序列比对算法

作品数：41被引量：96H指数：6
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序列比对算法BWA的优化
《计算机应用研究》2024年第12期3777-3785,共9页胡爽 陈长波 
国家重点研发计划资助项目(2020YFA0712300);重庆英才计划青年拔尖项目(2021000263);重庆市院士牵头科技创新引导专项资助项目(cstc2021yszx-jcyjX0004,2022YSZX-JCX0011CSTB,CSTB2023YSZX-JCX0008)。
序列比对是基因组数据分析的关键一环,提高其比对效率对推动测序技术在医学、古生物学等领域的应用具有重要意义。针对BWA算法两大步骤之一的SAMSE存在冗余读取索引导致效率欠佳的问题,提出了新的算法BWA^(*)。其通过运用流程优化消除了...
关键词：序列比对 罗伯斯-惠勒变换 第二代测序 BWA 古代DNA 
一种基于Yarn云平台的基因启发式多序列比对算法
《电子技术应用》2024年第11期16-22,共7页杨波 徐胜超 周继鹏 王志坚 
国家自然科学基金面上项目(61972444);广州华商学院校内科研导师制项目资助(2023HSDS34)。
提出一种基于Yarn云平台的基因启发式多序列比对算法。建立核酸替换等价矩阵作为基因启发式数学模型,构建Yarn云平台逻辑架构,通过对基因数据预处理、基因数据存储、基因序列比对、基因数据管理、基因数据分析等步骤,对数据分类保存,划...
关键词：生物数据 并行计算 分布式计算架构 分布式数据库系统 大数据处理平台 
一种面向生物基因多序列比对算法的任务调度方法
《计算机与现代化》2024年第7期7-12,共6页杨波 王宏杰 徐胜超 毛明扬 蒋金陵 蒋大锐 
国家自然科学基金面上项目(61972444);广州华商学院校内科研导师制项目(2023HSDS34)。
针对现阶段生物基因多序列比对算法在面对大规模数据时存在比对效率慢的问题,提出一种面向生物基因多序列比对算法的任务调度方法,以提高生物基因多序列比对的效率。通过Trie树方法对生物基因多序列数据展开分割处理,从而提高后续基因...
关键词：生物基因 任务调度 多序列比对 CPU与GPU BWT索引方法 
基于序列比对算法的中文文本相似度计算研究被引量：13
《图书情报工作》2021年第11期101-112,共12页赵登鹏 熊回香 田丰收 李昕然 
国家社会科学基金项目"融合知识图谱和深度学习的在线学术资源挖掘与推荐研究"(项目编号:19BTQ005)研究成果之一。
[目的/意义]针对序列比对算法在文本相似度中的应用,改进全局比对算法并提高该算法的准确性,同时,应用局部比对算法有效解决内容差异或长短差异较大的两文本进行比对的问题。[方法/过程]首先,利用HanLP中的CRF模型对在线学术资源中文文...
关键词：CRF模型 词性标注 Word2Vec 序列比对 局部比对 文本相似度 
多序列比对算法族的形式化设计与生成被引量：3
《计算机工程与科学》2020年第8期1383-1392,共10页张旭初 石海鹤 
国家自然科学基金(61662035,61762049,61862033)。
多序列比对问题是生物信息学研究的重要部分,是解决物种进化关系、基因组序列分析等问题的基础。多序列比对算法具有很高的专用性,不同的算法适用于不同的研究环境。目前常用的多序列比对软件是在生物信息学理论指导下利用多个子算法装...
关键词：多序列比对算法 特征模型 产生式编程 算法构件 PAR平台 
基于多策略人工蜂群的多序列比对算法被引量：1
《控制与决策》2018年第11期1990-1996,共7页匡芳君 张思扬 刘传才 
国家自然科学基金项目(61373063;61233011;61402227)
多序列比对是生物信息学中最重要和最具挑战性的任务之一.基于多序列比对是NP完全组合优化问题,引入Tent混沌初始化种群策略、不同蜂种的邻域搜索策略和锦标赛选择策略等,提出一种基于多策略人工蜂群的多序列比对算法.该算法应用Tent混...
关键词：人工蜂群算法 多策略 Tent混沌初始化 邻域搜索 多序列比对 
基于扩展前缀树的协议格式推断方法被引量：2
《计算机工程与应用》2018年第12期14-20,共7页洪征 田益凡 张洪泽 吴礼发 
国家重点研发计划(No.2017YFB0802900)
对未知网络协议进行协议格式推断在网络安全领域具有重要意义。现有的协议格式推断方法存在时间复杂度高、精确度较低等问题。提出了一种基于扩展前缀树协议格式推断方法。该方法首先通过N-gram分词获取候选协议关键词,使用互信息进行...
关键词：协议格式推断 互信息 扩展前缀树 多序列比对算法 
基于区域过滤的测序序列比对算法研究被引量：1
《信息技术与网络安全》2018年第4期45-48,64,共5页丁胜楠 吴鸣 徐云 
国家自然科学基金(61672480)
随着二代测序平台的发展,二代测序技术可短时间产生数以千万计长度在100位点左右的测序片段数据(read),如何快速、准确地将这些read比对到参考基因组上成为测序序列比对算法的严峻挑战。传统测序比对算法大多是使用种子进行细粒度过滤...
关键词：序列比对算法 区域过滤 基因组数据 
第5讲 基于网络流量的协议格式推断技术研究进展
《军事通信技术》2017年第2期92-98,共7页田益凡 洪征 潘璠 张洪泽 
协议逆向分析技术是在不依赖协议规范的情况下,以网络流量或指令执行轨迹为分析对象,推断协议格式以及协议状态机的一种技术手段。基于网络流量的协议格式推断以截获的网络报文序列为分析对象,通过生物信息学或数据挖掘等方法,分析相同...
关键词：协议逆向 网络流量 协议格式推断 多序列比对算法 概率模型 
序列比对算法中的BW变换索引技术研究及其改进被引量：4
《计算机工程》2016年第1期282-286,共5页赵雅男 徐云 程昊宇 
国家自然科学基金资助重点项目(61033009);国家"111"计划基金资助项目(B07033)
面向大规模长序列的序列比对问题是生物信息学中最重要的基础问题之一。针对序列比对算法的主流索引技术BW变换(BWT)进行研究,提出一种新的二阶BWT索引方法。与传统BWT方法的逐位索引查找不同,改进后的BWT方法按双位索引查找。实验结果...
关键词：序列比对 索引 BW变换索引 第二代测序 第三代测序 大规模长序列比对 
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