安徽省高校省级自然科学研究项目(KJ2010B133)

作品数：14被引量：14H指数：2
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相关作者：丁德武黄海生吴璞王汝传何小青更多>>
相关机构：池州学院南京邮电大学江南大学大连理工大学更多>>
相关期刊：《池州学院学报》《计算机工程与应用》《计算机与应用化学》《生物信息学》更多>>
相关主题：代谢网络复杂网络中心化系统生物学社团结构更多>>
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Linux与人类代谢的自相似性实证研究
《生物信息学》2012年第3期151-153,共3页丁德武 
安徽省教育厅自然科学项目(KJ2010B133)
对现实世界复杂网络的自相似性进行实证分析是当前该领域的一个热点问题。文章首先介绍了复杂网络自相似性的基本概念,随后阐述了自相似指数及其计算方法盒覆盖算法的基本原理和方法,最后对Linux与人类代谢这两种不同类型的复杂系统进...
关键词：复杂网络 Linux函数调用图 代谢网络 自相似 
酵母蛋白网络的功能模块与关键蛋白研究被引量：1
《计算机与应用化学》2012年第3期347-350,共4页丁德武 
安徽省教育厅自然科学项目(KJ2010B133)
蛋白交互网络在各种细胞功能和生命过程中发挥着至关重要的作用。对它的结构特征进行分析吸引了众多科研人员的关注,功能模块与关键蛋白的识别是其中的重要研究主题。本文主要使用模拟退火算法分析了酵母蛋白交互网络的功能模块,同时结...
关键词：功能模块 蛋白交互网络 模拟退火算法 中心化 
基于约束的建模方法在代谢网络中的应用研究被引量：1
《生物信息学》2012年第2期75-78,共4页丁德武 
安徽省教育厅自然科学基金资助项目(编号:KJ2010B133)
代谢网络在各种细胞功能和生命过程中发挥着至关重要的作用。随着细胞网络重建工程的迅速发展,可用的基因组水平代谢网络越来越多,因而计算方法在这些网络的结构功能分析中越来越重要。基于约束的建模方法不像图论方法那样仅考虑代谢模...
关键词：动力学 代谢网络 建模 图论 系统生物学 
极端嗜盐古菌代谢网络研究
《计算机与应用化学》2012年第2期200-202,206,共4页丁德武 
安徽省教育厅自然科学项目(KJ2010B133)
极端嗜盐古菌(extreInely thermophilic archaea)属于广域古菌界盐杆菌科,是古菌域中的典型生理类群,也是重要的极端微生物资源。文章主要对一种极端嗜盐古菌——盐沼盐杆菌(Halobacterium salinarum R1)——代谢网络的结构与功能进行...
关键词：复杂网络 代谢网络 模块性 系统生物学 
基于链接聚类的代谢网络社团结构研究被引量：2
《计算机工程与应用》2011年第34期141-144,共4页丁德武 吴璞 计博婧 王汝传 
国家自然科学基金(No.60573141;No.60773041);安徽省教育厅自然科学重点项目(No.KJ2011A206);安徽省教育厅自然科学项目(No.KJ2010B133)~~
社团结构分析有助于识别代谢网络中的功能模块,有助于理解代谢网络的结构和功能关系,是代谢网络研究领域的一个重要研究课题。然而,当前的社团结构分析方法均依赖于对网络中的节点进行聚类分析,导致每个节点只能属于某一个社团。采用了...
关键词：社团结构 功能模块 链接聚类 代谢网络 
基于QPSO算法的3D多模医学图像配准被引量：4
《计算机工程与应用》2011年第26期173-176,共4页丁德武 李慧 孙俊 须文波 
安徽省教育厅自然科学项目(No.KJ2010B133)
基于互信息的配准方法具有精度高、鲁棒性强的特点。但基于互信息的目标函数存在许多局部极值,给配准的优化过程带来了很大的困难。把量子行为的粒子群优化算法(QPSO)应用到了3D医学图像配准中。QPSO不仅参数个数少,其每一个迭代步的取...
关键词：图像配准 互信息 量子行为的粒子群优化算法 
激酶与磷酸酶交互网络的中枢(英文)
《计算机与应用化学》2011年第6期783-786,共4页丁德武 谢杨梅 夏启寿 
安徽省教育厅自然科学基金资助项目(KJ2010B133);安徽高校省级优秀青年人才基金资助项目(2011SQRL162)
蛋白激酶与磷酸酶是细胞信号转导途径中的最重要元素,最近出版了酵母的全局蛋白激酶与磷酸酶交互(KPI)网络。由于缺乏详尽的热力学参数,拓扑的(或结构的)分析方法被用于研究该网络,例如,度中心化指标被用于识别该网络中央的蛋白。但是,...
关键词：中心化 巨强连通成分 蛋白交互 信号途径 系统生物学 
基于极端途径的生化网络模块化分析
《计算机工程与应用》2011年第33期120-122,125,共4页丁德武 黄海生 吴璞 王汝传 
国家自然科学基金(No.60573141;No.60773041);安徽省教育厅自然科学项目(No.KJ2010B133)~~
近年来,对于复杂生化网络系统进行模块化分析引起了科研人员的极大关注。一般认为,模块化分析有助于理解这些网络的结构与功能关系。但是,当前的模块化分析方法大多将生化网络考虑为普通的复杂网络,所得模块的生物学意义较低。介绍了化...
关键词：生化网络 复杂网络 极端途径 模块化 
基于子图模式的巨强连通体局域结构特征(英文)
《生物信息学》2011年第3期220-223,共4页丁德武 黄海生 何小青 彭秀芬 
安徽省教育厅自然科学研究项目(KJ2010B133);池州学院引进研究生项目(XYK200809,2009RC036)
对代谢网络的"蝴蝶结"结构进行研究吸引了众多科研人员的关注。当前,基于复杂网络理论的全局拓扑结构特征已经被广泛用于研究这种"蝴蝶结"结构的组织原则,然而基于局域结构特征的研究相对较少。本文分析了10种有机物代谢网络及其相应的...
关键词：蝴蝶结 巨强连通体 代谢网络 模体 
几种人类生物网络的自相似性实证研究被引量：1
《计算机工程与应用》2011年第16期128-130,共3页黄海生 丁德武 吴璞 王汝传 
国家自然科学基金No.60573141;No.60773041;安徽省教育厅自然科学项目(No.KJ2010B133);安徽高校省级自然科学研究重点项目(No.KJ2011A206)~~
介绍了复杂网络自相似性的基本概念,阐述了自相似指数及其计算方法盒覆盖算法的基本原理和方法,并对四种不同类型的人类生物网络进行了实证分析。结果表明,无论是否考虑流通代谢物和小分子代谢物,新陈代谢网络都是自相似的,但是其他的...
关键词：复杂网络 代谢网络 蛋白交互网络 信号转导网络 疾病网络 自相似 
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