郑明

作品数:13被引量:35H指数:3
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供职机构:梧州学院更多>>
发文主题:基因调控网络白质种蛋微分方程模型奇异值分解更多>>
发文领域:自动化与计算机技术医药卫生生物学农业科学更多>>
发文期刊:《吉林大学学报(理学版)》《计算机工程与应用》《生物化学与生物物理进展》《计算机应用研究》更多>>
所获基金:国家自然科学基金广西壮族自治区自然科学基金国家高技术研究发展计划中国博士后科学基金更多>>
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用并行计算从基因表达数据构建大规模基因调控网络被引量:1
《计算机应用研究》2020年第7期2041-2044,共4页郑明 周柚 卓慕瑰 
国家自然科学基金资助项目(61862056,61772227);广西自然科学基金项目面上项目(2017GXNSFAA198148);梧州学院院级项目(2017B001);广西高校行业软件技术重点实验室项目。
为解决大规模基因调控网络构建算法精度不高、计算时间过长的问题,提出一种从基因表达数据分析出发,并行计算和阈值限定相结合的新算法来构建大规模基因调控网络。该算法中基因间交互强度值采用条件互信息值度量,并行计算采用GPU与CPU...
关键词:基因调控网络 大规模数据集 并行计算 阈值限定 基因表达数据 
AP数据源融合算法构建基因调控网络
《吉林大学学报(理学版)》2019年第5期1214-1218,共5页郑明 刘桂霞 卓慕瑰 
国家自然科学基金(批准号:61862056);广西自然科学基金(批准号:2017GXNSFAA198148);梧州学院科研项目(批准号:2017B001)
针对单一数据集构建基因调控网络算法数据量不足及构建网络结果不精确的问题,提出一种基于能力与信任(AP)的数据源融合算法.该算法将基因表达数据、蛋白质相互作用数据和基序数据集,分别通过控制与被控制双向数据流传输来分析和构建基...
关键词:AP算法 数据源融合 基因调控网络 全基因组关联 
四点三线遗传算法求解旅行商问题被引量:11
《计算机工程与应用》2017年第14期148-154,共7页郑明 卓慕瑰 
国家自然科学基金(No.61502343;No.61373051);中国博士后科学基金第59批面上资助一等资助(No.2016M590260);广西自然科学基金(No.2015GXNSFBA139262);广西高校科研项目(No.KY2015ZD122);梧州学院院级项目(No.2014A002)
为解决NP完全的旅行商问题,提出一种四点三线遗传算法。该算法特色在两阶段策略,第一阶段是变异算子优化,将汉密尔顿环中所有大于两点的内部路径倒置,并用新极值代替原极值。第二阶段是四点三线优化,将汉密尔顿环分为n个四点三线局部路...
关键词:遗传算法 旅行商问题 两阶段策略 四点三线 
基于混合并行遗传算法和阈值限定法的基因调控网络构建被引量:4
《吉林大学学报(工学版)》2017年第2期624-631,共8页郑明 卓慕瑰 张树功 周柚 刘桂霞 
国家自然科学基金项目(61502343;61373051;61175023);中国博士后科学基金项目(2016M590260);广西自然科学基金项目(2015GXNSFBA139262);梧州学院广西高校行业软件技术重点实验室项目;梧州学院院级项目(2014A002);广西高校科研项目(KY2015ZD122);吉林省科技发展项目(20140204004GX);吉林大学"985工程"项目
为了解决传统基因调控网络构建算法准确度不高的问题,提出了一种基于混合并行遗传算法和阈值限定法的新型基因调控网络构建算法。该算法分缩小解空间和参数拟合两部分,缩小解空间阶段先用奇异值分解法限定数学上可行的基因调控网络,减...
关键词:人工智能 混合并行遗传算法 阈值限定法 奇异值分解 微分方程模型 基因调控网络 
基于引力场算法的基因调控网络构建被引量:1
《吉林大学学报(工学版)》2014年第2期427-432,共6页郑明 刘桂霞 周柚 周春光 
国家自然科学基金项目(60973092;60903097;61175023);吉林大学'985工程'项目;吉林大学研究生创新项目(20121109)
为了解决传统基因调控网络构建算法准确度不高且效率低下的问题,使用一种基于微分方程的新型网络构建算法。算法分为奇异值分解和引力场算法两部分,奇异值分解策略用来缩小解空间范围,提高运行效率。引力场算法是本文核心,共分初始化、...
