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基于TCGA数据库分析线粒体相关基因同膀胱癌预后关系
《上海师范大学学报（自然科学版中英文）》2024年第5期667-675,共9页吴迪 林家伟 麻荣耀 张磊 
国家自然科学基金(82270191);苏州大学“大学生创新创业训练计划”(2024C031);苏州大学学术启动经费(NH21100323)。
目的构建基于线粒体相关基因同膀胱癌预后模型,并且分析回归模型同膀胱癌预后的关系.方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载膀胱癌转录组数据及临床信息,利用R软件进行数据处理分析.首先对膀胱癌患者的癌与癌旁组织中线粒体相关基因进...
关键词：膀胱癌 线粒体 预后 癌症基因组图谱(TCGA)数据库 
光学基因组图谱在染色体结构异常检测中的应用被引量：1
《基因组学与应用生物学》2023年第8期783-790,共8页陈柯新 胡志鑫 高梦莹 曾鹏 晏家骢 
国家自然科学基金面上项目(32270981);云南省妇产生殖疾病临床医学中心项目(2020LCZXKF-SZ02,2022LCZXKF-SZ12,2021LCZXXF-SZ03);昆明医科大学应用基础研究联合专项项目(202001AY070001-296)共同资助。
染色体结构异常(structural variations,SVs)是临床中的常见现象,主要包括染色体缺失、重复、倒位和易位等,因其会引起基因融合、断裂或拷贝数改变,常导致疾病的发生。目前临床上对于SVs的检测多采用染色体核型、芯片分析或高通量测序...
关键词：染色体结构异常 分子遗传学检测 光学基因组图谱 
首个泛基因组图谱捕捉人类遗传多样性全貌
《世界科学》2023年第7期15-16,共2页王怡昀(编译) 范雪莱 
把人类基因组的初稿想象成一本书。这本书在世纪之交才刚刚发表,却为变革性治疗铺平了道路。基因编辑和基因疗法现在可以用来对抗以前无法治愈的疾病。比较我们与进化过程中最亲近表亲中的A、T、C、G基因字母,可以揭开我们进化和智力的...
关键词：基因组图谱 人类基因组 基因疗法 遗传疾病 基因编辑 遗传多样性 变革性 DNA片段 
miR-140在肝癌中的表达及临床意义
《吉林医药学院学报》2023年第3期171-173,共3页霍奇 胡俊杰 赵梅 韩雪 夏晓影 杜昱霖 李瑶 
安徽省自然科学基金项目(2208085MH247);安徽省高校科学研究重点项目(2022AH051450);安徽省卫生健康委员会项目(AHWJ2021b099);蚌埠市科技局项目(2020033);蚌埠医学院科学研究重点项目(2020byzd027)。
目的 分析miR-140在肝癌中的表达及临床意义。方法 选取癌症基因组图谱数据库肝癌患者(n=369)作为研究对象,对应癌旁正常组织(n=49)为对照组,利用UALCAN在线分析miR-140在肝癌中的表达,并分析其表达与年龄、性别、分级、分化程度、分期...
关键词：miR-140 肝癌 癌症基因组图谱 临床意义 
生物信息学分析神经元钙蛋白1(CALN1)在胶质瘤中表达的临床意义及其与免疫细胞浸润的相关性被引量：1
《细胞与分子免疫学杂志》2023年第3期205-212,共8页张瀚 张津豪 王涛 
国家自然科学基金(82073361);肿瘤生物学国家重点实验室自主课题(CBSKL2019ZZ20);陕西省重点研发计划(2020SF-201)。
目的 采用生物信息学方法分析神经元钙蛋白1(CALN1)在胶质瘤中表达的临床意义及其在肿瘤免疫细胞浸润中的作用。方法 利用仙桃学术在线分析癌症基因组图谱(TCGA)数据库中CALN1基因在胶质瘤中的表达情况,采用Kaplan-Meier生存分析法评价...
