从头测序

作品数：31被引量：53H指数：4
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人恶性胸膜间皮瘤DNA从头测序及基因突变分析
《楚雄师范学院学报》2024年第3期38-49,共12页邱璐 王播勇 田梦丽 高顺玉 熊海波 熊伟 
National Natural Science Foundation of China(No.11864002)。
通过DNA从头测序分析人胸膜间皮瘤发生的高关联度突变基因。提取恶性胸膜间皮瘤(MPM)组织和正常胸膜组织DNA,构建基因文库,用Illumina HiSeqX Ten PE 150平台测序,将测序结果与人类基因组数据库的参考序列进行比对、注释,并对测序结果...
关键词：人胸膜间皮瘤 从头测序 单核苷酸多态性 基因插入缺失 基因结构变异 基因拷贝数变异 
红毛藻血管紧张素转化酶抑制肽的筛选及其稳定性评价
《食品科学》2024年第2期188-194,共7页吴靖娜 洪乔茜 廖榕榕 蔡水淋 陈晓婷 苏海燕 苏筱 许莉 潘南 卓诗晴 
厦门市海洋与渔业发展专项资金青年科技创新项目(23YYST079QCA12);福建省大学生创新创业训练计划项目(202312631032)。
本实验以红毛藻为原料,利用酶解法及超滤分级制备获得不同分子质量的肽组分,经高效液相色谱法测定体外血管紧张素转化酶(angiotensin-converting enzyme,ACE)抑制活性发现F2组分(800~2000 Da)的ACE抑制率最高;采用液相色谱-串联质谱技术...
关键词：红毛藻 denovo从头测序 虚拟筛选 血管紧张素转化酶抑制肽 稳定性 
序列组装在蛋白质测序技术中的方法
《现代计算机》2023年第4期18-24,48,共8页陆翼 葛成 徐晴 蔡标 孔韧 常珊 
国家自然科学基金青年项目(81603152);常州市科技支撑计划(社会发展)(CE20205033)。
从头测序技术是应用于蛋白质组学的测序方法。与其他测序技术相比,从头测序技术的优势是在不依赖数据库搜索和无需PCR扩增的基础上对DNA或者蛋白质进行测序。目前,从头测序技术也广泛应用于蛋白质组学领域。研究人员为了将测序技术所得...
关键词：从头测序 序列组装算法 deBruijn图 
基于图卷积神经网络的串联质谱从头测序被引量：3
《计算机应用》2021年第9期2773-2779,共7页牟长宁 王海鹏 周丕宇 侯鑫行 
国家自然科学基金资助项目(31500669);山东省自然科学基金资助项目(ZR2014FQ024);山东省高等学校优秀青年创新团队支持计划项目(2019KJN048)。
在蛋白质组学中从头测序是串联质谱肽段测序的重要方法之一,其具有不依赖于蛋白质数据库的优势,并在测定未知物种蛋白序列、单克隆抗体测序等领域中起着关键作用。然而由于从头测序的复杂性,导致其测序的准确率远低于数据库搜索方法,制...
关键词：图卷积神经网络 从头测序 蛋白质组学 串联质谱 
基于末端准等重同位素标记的肽段从头测序方法被引量：1
《分析化学》2021年第3期366-376,共11页杨超 刘健慧 张玮杰 单亦初 戴忠鹏 张丽华 张玉奎 
国家重点研发计划项目(Nos.2017YFF0205404,2017YFA0505004);国家自然科学基金项目(No.21675153)资助。
蛋白质的从头测序在蛋白质生物功能的研究、疾病相关蛋白突变体的发现和抗体药物表征等领域具有关键作用,其主要方法是将蛋白质酶解成肽段,通过二级谱图中碎片离子的质量差异判断氨基酸残基的序列信息,进而实现肽段的从头测序。由于谱...
关键词：肽段测序 从头测序 准等重同位素标记 
基于nanoUPLC-MS/MS的螺旋藻游离肽组成分析被引量：2
《核农学报》2020年第4期735-744,共10页褚宁宁 陈雨豪 陈娟娟 马斌 陈海敏 骆其君 
国家重点研发项目(2018YFD0901103);浙江省重大科技专项(2016C02055-6B);现代农业产业技术体系专项资金资助(CARS-50);宁波大学王宽诚幸福基金资助项目.
为了研究螺旋藻中的多肽成分,以钝顶螺旋藻为原料,采用超滤法提取螺旋藻中的游离肽,利用nanoUPLC-MS/MS和PEAKS Studio分析谱图信息,结合NCBI数据库进行比对和从头测序分析,获得游离肽的结构组成和百分含量信息。结果表明,利用数据库比...
关键词：螺旋藻 游离肽 数据库搜索 从头测序 nanoUPLC-MS/MS 
中国科学家完成博落回全基因组测序并解析苄基异奎宁类生物碱途径被引量：3
《植物学报》2018年第3期289-292,共4页张红艳 罗杰 
博落回(Macleaya cordata)是罂粟属的一种传统中药,因其富含具有抗菌功能的血根碱(SAN)和白屈菜红碱(CHE),可以作为牲畜抗菌生长促进剂的安全来源植物。中国科学家以博落回为材料,利用从头测序手段测定了首个罂粟属植物全基因组序列。...
关键词：博落回 血根碱 白屈菜红碱 从头测序 
海洋琼胶降解菌FG15基因组从头测序分析
《海南大学学报（自然科学版）》2017年第3期260-267,共8页曾鸿俏 张力雄 刘明明 方再光 
国家自然科学基金项目(40666001);海南大学青年基金(qnjj1205);校县合作项目(02005001)
为充分了解琼胶降解菌FG15的基因功能和代谢途径,本研究使用SOAP de novo 2.04对Illumina Hiseq2000平台测序产生的基因片段进行了拼接和组装,同时利用Glimmer 3.02来预测基因的开放性阅读框,并采用蛋白质直系同源基因簇(COG)、基因本...
关键词：琼胶降解菌 琼胶寡糖 基因组从头测序 基因功能 代谢途径 
基于系统基因组学分析揭示早期陆生植物的复杂网状进化关系被引量：3
《生物多样性》2017年第6期675-682,共8页舒江平 刘莉 沈慧 戴锡玲 王全喜 严岳鸿 
上海市绿化和市容管局2015年科学技术项目(G152420)
植物由水生走向陆生的进化过程中经历了非常复杂的演化,期间产生的大量基因的进化路线可能互不相同,因此仅仅使用系统发育树无法呈现真实的演化关系。系统发育网络图能够清楚地展示包括垂直演化和水平演化在内的复杂网状进化关系。本文...
关键词：网状进化 基因树冲突 系统发育基因组学 陆生植物演化 转录组从头测序 
中药植物川牛膝基因组从头测序及分析被引量：1
《中国农业科技导报》2016年第3期32-37,共6页闫燊 池旭 童凯 李昭玲 邓孟胜 唐勇斌 田孟良 
"十二五"国家科技支撑计划项目(2011BAI13B02-7)资助
川牛膝是我国重要大宗药材,但近年来品质退化严重,品种真伪混杂。为深入研究川牛膝有效成分积累的分子基础,采用第二代测序技术利用Illumina Hi-seq 2000测序平台对川牛膝进行全基因组测序,使用AByss进行初步组装,得到一个包含大量基因...
关键词：川牛膝 从头测序 基因注释 杯苋甾酮 分子标记 
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