关键词:人工智能 引力场算法 基因调控网络 优化算法 奇异值分解 
基于可扩展标记语言的新型即时通讯系统被引量:1
《吉林大学学报(工学版)》2012年第6期1548-1552,共5页郑明 沈威 白天 刘桂霞 宫雷光 
国家自然科学基金项目(60973092;60903097;61175023);吉林大学'985工程'项目;吉林大学研究生创新基金项目(20121109)
为了解决传统即时通讯系统在局域网或企业内安全性不高且效率低下的问题,提出了一种基于改进传输协议的新型即时通讯系统。采用结构为三服务器协调运作管理模式,在多客户端会议过程中融入独特的二叉树形式P2P查找结构。另外,在传统可扩...
关键词:计算机应用 即时通讯 网络安全 二叉树 传输协议 
基于元分析的差异表达基因识别被引量:3
《吉林大学学报(工学版)》2012年第5期1262-1266,共5页吴佳楠 周春光 刘桂霞 沈薇 郑明 周柚 
国家自然科学基金项目(60873146,60803052,60973092,60903097);吉林省科技发展青年研究项目(201201139,20090116,20101589);吉林大学研究生创新基金项目(20111062)
针对传统差异表达基因识别方法不能处理异质性数据集以及分析结果偏差较大的问题,提出了一个基于元分析及标准差过滤技术的差异表达基因识别算法标准差排序分析(RS-DM)。对来自于不同实验平台的数据进行整合分析,过滤掉伪差异表达基因PD...
关键词:计算机应用 生物信息学 元分析 差异表达基因识别 基因芯片数据 标准差 
一种新的无标度网络构建方法及其在基因表达谱模拟上的应用(英文)
《生物化学与生物物理进展》2012年第6期581-590,共10页郑明 黄艳新 沈威 钟毅 吴佳楠 刘桂霞 周柚 
supported by grants from The National Natural Science Foundation of China(60873146,60973092,60903097,61172183);Hi-Tech Research and Development Program of China(2009AA02Z307);Project of Science and Technology Innovation Platform of Computing and Software Science(985 Engineering);The Key Laboratory for Symbol Computation and Knowledge Engineering of the National Education Ministry of China;Graduate Innovation Fund of Jilin University(20111062);Natural Science Foundation of Jilin Province(20101503)~~
本文提出一种新的基于重连接方法的无标度网络构建算法.根据重连接方法新节点的调控节点会被重选,重连接概率取决于幂率分布模型参数gamma.用本文算法构建的网络通过微分方程模型来模拟基因表达谱数据,所用的优化算法为GA与PSO.候选节...
关键词:基因表达谱 无标度网络 重连接 微分方程模型 启发式搜索 
基于奇异值求通解方法进行基因调控网络构建被引量:1
《中南大学学报(自然科学版)》2012年第4期1377-1381,共5页沈威 郑明 刘桂霞 邢翀 吴佳楠 周春光 周柚 
国家自然科学基金资助项目(60873146;60973092;60903097);国家高技术研究发展计划("863"计划)项目(2009AA02Z307);吉林大学研究生创新基金资助项目(20111062;200903175);吉林省科技厅项目(20090116;20101589)
在改进分解权值矩阵的微分方程模型基础上,引入奇异值分解方法来辅助运算。该算法不是通过奇异值分解的特解得到网络的最终结果,而是通过所算得的通解提供候选解集的方法,为微分方程模型算法缩短运算时间和提高结果精度。将本文算法与...
关键词:奇异值分解 微分方程模型 基因调控网络 候选解集 通解 无标度网络 数学建模 
基于AP算法支持向量机的设计与应用被引量:3
《吉林大学学报(理学版)》2011年第5期906-910,共5页钟毅 刘桂霞 郑明 沈威 赖丽娜 周春光 
国家自然科学基金(批准号:60973092;60873146;60903097);国家高技术研究发展计划863项目基金(批准号:2009AA02Z307);吉林大学研究生创新项目(批准号:20111062)
设计一种基于AP聚类算法和SVM分类器相融合的新的混合分类器,使用AP聚类算法优化数据集,得到了高质量、小样本的SVM分类器训练集.实验结果表明:与传统的SVM分类器相比,混合分类器具有更高的分类精度;在心脏病预测上,该分类器的效果较好.
关键词:支持向量机 AP聚类算法 混合分类器 心脏病预测 
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