关键词：癌症基因组图谱(TCGA) 胶质瘤 神经元钙蛋白1(CALN1) 免疫细胞浸润 
基于生物信息学挖掘结肠癌预后相关生物标志物被引量：1
《浙江医学》2023年第6期599-602,I0007,共5页付聪 薛向磊 黄中强 柳鑫 张锋 
武汉中青年医学骨干人才培养工程(59)。
目的 基于生物信息学挖掘结肠癌预后相关生物标志物。方法 利用基因表达汇编数据库下载结肠癌芯片数据集GSE25070和GSE115313,获取结肠癌组织样本43例、正常结肠组织样本44例,筛选出两个芯片数据集的共同差异基因。构建共同差异基因的...
关键词：结肠癌 癌症基因组图谱 基因表达汇编 R语言 生物标志物 预后 
基于癌症基因组图谱数据库肺腺癌预后风险模型的建立被引量：1
《中华实验外科杂志》2022年第12期2471-2474,共4页赵丹 牟海军 王显艳 毕红霞 郑红艳 孔维丽 李晶 程薪樾 戴翔宇 
黑龙江省教育厅基金项目(2019-KYYWF-1216,2019-KYYWF-1254)。
目的:构建基于微小RNA(miRNA,miR)表达量的肺腺癌预后列线图风险模型,研究其对肺腺癌患者生存的预测价值。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载获取肺腺癌miRNA表达数据,包括miRNAseq和临床数据。应用R 3.6.2软件中的edgeR包筛选肺...
关键词：肺腺癌 微小RNA 癌症基因组图谱 预后列线图模型 
BAIAP2L2在肝癌中的表达及临床意义被引量：1
《生命科学研究》2022年第5期441-451,共11页屈才浩 马腾达 王瑞 李晓梅 李玉民 
甘肃省国际科技合作项目(18YF1WA113);甘肃省科技重大专项(20ZD7FA003)。
脑特异性血管生成抑制剂1相关蛋白2样2(brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2-like 2,BAIAP2L2)是一种上皮特异性BAR结构域蛋白,近年来被发现在多种肿瘤中高表达,然而在肝癌中的角色尚不清楚。本文通过生物信...
关键词：肝癌 脑特异性血管生成抑制剂1相关蛋白2样2(BAIAP2L2) 癌症基因组图谱(TCGA) 预后 
P2RY8在肝细胞癌组织中表达的生物信息学分析及其临床意义
《临床肝胆病杂志》2022年第8期1825-1833,共9页梅儒齐 鞠倩 李曰平 刘诚聪 
青岛市民生科技计划项目(15-9-2-80-nsh);青岛市2020年度中医药科研计划项目(2020-zyy026)。
目的本研究旨在探讨人B淋巴细胞限制受体P2RY8在肝细胞癌(HCC)诊断和预后中的应用价值,并分析了其与肿瘤免疫的关系。方法利用肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库比较P2RY8的表达情况。采用R软件包分析P2RY8与肿瘤分期的相关性,建立诊断及生存...
关键词：癌 肝细胞 人B淋巴细胞限制受体P2RY8 肿瘤基因组图谱 生物标记 
基于生物信息学探索肺鳞癌肿瘤微环境及寻找关键基因被引量：3
《国际呼吸杂志》2022年第3期200-210,共11页朱妍 王玉秀 徐兴祥 许文景 葛辉 凡国华 杨俊俊 吴书清 闵凌峰 
国家自然科学基金(81870033、81800049、81900085)。
目的探究肺鳞癌肿瘤微环境,并寻找影响肺鳞癌肿瘤微环境的关键基因。方法使用R语言ESTIMATE算法计算TCGA数据库中肺鳞癌样本的基质评分、免疫评分与综合评分;CIBERSORT算法计算肺鳞癌22种肿瘤浸润免疫细胞丰度。根据surv_cutpoint函数...
关键词：肺肿瘤 癌 鳞状细胞 肿瘤微环境 癌症基因组图谱 免疫细胞浸润 
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