Β-发夹模体

作品数：10被引量：13H指数：2
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随机森林和支持向量机算法在β-发夹模体预测中的比较
《温州大学学报（自然科学版）》2016年第3期26-33,共8页贾少春 
基于对β-发夹模体的预测探索,本文使用随机森林和支持向量机两种算法,对ArchDB40数据库及自建数据集中的β-发夹模体进行预测.对于同一数据集,在特征参数和检验方法均相同的情况下,随机森林算法的预测精度要高于支持向量机算法.此外,...
关键词：随机森林算法 支持向量机算法 Β-发夹模体 离散增量 预测的二级结构信息 
随机森林算法在β-发夹模体预测中的应用
《忻州师范学院学报》2015年第5期6-9,28,共5页贾少春 
基于对β-发夹模体预测的探索,文章尝试使用新的预测方法,即随机森林算法,以离散增量、矩阵打分值和预测的二级结构信息为特征参数,对Arch DB40数据库中loop长为2-8个氨基酸残基的β-发夹模体进行预测,将数据集平均分成5份,其中1份做训...
关键词：随机森林算法 离散增量 矩阵打分函数 Β-发夹模体 
基于矩阵打分值和化学位移值预测酶蛋白质中β-发夹模体被引量：2
《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》2014年第3期174-181,共8页宋航宇 胡秀珍 
国家自然科学基金(30960090;31260203)
酶是一类具有催化功能的蛋白质,对其结构和功能的研究是非常有必要的。特殊模体β-发夹是一种简单的超二级结构,它们包含了丰富的折叠信息,对酶中β-发夹的预测有助于酶结构和功能的预测。本文建立了非冗余的β-发夹模体数据集,包含108...
关键词：Β-发夹模体 支持向量机算法 矩阵打分算法 位点亲疏水组分 位点亲疏水关联 平均化学位移值 
基于添加功能位点信息的组合向量预测β-发夹模体被引量：2
《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》2012年第3期1-9,共9页贾少春 胡秀珍 
国家自然科学基金资助项目(30960090)
一条蛋白质序列通常是用多种特征来表达的,因此使用简单的特征参数对蛋白质结构进行预测,得到的效果往往不尽人意。在前人使用过的预测β-发夹的特征参数基础上,将功能位点信息添加到特征参数中,共同输入到支持向量机和随机森林两种算法...
关键词：Β-发夹模体 随机森林算法 预测的二级结构信息 自相关函数 功能位点信息 
酶蛋白质β-发夹模体配体结合位点的统计分析及预测
《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》2011年第3期183-191,共9页胡秀珍 刘星星 
国家自然科学基金项目(30960090);内蒙古自然科学基金项目(2009MS0111)
从酶蛋白质loop分类数据库ArchDB_EC中整理得到了1397个含配体结合位点β-发夹,对β-发夹中的配体结合位点进行了统计分析。在此基础上,提取序列片段的氨基酸组分、位点氨基酸组分和位点亲疏水特征组分为参数集,采用mRMR方法对该参数集...
关键词：酶 Β-发夹模体 配体结合位点 支持向量机 mRMR 
用二次判别方法识别蛋白质β-发夹模体被引量：2
《生物物理学报》2009年第4期275-281,共7页王春连 胡秀珍 
国家自然科学基金(30960090);内蒙古自治区高等学校科学研究项目(NJZY08059)~~
基于氨基酸序列,用打分值、离散增量、自相关函数值和距离值来表示β-发夹模体信息,通过二次判别方法对上述信息进行融合,预测数据库ArchDB40和EVA中的β-发夹模体。文章使用的β-发夹模体包含的loop长为2～10个氨基酸,当序列模式长为1...
关键词：Β-发夹模体 打分函数 离散增量 自相关函数 二次判别 
打分矩阵方法在β-发夹模体识别中的应用被引量：6
《生物信息学》2008年第4期156-158,167,共4页姜雪 胡秀珍 
内蒙古自然科学基金资助项目200508010509
用打分矩阵的五种算法,从蛋白质的氨基酸序列出发,以氨基酸为参数,分别对3088个同源性小于40%的蛋白质和2878个同源性小于33%的蛋白质的β-发夹模体片断进行了识别。利用self-consistency和10-fold cross-validation两种方法对五种算法...
关键词：Β-发夹模体 位置打分矩阵 位置打分函数 
蛋白质β-发夹模体片断的识别被引量：3
《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》2008年第2期88-94,共7页姜雪 胡秀珍 
内蒙古自然科学基金资助项目200508010509
依据β-发夹氨基酸序列中的保守性特征,分别以氨基酸(20种氨基酸和一个空位)和氨基酸紧邻关联为参数,通过构建位置权重矩阵和选取氨基酸最佳序列模式片断,利用相似性打分函数,对蛋白质超二级结构β-发夹模体片断进行识别,获得了较好的...
关键词：Β-发夹模体 位置权重矩阵 相似性打分函数 域值 
矩阵打分的方法应用于蛋白质β-发夹模体的识别被引量：1
《内蒙古大学学报（自然科学版）》2007年第6期654-659,共6页胡秀珍 李前忠 
国家自然科学基金资助项目(30560039);内蒙自然科学基金资助项目(200508010509;200607010101)
从蛋白质的一级序列出发,用矩阵打分的方法对3088个蛋白质中的β发夹和非β发夹模体进行了识别.使用10-交叉检验,预测总精度为75.9%,Matthew相关系数为0.42.同时计算了不同loop长的模体对应的序列最佳固定模式长,并对有相同最佳固定模...
关键词：Β-发夹模体 位置频率矩阵 位点保守性参量 打分函数 
用支持向量机识别β-发夹模体被引量：1
《生物物理学报》2007年第6期463-469,共7页胡秀珍 李前忠 
国家自然科学基金资助项目(30560039);内蒙自然科学基金资助项目(200508010509;200607010101)~~
基于蛋白质序列,提出了一种新的超二级结构模体β-发夹的预测方法。利用离散增量构成的向量来表示序列信息,并将6个离散增量输入支持向量机,在六维向量空间中寻找最优超平面,将β-发夹和非β-发夹进行分类。计算结果表明,利用所设计的...
关键词：超二级结构 Β-发夹模体 离散增量 支持向量机 
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