张少强

作品数：23被引量：16H指数：3
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供职机构：天津师范大学计算机与信息工程学院更多>>
发文主题：排序多项式时间近似方案单细胞多项式时间算法波长分配更多>>
发文领域：自动化与计算机技术理学生物学电子电信更多>>
发文期刊：《天津师范大学学报（自然科学版）》《山东大学学报（理学版）》《计算机工程与应用》《计算机应用》更多>>
所获基金：国家自然科学基金天津市自然科学基金天津市应用基础与前沿技术研究计划天津市高等学校科技发展基金计划项目更多>>
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基于单细胞RNA测序数据的基因调控网络推断算法综述
《天津师范大学学报（自然科学版）》2024年第1期1-12,共12页张少强 潘镜伊 
国家自然科学基金资助项目(61572358);天津市自然科学基金重点资助项目(19JCZDJC35100).
通过基因表达的变化可以推断基因调控网络.单细胞RNA测序(scRNA-seq)为推断细胞周期或分化等时间依赖性生物过程的基因调控网络提供了新的可能性,基于scRNA-seq数据的基因调控网络推断算法成为一个相对活跃的研究方向.本文首先对26种基...
关键词：基因调控网络 单细胞RNA测序 网络推断算法 深度学习 
单细胞RNA测序数据插补方法综述
《天津师范大学学报（自然科学版）》2023年第2期1-10,73,共11页张少强 李荔瑄 谢林娟 吕庆 
国家自然科学基金资助项目(61572358);天津市应用基础与前沿技术研究计划重点资助项目(19JCZDJC35100);天津市自然科学基金青年基金资助项目(18JCQNJC74100).
单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据插补方法用于解决scRNA-seq数据观测中存在的大量“漏失”(dropout)噪音,改善下游分析,scRNA-seq数据插补方法设计是单细胞数据研究的热点方向之一.本文首先对20种主要的scRNA-seq数据插补方法进行介绍,包...
关键词：单细胞RNA测序 插补 细胞类型 差异表达 轨迹推断 
基于异构并行计算的单细胞测序数据聚类算法被引量：4
《计算机工程与应用》2022年第24期83-89,共7页谢林娟 李荔瑄 张少强 
国家自然科学基金(61572358);天津自然科学基金重点项目(19JCZDJC35100)。
随着单细胞RNA测序技术的发展,目前单细胞测序通量由上千细胞发展到主流上万细胞的规模。基于单细胞RNA测序数据的细胞分型是研究细胞的重要问题之一,该问题主要运用无监督聚类方法。现有针对大规模单细胞测序数据的聚类方法通过简化细...
关键词：单细胞RNA测序 无监督聚类 并行计算 细胞分型 
SuperLLEC:全新的链读和长读测序组装纠错算法
《计算机工程与应用》2022年第3期201-206,共6页崔雅轩 张少强 
国家自然科学基金(61572358);天津自然科学基金重点项目(19JCZDJC35100)。
为了解决第三代测序数据较高的错误率和提高基因组组装精度,基于10X Genomics链读测序数据设计了一种针对PacBio长读数据的组装和纠错算法SuperLLEC。该算法使用Wtdbg2算法将PacBio长读测序数据拼接成支架序列,运用Bowtie2比对工具将链...
关键词：链读 长读 支架 组装 纠错 FISHER精确检验 
基于RNA-Seq数据集的转录组从头拼接算法
《计算机科学》2018年第12期308-312,共5页武思文 李静 张少强 
国家自然科学基金(61572358);天津自然科学基金(16JCYBJC23600)资助
转录组拼接是基因组测序与功能注解问题的一个重要组成部分。为了提高转录组拼接的精度和效率,文中提出了一种新的转录组从头拼接算法StepLink。该算法的主要创新点是提出了最左k-mer(长度为k的短序)和右k-mer的概念,并运用双重哈希表...
关键词：转录组 RNA-SEQ K-mer 从头拼接算法 
DNA测序技术及其拼接算法综述被引量：4
《天津师范大学学报（自然科学版）》2018年第5期1-9,共9页李艳慧 张少强 
国家自然科学基金资助项目(61572358);天津市自然科学基金资助项目(16JCYBJC23600)
DNA测序技术已经历了四代的发展变化,本文对这四代DNA测序技术及相关的读序拼接算法进行综述.介绍了每一代测序技术的特点,详细分析了相关读序拼接算法的主要思想和特点,并对四代测序技术进行了比较.最后分析了目前拼接算法面临的挑战,...
关键词：DNA测序技术 读序 拼接算法 
基于染色质免疫共沉淀的高通量测序数据集的顺式调控模体发现算法
《计算机应用》2018年第6期1826-1830,共5页冯艳霞 张志红 张少强 
国家自然科学基金资助项目(61572358);天津自然科学基金资助项目(16JCYBJC23600)~~
针对新一代测序(NGS)的染色质免疫共沉淀的高通量测序(ChIP-Seq)数据集的模体发现问题,提出一种基于费舍尔(Fisher)精确检验的模体发现算法——Fisher Net。首先运用费舍尔精确检验计算所有k长短序的P值并筛选出模体的种子;然后,构建初...
关键词：模体发现算法 顺式调控 真核生物 染色质免疫共沉淀的高通量测序 转录因子 
基于大量ChIP数据集的果蝇顺式调控模块的从头预测
《天津师范大学学报（自然科学版）》2018年第2期73-76,共4页李婷 张少强 
国家自然科学基金资助项目(61572358);天津市自然科学基金资助项目(16JCYBJC23600)
通过整合果蝇已有的ChIP数据集,采用模体发现算法FisherNet及高性能并行的模体聚类算法CLIMP对果蝇的顺式调控模块进行从头预测.与已知的顺式调控模块进行比对分析,结果表明该方法预测结果覆盖了数据集中已知顺式调控模块的82.93%,证明...
关键词：ChIP数据集 果蝇 顺式调控模块 模体 FisherNet CLIMP 
改进遗传算法在供热系统中的应用被引量：4
《天津师范大学学报（自然科学版）》2018年第1期64-69,共6页张京杰 姜丽芬 花季伟 张少强 
国家自然科学基金资助项目(61572358);天津市科技特派员基金资助项目(15JCTPJC60900)
针对传统供热系统中PID控制器超调量高、响应时间长的问题,提出一种改进的遗传算法.改进的遗传算法收敛速度更快,求解速度更快,稳定性更高.将改进的遗传算法应用到供热系统PID控制器上,提高了PID控制器的精度,其动态性能和鲁棒性均比较...
关键词：遗传算法 供热系统 PID控制器 改进遗传算法 精英策略 
多方法集成预测短柄草核心启动子模体
《天津师范大学学报（自然科学版）》2017年第6期50-54,共5页陈艳楠 张甜 张少强 
国家自然科学基金资助项目(61572358);天津市自然科学基金资助项目(16JCYBJC23600)
为了解决真核生物启动子调控元件注释难题,以短柄草为研究对象,进行全基因组范围内的核心启动子模体预测.基于系统进化足迹技术,集成多种模体发现算法寻找启动子模体,并结合模体聚类算法筛选出真实模体.结果发现,在前10个最优的核心启...
关键词：模体 系统进化足迹 短柄草 核心启动子 
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