核小体定位

作品数：44被引量：72H指数：5
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基于LSTM的核小体序列可分类性分析
《佳木斯大学学报（自然科学版）》2023年第6期126-129,共4页刘建丽 周德良 靳文 
基本科研业务费专项资金资助项目(53200759777);国家自然科学基金(42007289)。
核小体是染色体的基本结构单元。将核小体序列和非核小体序列预处理为时间序列数据,利用LSTM(long short-term memory network)进行迭代训练和长、短程特征学习,得到的LSTM模型可以实现核小体序列92.67%的识别准确率。研究表明,核小体...
关键词：核小体 核小体序列 LSTM 可分类性 核小体定位 
基于DNA局域结构和统计物理模型识别核小体定位
《内蒙古大学学报（自然科学版）》2023年第1期35-42,共8页杜鹏宇 李前忠 张璐强 陈康 
国家自然科学基金(32160216,61861035)。
核小体是真核生物染色质的基本单位。核小体的精确定位影响了基因组序列对结合蛋白的可及性、转录、遗传复制和重组。了解核小体在基因组的准确位置对理解真核生物的生命活动过程有重要作用。本文基于核小体的序列和结构特征及统计物理...
关键词：位置概率关联矩阵 统计物理模型 核小体定位 配分函数 
细胞重编程过程中核小体定位改变研究进展
《遗传》2022年第3期208-215,共8页崔浩亮 史佩华 高锦春 张新博 赵顺然 陶晨雨 
国家自然科学基金项目(编号:31802063);河北省自然科学基金项目(编号:C2020204058);河北农业大学引进人才科研专项(编号:ZD201718)资助。
细胞重编程是指在精卵结合或核移植过程中,核遗传物质的表观遗传标记发生删除和重塑,从而使已分化的细胞成为具有全能性的过程。发生细胞重编程的方法主要有细胞融合、体细胞核移植以及诱导多能干细胞等。核小体是染色质的基本结构及功...
关键词：细胞重编程 核小体定位 染色质重塑 转录起始位点 
核小体定位预测的集成学习方法
《计算机科学》2022年第2期285-291,共7页陈伟 李杭 李维华 
云南省教育厅科学研究基金(2019J0006);云南省创新团队项目(2018HC019)。
核小体定位指DNA双螺旋相对于组蛋白的位置,并在DNA的转录阶段起着重要的调节作用。依靠生物实验的手段测得核小体定位会消耗大量的时间和资源,因此基于计算方法利用DNA序列进行核小体定位预测成为了一个重要的研究方向。针对核小体定...
关键词：核小体定位 深度学习 集成学习方法 DNA序列编码 交叉验证 
基于综合DNA序列特征的支持向量机方法识别核小体定位被引量：3
《生物医学工程学杂志》2020年第3期496-501,共6页崔颖 徐泽龙 李建中 
国家自然科学基金资助项目(61832003)。
本文基于Z曲线(z-curve)理论和位置权重矩阵(PWM)提出一种构建核小体DNA序列的模型。该模型将核小体DNA序列集转换成三维空间坐标,通过计算该序列集的位置权重矩阵获得相似性权重得分,将两者整合得到综合序列特征模型(CSeqFM),并分别计...
关键词：序列特征 支持向量机 核小体 Z曲线 位置权重矩阵 欧氏距离 
基于希尔伯特-黄变换的核小体定位特征提取
《生物信息学》2019年第4期237-248,共12页刘珂 丰继华 黄月月 郭亚茹 牟锦 
国家自然科学基金(No.31160234)
核小体是染色体折叠的整体结构,它们的空间分布与基因组活动的调节密切相关,是基因工程和表观遗传的重要研究领域。为进一步研究核小体定位特征的物种间差异性,将希尔伯特-黄变换(HHT)引入到酵母和果蝇两个不同物种的定位信号中,从多个...
关键词：核小体 真核模式生物 希尔伯特-黄变换(HHT) 果蝇 酵母 
癌症发生发展中的表观遗传学研究被引量：23
《遗传》2019年第7期567-581,共15页张競文 续倩 李国亮 
国家自然科学基金项目(编号:31771402);中央高校基本科研业务费专项资金资助项目(编号:2662017PY116)资助~~
癌症是由细胞恶性增殖和扩散引发的一类复杂疾病,解析其致病机制是人类目前面临的重大挑战之一。表观遗传学机制对维持基因特定的表达模式和生命个体的正常发育生长至关重要。表观遗传图谱的紊乱如组蛋白修饰、DNA/RNA甲基化和染色质三...
关键词：癌症 表观遗传学 DNA/RNA甲基化 组蛋白修饰 核小体定位 非编码RNA 染色质三维结构 
基于DNA变形能的核小体定位预测方法研究进展被引量：2
《生物信息学》2019年第2期67-75,共9页刘国庆 
国家自然科学基金(No.31660322,No.61102162);内蒙古自然科学基金(No.2018LH03023);内蒙古科技大学优秀青年基金(No.2016YQL06)
真核细胞中,作为染色质基本结构单元的核小体参与调控基因的转录、DNA复制、重组以及RNA剪接等诸多生物学过程。阐明核小体定位机制并准确预测核小体在染色体上的位置对解读染色质结构与功能有重要生物学意义。在过去30多年时间里,研究...
关键词：核小体定位 核小体占据率 旋转定位 DNA变形能 力常数 
基于遗传算法酵母核小体定位性质预测
《生物信息学》2019年第2期95-101,共7页郭亚茹 丰继华 于华峥 牟锦 黄月月 刘珂 
国家自然科学基金项目(31160234)
在DNA序列上,定位模糊的特殊核小体与定位良好的普通核小体同时存在于染色体区域内,但由于二者的化学性质差异不明显,区分较为困难。本文针对实验核小体在真核基因转录起始位点周围的分布规律和保守性建立了一个核小体分布模型,并在前...
关键词：核小体定位 酵母 分布模型 遗传算法 
人类核小体定位序列特征分析
《生物医学》2018年第4期55-61,共7页贾芸 李宏 吕军 王景峰 
内蒙古工业大学重点研究项目(ZD201614)。
高通量体外实验证实DNA序列是影响核小体定位的重要因素,DNA序列之间的差异能够影响核小体定位的能力。本工作以人类基因组序列为研究对象,分析了人类核小体定位序列的组分特征,k-mer位置偏好等,统计结果显示核小体定位序列单核苷酸G和...
关键词：模体 含量 核小体 序列 定位 影响 人类 
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