国家自然科学基金(30960090)

作品数：11被引量：24H指数：2
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基于支持向量机的整体分类器算法 预测酶蛋白质中四类简单超二级结构被引量：4
《计算生物学》2014年第1期1-11,共11页高苏娟 胡秀珍 
国家自然科学基金资助项目(31260203, 30960090)。
酶是一种具有催化功能的蛋白质,研究酶蛋白质中的超二级结构对研究酶的结构及功能有重要作用。本文从酶蛋白质序列出发,首次对酶蛋白质中的四类简单超二级结构进行研究。以位点氨基酸及其紧邻关联为参数,选取五种序列片段截取方式,采用7...
关键词：酶蛋白质 超二级结构 矩阵打分 支持向量机 整体分类器 
蛋白质中四类简单超二级结构的分类被引量：2
《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》2013年第1期21-26,共6页高苏娟 胡秀珍 
国家自然科学基金资助项目(30960090);国家自然科学基金项目(31260203)
蛋白质超二级结构预测是三级结构预测的一个非常重要的中间步骤。本文从蛋白质的一级序列出发,运用了一种改进的预测算法:以氨基酸组分和紧邻氨基酸分别作为参数,输入离散增量算法的单分类器中,通过加权融合单分类器的计算结果,对四类...
关键词：离散量 离散增量 蛋白质超二级结构 
蛋白质中不同类型β-转角的预测被引量：1
《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》2012年第4期7-14,共8页史晓波 胡秀珍 
国家自然科学基金资助项目(30960090)
蛋白质二级结构预测是空间结构预测的关键步骤,β-转角是蛋白质二级结构中的重要类型之一,因此,找到一种准确预测不同类型β-转角的方法,对于建立蛋白质三维空间结构有重要意义。本文构建了一个含有2878条蛋白质链的数据库,比目前普遍...
关键词：支持向量机算法 离散增量值 矩阵打分值 相似性值 
基于添加功能位点信息的组合向量预测β-发夹模体被引量：2
《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》2012年第3期1-9,共9页贾少春 胡秀珍 
国家自然科学基金资助项目(30960090)
一条蛋白质序列通常是用多种特征来表达的,因此使用简单的特征参数对蛋白质结构进行预测,得到的效果往往不尽人意。在前人使用过的预测β-发夹的特征参数基础上,将功能位点信息添加到特征参数中,共同输入到支持向量机和随机森林两种算法...
关键词：Β-发夹模体 随机森林算法 预测的二级结构信息 自相关函数 功能位点信息 
酶蛋白质β-发夹模体配体结合位点的统计分析及预测
《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》2011年第3期183-191,共9页胡秀珍 刘星星 
国家自然科学基金项目(30960090);内蒙古自然科学基金项目(2009MS0111)
从酶蛋白质loop分类数据库ArchDB_EC中整理得到了1397个含配体结合位点β-发夹,对β-发夹中的配体结合位点进行了统计分析。在此基础上,提取序列片段的氨基酸组分、位点氨基酸组分和位点亲疏水特征组分为参数集,采用mRMR方法对该参数集...
关键词：酶 Β-发夹模体 配体结合位点 支持向量机 mRMR 
基于功能域和分组重量编码为特征参数的蛋白酶预测
《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》2011年第2期116-122,共7页樊玉才 胡秀珍 
内蒙古自然科学基金资助项目(2009MS0111);国家自然科学基金项目(30960090)
基于功能域组分和分组重量编码特征提取预测参数,采用支持向量机的识别算法,在Jackknife检验下,蛋白酶的预测结果为89.9%,蛋白酶的6个类别的总预测结果为94.0%。预测结果表明,该方法是预测蛋白酶及其类别的有效工具。
关键词：蛋白酶 功能域 分组重量编码 支持向量机 
基于添加模体信息和功率谱密度的组合向量预测27类蛋白质折叠子被引量：1
《生物物理学报》2010年第9期823-832,共10页刘雷 胡秀珍 
国家自然科学基金项目(30960090);内蒙古自治区高等学校科学研究项目(NJZY08059)~~
以序列相似性低于40%的1895条蛋白质序列构建涵盖27个折叠类型的蛋白质折叠子数据库,从蛋白质序列出发,用模体频数值、低频功率谱密度值、氨基酸组分、预测的二级结构信息和自相关函数值构成组合向量表示蛋白质序列信息,采用支持向量机...
关键词：模体频数 功率谱密度 支持向量机 蛋白质折叠子 蛋白质结构类型 
使用支持向量机的方法预测膜蛋白的类型被引量：2
《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》2010年第4期241-246,共6页王婷 胡秀珍 
国家自然科学基金资助项目(30960090);内蒙古自治区高等学校科学研究项目(NJZY08059)
根据膜蛋白的特点对特定的氨基酸片段进行打分,将打分值与离散增量值共同作为序列的信息参数,使用支持向量机的方法对膜蛋白的类型进行预测,获得了非常好的预测结果。对8类膜蛋白的Jack knife检验结果达到了91.81%,比Chou等人使用相同...
关键词：膜蛋白 矩阵打分 离散增量 支持向量机 
27类蛋白质折叠子的识别及其位点的统计分析
《内蒙古工业大学学报（自然科学版）》2010年第1期18-24,共7页王春连 胡秀珍 
内蒙古自治区高等学校科学研究项目(NJZY08059);国家自然科学基金资助项目(30960090)
从蛋白质的氨基酸序列出发,采用"全体分类"的分类策略识别27类折叠子.当使用5种矩阵打分的方法识别27类折叠子时,预测结果并不理想,进一步使用了以矩阵打分方法得到的分值及氨基酸的二肽组分共同作为参数的离散增量算法,取得了较好预测...
关键词：打分矩阵 离散增量 蛋白质折叠子预测 
随机森林方法预测膜蛋白类型被引量：14
《生物物理学报》2009年第5期349-355,共7页袁敏 胡秀珍 
国家自然科学基金资助项目(30960090);内蒙自然科学基金资助项目(2009MS0111)~~
膜蛋白的类型与其功能是密切相关的,因此膜蛋白类型的预测是研究其功能的重要手段,从蛋白质的氨基酸序列出发对膜蛋白的类型进行预测有重要意义。文章基于蛋白质的氨基酸序列,将组合离散增量和伪氨基酸组分信息共同作为预测参数,采用随...
关键词：生物膜蛋白 随机森林法 离散增量 离散傅里叶谱 伪氨基酸组分 
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