刘金定

作品数：16被引量：35H指数：3
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供职机构：南京农业大学信息科学技术学院更多>>
发文主题：生物信息学RNA-SEQ基因拓扑排序昆虫更多>>
发文领域：自动化与计算机技术生物学文化科学农业科学更多>>
发文期刊：《中国农业教育》《南京农业大学学报》《安徽农业科学》《科学技术与工程》更多>>
所获基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金中央级公益性科研院所基本科研业务费专项中央高校基本科研业务费专项资金更多>>
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基于RNA-seq的木霉长链非编码RNA的生物信息学预测及其重寄生相关性分析被引量：2
《南京农业大学学报》2019年第5期877-886,共10页刘金定 王权 黄水清 沈其荣 
国家自然科学基金项目(31301691);中央高校基本科研业务费专项资金(KYZ201667)
[目的]本研究旨在全基因组范围内识别木霉(Trichoderma guizhouense)NJAU4742(NJAU4742)的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA),探究lncRNA在重寄生过程中可能参与的调控作用。[方法]用链特异性RNA-seq技术,对重寄生过程中与病原...
关键词：木霉 生物信息学 长链非编码RNA 重寄生 链特异性RNA-seq 
生物信息高性能计算平台的建设与实践——以南京农业大学为例
《高校实验室科学技术》2019年第3期69-71,共3页段荣静 刘金定 
南京农业大学基本科研业务费实验室设备专项基金(项目编号:SYSB201825)
高性能计算在生命科学研究中的需求日益增长,已成为高校生命科学科研创新的一个重要手段。在此背景下,南京农业大学在“双一流建设”经费支持下建设了生物信息高性能计算共享平台。本文介绍了生物信息高性能计算平台的建设情况,并对提...
关键词：生物信息 高性能计算平台 建设 运行机制 
生物信息高性能计算平台的建设与实践——以南京农业大学为例被引量：1
《高校实验室科学技术》2019年第1期101-103,共3页段荣静 刘金定 
南京农业大学基本科研业务费实验室设备专项基金(项目编号:SYSB201825)
高性能计算在生命科学研究中的需求日益增长,已成为高校生命科学科研创新的一个重要手段。在此背景下,南京农业大学在“双一流建设”经费支持下建设了生物信息高性能计算共享平台。本文介绍了生物信息高性能计算平台的建设情况,并对提...
关键词：生物信息 高性能计算平台 建设 运行机制 
基于RNA-seq的基因训练集构建方法
《数据采集与处理》2018年第4期637-645,共9页段荣静 刘金定 
国家自然科学基金(31301691)资助项目;教育部中央高校基本业务费(KYZ201667;KJQN201430)资助项目
针对基因组新测序物种缺乏高质量的基因结构用于从头预测软件训练的现状,本文提出了一种以新测序物种自身RNA-seq组装为基础的可靠基因训练集构建方法(Building reliable training gene set,BRTGS)。该方法利用RNA-seq组装获得大量初始...
关键词：生物信息学 基因结构 RNA-SEQ 蛋白同源 训练基因集 
真核生物多基因预测结果整合算法
《数据采集与处理》2013年第5期679-684,共6页刘金定 朱毅华 黄水清 
国家自然科学基金(31171843)资助项目;国家高技术研究发展计划("八六三"计划)(2012AA101505)资助项目
针对独立基因预测算法可靠性较差的缺点,提出了真核生物多基因预测结果整合算法(Algorithm for integration of multiple eukaryotic gene prediction results,AIMEGPR)。该算法在综合分析各种预测算法结果的基础上,首先用极大似然法估...
关键词：多基因整合 一致基因 基因预测 动态规划 
昆虫RNA-Seq数据的分析流程被引量：1
《应用昆虫学报》2013年第5期1458-1468,共11页刘金定 张赞 黄水清 李飞 
国家自然科学基金(31171843);国家高技术研究发展计划("863"计划)(2012AA101505)
随着高通量RNA测序(RNA-Seq)技术的发展和测序成本迅速下降,RNA-Seq技术已经成为生物学研究的重要工具,为生物学家全面地了解和研究转录组提供了机遇。高通量测序具有读长短、存在一定比例的测序错误、数据量大等特点,因此RNA-Seq数据...
关键词：高通量RNA测序 段序列比对 转录组拼接 基因功能注释 基因表达定量 基因差异表达 
丽蝇蛹集金小蜂P450基因家族的发现和分子进化分析被引量：3
《中国生物防治学报》2013年第4期490-496,共7页刘金定 李飞 
国家自然科学基金(31301691)
丽蝇蛹集金小蜂是一类重要的天敌昆虫,大量地应用于生物防治中。虽然寄生蜂不是化学农药的直接作用靶标,但其在自然环境中可能接触到化学农药。P450基因家族是昆虫产生抗药性的重要原因之一,同时也参与了昆虫激素的合成与降解。因此,研...
关键词：丽蝇蛹集金小蜂 细胞色素P450 正选择 基因转换 序列模式 
生物信息学在昆虫学研究中的应用被引量：10
《应用昆虫学报》2012年第1期1-11,共11页张赞 刘金定 黄水清 李飞 
中央高校科研基本科研业务费(KYJ200908;1806J0063)
随着深度测序和基因芯片技术的不断发展,基因组、转录组、表达谱数据大量积累。目前,至少有10多个昆虫的基因组已被测序,30多个昆虫的转录组数据被报道。显然,传统的生物统计学方法无法处理如此海量的生物数据。量变引发质变,生物数据...
关键词：生物信息学 昆虫学 基因组学 转录组学 
知识融合教学模式在“数据结构”教学中的应用被引量：2
《中国农业教育》2011年第2期79-81,86,共4页伍艳莲 刘金定 黄芬 
南京农业大学教育教学改革研究项目"知识融合教学模式在‘数据结构’实践教学中的应用研究"(2009Y031)
"数据结构"课程具有理论性和实践性强,以及与计算机专业其他课程关联密切的特点,可以将知识融合教学模式应用于该课程的教学中,从教学内容、实践环节和考核评价指标等方面进行改革。结果表明,采用知识融合教学模式能够显著提高教学质量...
关键词：数据结构 知识融合 教学模式 
基于邻节点残存率的AODV路由优化算法
《计算机应用研究》2010年第3期1102-1105,1109,共5页刘金定 严悍 
南京农业大学青年科技创新基金资助项目(KJ09026)
针对AODV路由发现缺少路径稳定性考虑以及本地修复没有避开不稳定区域的缺陷,提出了基于邻节点残存率的AODV-NSR优化算法。借助于邻节点残存率AODV-NSR对路由发现算法进行优化,使路径稳定性得以提高;借助于断链责任检测和数据抢救机制,A...
关键词：AD HOC网络 按需距离矢量路由 邻节点残存率 断链责任检测 数据抢救 
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