国家自然科学基金(61170125)

作品数：15被引量：42H指数：4
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相关机构：苏州大学江苏省计算机信息处理技术重点实验室苏州工业职业技术学院苏州科技学院更多>>
相关期刊：《计算机应用与软件》《计算机应用研究》《小型微型计算机系统》《电视技术》更多>>
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基于多层感知机的蛋白质变性温度预测被引量：5
《计算机应用研究》2019年第8期2421-2423,共3页丁雪松 黄立群 张步忠 杨洋 吕强 
国家自然科学基金资助项目(61170125,61602332);江苏省高校自然基金资助项目(14KJB520035);NSFC-广东联合基金(第二期)超级计算科学应用研究专项资助和国家超级计算广州中心支持
准确预测蛋白质变性温度在蛋白质工程和药物研制等领域具有重要意义。将全局特征和序列特征作为初始特征向量,利用提出的基于权值的降维算法对初始特征向量进行降维,降维后的特征输入多层感知机模型预测蛋白质变性温度。在盲测数据集上...
关键词：蛋白质变性温度 多层感知机 回归预测 
一个深度学习DNA序列特异性的预测模型被引量：2
《小型微型计算机系统》2018年第11期2424-2427,共4页黄立群 丁雪松 张步忠 吕强 
国家自然科学基金项目(61170125)资助;NSFC-广东联合基金(第二期)超级计算科学应用研究专项资助;国家超级计算广州中心支持项目(V1501501)资助
DNA序列特异性是指DNA序列对特异性蛋白质的结合能力.基于深度学习的框架去预测DNA和蛋白质是否结合.首先对DNA序列进行词切分,然后利用词向量模型学习DNA序列词向量,将提取的序列词向量输入卷积神经网络以此提取高层特征,随后利用双向...
关键词：词向量 卷积神经网络 双向长短周期网络 DNA序列特异性 
用并行蚁群系统解决带假结RNA二级结构预测被引量：1
《小型微型计算机系统》2017年第10期2242-2246,共5页蔡磊鑫 顾倜 王帅 吕强 
国家自然科学基金项目(61170125)资助
RNA是生物遗传信息的中间载体,在基因编码、解码、调控和表达等方面具有重要作用.RNA二级结构预测是理解RNA生化功能的主要途径.假结是最广泛的RNA结构单元.带假结的RNA二级结构预测难度大,已被证明是一个NP完全问题,至今未找到该问题...
关键词：假结 RNA二级结构预测 最大最小蚁群 并行 共享信息素矩阵 
运用双向LSTM拟合RNA二级结构打分函数被引量：2
《计算机应用与软件》2017年第9期232-239,共8页王帅 蔡磊鑫 顾倜 吕强 
国家自然科学基金项目(61170125)
RNA二级结构的打分函数在RNA二级结构预测中扮演着越来越重要的角色。目前对RNA二级结构的打分函数并没有很好地抓住RNA的折叠机制。我们认为递归神经网络层与层之间的信息传递方式和RNA的折叠方式有相似之处。提出使用双向LSTM(Long Sh...
关键词：RNA 打分函数 二级结构 双向LSTM 
多目标遗传算法的含假结RNA二级结构预测
《生物信息学》2017年第3期142-148,共7页顾倜 蔡磊鑫 王帅 吕强 
国家自然科学基金(61170125)
假结是RNA中一种重要的结构,由于建模的困难导致它更难被预测。通过碱基之间的配对概率来预测含假结RNA二级结构的Prob Knot算法具有很高的精度,但该算法仅用了配对概率作为预测依据,导致阴性配对大量出现,因此精度中的特异性较低。实...
关键词：RNA二级结构 假结 多目标优化 遗传算法 最大期望精度 
使用双向LSTM的深度神经网络预测蛋白质残基相互作用被引量：17
《小型微型计算机系统》2017年第3期531-535,共5页曹成远 吕强 
国家自然科学基金项目(61170125)资助
残基对的相互作用描述了蛋白质三维结构中一对残基的空间距离关系.一对残基是否相互作用不仅取决于这对残基的本身属性,还受到这对残基所在蛋白质的所有其它残基的影响.传统的残基相互作用预测方法往往选取要预测残基对本身以及它们各...
关键词：蛋白质 相互作用 三维结构 双向LSTM 
距离约束的HMC采样算法在蛋白质结构预测中的运用
《生物信息学》2016年第2期117-122,共6页罗升 吕强 
国家自然科学基金项目(No.61170125)
蛋白质结构预测中,采样是指在构象空间中生成具有最小自由能的状态。传统的采样方法是对自由度直接赋值。这种方法在处理较少的残基时能取得好的效果。但是对于包含100个残基以上的蛋白质结构,由于构象空间的急剧增长,难以得到理想的结...
关键词：距离约束 HMC 采样 结构预测 蛋白质 
基于谱聚类的蛋白质对接复合物最佳预测结构的挑选方法被引量：4
《小型微型计算机系统》2015年第10期2365-2368,共4页蔡磊鑫 陈荣 吕强 
国家自然科学基金项目(61170125)资助
蛋白质结构预测过程中常会生成大量候选结构,需从中挑选出最佳预测结构.聚类是一种常见的挑选方法,根据候选结构间的相似度将其划分成不同的类别.与传统聚类算法不同,谱聚类算法可以收敛于全局最优解.它的核心思想是"先降维,再聚类",对...
关键词：谱聚类 结构挑选 能量打分 对接复合物 
基于云计算的视频监控和资源整合优化系统被引量：8
《电视技术》2015年第8期44-46,86,共4页孙伟 
国家自然科学基金项目(61170125);江苏省高等职业院校国内高级访问学者计划资助项目(2013-FX033);江苏省教育技术研究所重点项目(2012-R-22370)
视频监控系统在日常生活中担当着越来越重要的作用,将云计算技术应用于视频监控系统中,以此构建了基于云计算的视频监控和资源整合优化系统;然后,改进了视频监控中的一个重要的算法一动态目标检测算法,以提高视频监控的准确性;最后,研...
关键词：云计算 视频监控 资源整合 动态目标检测 
基于蛋白质进化配对的残基间距离约束挖掘方法
《计算机科学》2015年第7期262-264,299,共4页王彩霞 吕强 李海鸥 罗升 
国家自然科学基金(61170125)资助
蛋白质的进化配对是指在进化过程中残基对之间形成的相对稳定的相互作用。基于已被发现的进化配对,采用机器学习的分类技术,将其转换成残基对之间的距离约束,从而将一种定性的残基对之间的相互作用挖掘为定量的距离约束,这为蛋白质的结...
关键词：进化配对 距离约束 支持向量机 
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