位置权重矩阵

作品数：21被引量：66H指数：3
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基于综合DNA序列特征的支持向量机方法识别核小体定位被引量：3
《生物医学工程学杂志》2020年第3期496-501,共6页崔颖 徐泽龙 李建中 
国家自然科学基金资助项目(61832003)。
本文基于Z曲线(z-curve)理论和位置权重矩阵(PWM)提出一种构建核小体DNA序列的模型。该模型将核小体DNA序列集转换成三维空间坐标,通过计算该序列集的位置权重矩阵获得相似性权重得分,将两者整合得到综合序列特征模型(CSeqFM),并分别计...
关键词：序列特征 支持向量机 核小体 Z曲线 位置权重矩阵 欧氏距离 
微孢子虫PolyA位点的预测
《西南大学学报（自然科学版）》2017年第4期138-143,共6页孙康 杨明 马立 李田 赵玉芳 
国家自然科学基金面上项目(31371055);中央高校基本业务费专项资助项目(XDJK2015A010)
多聚腺苷酸化是真核细胞内形成成熟mRNA的一个重要步骤,其位点的预测对基因组序列中编码基因的发掘具有重要的参考价值.本研究以缺乏有效基因预测方法的微孢子虫基因组为对象,根据该物种的基因表达偏好设计了一个算法,对其PolyA位点进...
关键词：PolyA信号 微孢子虫 位置权重矩阵 机器学习 
基于打分函数的蛋白质二级结构的识别被引量：2
《生物数学学报》2016年第4期455-460,共6页冯永娥 
内蒙古自治区高等学校科学研究项目(No.NJZY067);内蒙古农业大学基础科研基金(No.JC2013004)资助项目
本文首次将基于位置权重矩阵的打分函数用于蛋白质二级结构的预测中.我们选取CB513数据库作为基准数据库,首先在库中截取11残基和21残基片段,依据中心残基的二级结构类型分成3个集合;然后分别建立20种氨基酸、以及依据亲疏水性约化成的...
关键词：蛋白质二级结构 位置权重矩阵 打分函数 误差允许范围 
基于位置权重矩阵的核小体识别及功能分析被引量：1
《生物信息学》2016年第1期1-6,共6页岁品品 邢旭东 王宏 崔颖 
黑龙江省卫生厅科研课题资助(2013129)
为研究高通量的人类CD4+T细胞的核小体定位模式,使用迭代算法对核小体定位模式进行分类,并利用位置权重矩阵方法分别构建稳定核小体定位序列、动态核小体定位序列和连接区序列模型,通过十倍交叉验证评估模型性能,并与Segal方法与弯曲度...
关键词：核小体定位 位置权重矩阵 基因功能富集分析 
细菌σ^(54)启动子序列分析与预测被引量：3
《电子科技大学学报》2015年第1期147-149,共3页丁辉 邓恩泽 陈伟 林昊 
国家自然科学基金(61202256;61301260;61100092);中央高校基本科研业务费(ZYGX2012J113;ZYGX2013J102)
对实验确定的168条σ54启动子序列进行保守性分析,获得两个保守的区域-24区域和-12区域,均为最保守的功能元件。选取保守性最大的17个保守位点的三联体频数作为参数,引入伪计数构建位置权重矩阵,对168条σ54启动子进行预测,分别从编码...
关键词：细菌 保守性 位置权重矩阵 启动子 
基于DNA结合特异性权重矩阵的TAL效应物靶标预测
《平顶山学院学报》2014年第5期60-67,共8页李可力 玉延华 陈庆锋 
计算预测出TAL效应物的候选靶标有助于高效地确定TAL效应物的靶基因,进而阐明TAL效应物的生物学功能,但是目前在TAL效应物靶标计算预测方面的研究仍然很少.为了设计出预测TAL效应物靶标的有效算法,基于TAL效应物的已知靶标数据,构建了TA...
关键词：TAL效应物 结合特异性 位置权重矩阵(PWM) 打分函数 靶标预测 
酿酒酵母核小体定位理论模型的体外实验验证被引量：2
《生命科学研究》2014年第1期21-27,共7页王成爱 赵宏宇 邢永强 邵灵利 蔡禄 
国家自然科学基金资助项目(61072129);内蒙古自然科学基金资助项目(2013MS0514)
核小体定位对真核生物基因表达调控发挥着重要作用。前期基于核小体核心及连接区域的k-mer频次分布偏好性,构建了位置权重矩阵算法,并在酿酒酵母基因组内较好地预测了核小体占据率。利用该理论模型,以1 bp碱基为步长、147 bp碱基为窗口...
关键词：酿酒酵母 核小体定位 位置权重矩阵 盐透析法 体外实验 
基于一致序列多样性分析的启动子预测方法被引量：1
《生物信息学》2012年第3期211-216,共6页张文燕 武栓虎 王敏强 
国家自然科学基金(61070118)
基于启动子的以下特点:(1)启动子区域有一些一致序列,但对于不同的启动子,一致序列在个别碱基上会有所改变,具有多样性;(2)一致序列的位置并不固定,总是在某个范围内波动;(3)大部分的真核生物启动子都和CpG岛有关。提出了一个新的启动...
关键词：启动子预测 真核生物 CPG岛 区间位置权重矩阵 
基于序列特征的人类Pol Ⅱ启动子理论预测
《生命科学研究》2009年第5期403-407,共5页杨科利 许强 
宝鸡文理学院硕士启动项目(08113)
基于已知的人类Pol Ⅱ启动子序列数据,综合选取启动子序列内容和序列信号特征,构建启动子的支持向量机分类器.分别以启动子序列的6-mer频数作为离散源参数构建序列内容特征,同时选取24个位点的3-mer频数作为序列信号特征构建PWM,将所得...
关键词：启动子 离散增量 位置权重矩阵(PWM) 支持向量机(SVM) 
改进的离散增量算法预测27类折叠子的结构类型被引量：6
《内蒙古大学学报（自然科学版）》2009年第3期285-290,共6页张怀光 胡秀珍 
内蒙古自治区高等学校科学研究项目(NJZY08059)
蛋白质二级结构预测是三级结构预测的一个非常重要的中间步骤,而折叠子识别和结构类型的准确预测则可以提高二级结构和三级结构预测的准确度.本文从蛋白质的一级序列出发,提出了一种改进的预测算法:以二肽组分、预测的二级结构信息、伪...
关键词：离散增量 伪氨基酸组分 位置权重矩阵 蛋白质折叠子 蛋白质结构类型 
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