 宋初一 宋佳智 姜静清 
国家自然科学基金(项目编号:62162050);内蒙古民族大学博士科研启动基金项目(项目编号:KYQD23006);三亚学院中青年教师(科研类)培养项目(项目编号:USYJSPY24-52)。
蛋白质-ATP绑定位点预测作为近年来生物医学领域的热点研究之一,对于医药学的发展极其重要。为了提高蛋白质-ATP绑定位点预测的准确率,提出了一种基于深度卷积神经网络和支持向量机融合(InceptionV3_SVM)的预测方法。首先对蛋白质序列...
关键词：蛋白质-ATP绑定位点 深度卷积神经网络 蛋白质序列 特征提取 SVM 
基于福井函数方法的芳杂环化合物亲电取代反应位点预测及图形可视化教学应用被引量：1
《安徽师范大学学报（自然科学版）》2024年第2期129-135,共7页李琳 杨宝华 张爱华 
首都医科大学教育教学改革专项课题(2023JYS004).
基于福井函数方法,利用Gaussian和Multiwfn软件预测了常见芳杂环化合物及取代芳杂环化合物的亲电取代反应位点,使之以可视化图像形式展现并应用于基础有机化学的教学实践。
关键词：Gaussian软件 Multiwfn软件 福井函数 芳杂环化合物 反应位点 图形可视化 
机器学习方法在植物基因组信息预测中的研究现状
《生命科学》2024年第3期302-315,共14页张兆旭 管思彤 林一鸣 苏培森 黄思罗 孟宪勇 柳平增 颜君 
山东省高等学校“青创人才引育计划”项目;泰安市2019年科学技术发展计划(2019NS080)。
随着高通量测序技术的飞速发展,植物基因组学研究目前已经积累了海量多组学数据。因此如何开发和改进相关处理软件工具,从而有效利用这些海量数据发掘有用的生物学信息,成为当下亟需解决的重要科学问题。其中机器学习方法凭借其显著的...
关键词：机器学习 植物基因组预测 蛋白质相互作用 分子位点预测 功能注释 作物育种 
基于福井函数计算方法的Fries重排反应机理研究被引量：1
《中国药物化学杂志》2024年第1期1-6,共6页李振礼 张瑞文 沈嘉佳 刘洋 杨华丽 程卯生 
目的利用福井函数计算方法对反应位点进行预测,探究喹啉类化合物N3苯环上Fries重排反应的机理。方法针对分子间重排和分子内重排两种反应机理,分别进行反应底物的福井函数计算,并通过合成实验进行验证。结果与结论在喹啉类化合物N3的Fr...
关键词：FRIES重排 福井函数 反应位点预测 
基于双层BiGRU网络的哺乳动物组织m^(6)A甲基化位点预测
《生物化学与生物物理进展》2023年第12期3032-3044,共13页李慧敏 陈鹏辉 唐轶 徐权峰 胡梦 王煜 
supported by a grant from The National Natural Science Foundation of China(61866040)。
目的N6-甲基化腺苷(N6-methyladenosine,m^(6)A)是RNA中最常见、最丰富的化学修饰,在很多生物过程中发挥着重要作用。目前已经发展了一些预测m^(6)A甲基化位点的计算方法。然而,这些方法在针对不同物种或不同组织时,缺乏稳健性。为了提...
关键词：N6-甲基化腺苷位点 双向门控循环单元 碱基序列 深度学习 
基于Transformer编码器和Nanopore数据的DNA 5-甲基胞嘧啶位点预测
《基因组学与应用生物学》2023年第12期1344-1352,共9页曾佳 陈玲玲 
国家自然科学基金项目(32270712)资助。
DNA中的5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5mC)是通过DNA甲基转移酶在胞嘧啶环第5个碳原子上共价结合一个甲基产生的,广泛存在于不同组织中,在各种生物过程中发挥着重要作用。通过甲基化位点对相应的甲基化修饰进行研究是一种常用手段,因...
关键词：5-甲基胞嘧啶 深度学习 Nanopore测序 Transformer编码器 双向长短期记忆网络 
基于双向门控循环单元的5-甲基胞嘧啶位点预测
《中南民族大学学报（自然科学版）》2023年第6期768-774,共7页黄修威 方中纯 李海荣 
内蒙古自治区自然科学基金资助项目(2020MS06028);内蒙古自治区高等学校科学研究项目资助项目(NJZY21387);2020年教育部产学合作协同育人项目资助项目(202002107034)。
5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,m5C)是一种重要的转录后修饰,大量证据表明,m5C在许多生物学过程中起着至关重要的作用.准确鉴定m5C位点有助于更好地了解其生物学功能.为此提出了一个名为pm5C-BGRU的模型,该模型通过拼接独热编码(One-ho...
关键词：5-甲基胞嘧啶 序列编码 双向门控循环单元 预测 
基于机器学习的DNA N4-甲基胞嘧啶位点预测研究
《信息与电脑》2023年第16期29-31,共3页杨启钥 
脱氧核糖核酸(DeoxyriboNucleic Acid,DNA)N4-甲基胞嘧啶(N4-methylcytosine,4mC)修饰涉及基因表达、DNA复制等多个过程,是一种较为常见的DNA位点预测方法。对6个不同物种进行独热编码(One-Hot encoding),在进行算法训练和模型评估后发...
关键词：机器学习 DNA N4-甲基胞嘧啶 位点预测 
m^(6)AmTwins:基于深度学习和Twins网络的m^(6)A_(m)位点预测
《中国生物化学与分子生物学报》2023年第6期889-895,共7页贾建华 陈天 吴跟强 孙明炜 
国家自然科学基金项目(No.61761023,31760315);江西省自然科学基金项目(No.20202BABL202004,20202BAB202007);江西省教育厅科研计划(No.GJJ190695,No.GJJ212419)资助。
N6,2′-O-二甲基腺苷(m^(6)Am)是一种常见的RNA分子的可逆修饰。部分研究已经说明m^(6)Am对mRNA的影响,但现阶段对m^(6)Am的生物学功能探索仍不够。所以我们提出了m^(6)AmTwins,一种新的端到端双胞胎网络,将Transformer(自动编码器)和...
关键词：N6 2′-O-二甲基腺苷 特征提取 深度学习 双胞胎网络 
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