国家高技术研究发展计划(2001AA111041)

作品数：9被引量：21H指数：2
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相关作者：陈国良许胤龙钟诚赵建勇陈勇更多>>
相关机构：中国科学技术大学国家高性能计算机工程技术研究中心广西大学更多>>
相关期刊：《中国科学技术大学学报》《广西大学学报（自然科学版）》《小型微型计算机系统》《计算机研究与发展》更多>>
相关主题：并行机PRAM计算机科学多序列比对启发式算法更多>>
相关领域：自动化与计算机技术理学生物学更多>>
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一种新的基于结构信息的双生物序列比对方法被引量：2
《小型微型计算机系统》2006年第1期85-89,共5页司秀华 陈国良 
国家"八六三"高技术研究发展计划基金项目(2002AA104560和2001AA111041)资助
用于生物序列比对的经典动态规划算法是用一个固定的替换矩阵来逐点计算生物序列间的代价,这些方法可用来发现具有最大计分值的比对结果,但实际上,则更加倾向于考虑生物序列中所隐含的结构或功能信息.本文用可变长马尔科夫链方法来发现...
关键词：序列比对 概率后缀树 可变长马尔科夫链 
可重构流水线总线并行机上图像的聚类算法被引量：1
《计算机工程》2005年第23期156-158,共3页舒红霞 郑启龙 李春生 许胤龙 
国家"863"计划基金资助项目(2001AA111041)
聚类是图像处理中的一个基本操作。对于分为K个簇的N个模式,且每个模式含有M个特征,该文在N个处理器的一维可重构流水线总线并行机上提出了一个时间复杂度为O(M×K)的聚类操作中一次迭代的并行算法。并对该并行算法进行了扩展,使得当处...
关键词：图像处理 聚类 平方误差技术 并行算法 
一维可重构流水线总线并行机上平面点集的凸壳算法
《计算机科学》2004年第9期144-148,共5页周世泉 许胤龙 陈国良 赵建勇 
本文工作受国家863项目"SMP机群体系结构上并行算法的研究与实现"(No:2001AA111041)的资助
确定平面点集的凸壳是计算几何中的一个基本问题。一维可重构流水线总线并行机是近年提出的一种采用光连接的并行计算模型。本文在规模为n的可重构流水线总线并行机上提出了一个计算n个平面点的凸壳算法,当n个点按横坐标递增的顺序存储...
关键词：凸壳 总线 可重构 并行机 流水线 算法 平面点集 一维 计算几何 坐标 
曙光机群系统并行调试器的设计与实现被引量：3
《计算机工程》2004年第9期50-52,共3页陈勇 何克东 陆在朝 鄢超 
国家"863"计划资助项目( 2001AA111041)
介绍了为曙光机群系统设计实现的并行调试器DCDB。DCDB同时支持调试MPI或PVM、C或Fortran的并行应用程序，实现了记录/重放并行调试功能，支持循环调试，解决了并行调试时并行程序的不确定性问题。DCDB采用Client/Server/Client结构，...
关键词：调试器 JAVA 曙光机群系统 系统设计 Client/server/Client结构 
可重构造网孔机器上k-近邻并行算法被引量：2
《计算机研究与发展》2004年第9期1559-1564,共6页赵建勇 许胤龙 陈龙斌 
国家"八六三"高技术研究发展计划基金项目 (2 0 0 1AA1110 41)
最近邻问题是计算几何学中的基本问题之一 ,k 近邻是最近邻的扩展 ,它在VLSI设计、数据库检索、模式匹配以及图像处理等领域有着广泛的应用背景 对于点数为N的平面点集S ,在规模为N×N的可重构造网孔机器上 ,提出了时间复杂度为O(k)的...
关键词：并行算法 K-近邻 可重构造网孔机器 
生物序列比对算法分析与比较被引量：2
《广西大学学报（自然科学版）》2004年第3期214-221,共8页钟诚 宋彬 
广西自然科学基金(桂科自0339008);国家863计划(2001AA111041)
序列比对是生物信息学的一个非常重要的操作.它可以预测生物序列的功能、结构和进化过程等.文中首先介绍双序列比对的基本算法;接着分析和比较多序列比对的四个常用模型和三类算法以及并行比对算法;最后,给出一些研究问题.
关键词：生物信息学 双序列比对 多序列比对 精确算法 近似算法 启发式算法 
基于曙光3000并行机的远程并行调试器
《计算机科学》2004年第3期179-182,200,共5页陈勇 李春生 安虹 郑启龙 陈志辉 
国家863项目(No.2001AA111041);中国科学技术大学青年科学基金(No.KA1109);中国科学院高水平大学建设资助项目(No.KY2706)的资助
并行调试对并行程序开发非常重要,然而传统的远程并行调试方式是采用登录(telnet)命令通过命令行的文本界面进行,非常繁杂。本文介绍了为曙光3000系统设计实现的远程并行调试器RPB(Remote Parallel Debugger)。RPB实现了完全并行调试等...
关键词：并行计算机 曙光5000 远程并行调试器 并行程序开发 图形用户界面 JAVA语言 文本界面 
GROMOS96分子动力学模拟的并行优化算法被引量：2
《中国科学技术大学学报》2004年第1期76-82,共7页王文睿 陈国良 孙广中 
国家"八六三"高技术研究发展计划 ( 2 0 0 1AA1110 4 1)
介绍了流行的分子动力学软件GROMOS96中的MD算法 ,分析了制约GRO MOS96性能的原因 ,并提出一种优化的算法 ,将邻域原子搜索的时间复杂度从O(N2 )降低到O(NlogN) ;同时并行化了GROMOS96算法 ,并进一步在国产曙光并行机上开发了基于MPI的...
关键词：算法 并行 分子动力学模拟 优化 
Multisets排序的最优并行算法被引量：9
《计算机研究与发展》2003年第2期336-341,共6页钟诚 陈国良 
国家重点基础研究发展规划基金 (G19980 3 0 40 3 ) ;国家"十五""八六三"高技术研究发展计划基金 (2 0 0 1AA1110 41)
排序是一个既有十分重要的理论意义又有广泛的实际应用价值的问题 ,其中 ,Multisets排序问题是指对只有k个不同关键字值的n个数据 (记录 )进行排序 ,0
关键词：Multisets排序 最优并行算法 PRAM 计算机科学 
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