亓合媛

作品数：7被引量：33H指数：3
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供职机构：中国科学院微生物研究所更多>>
发文主题：耐药基因耐药分析耐药表型全基因组测序全基因组更多>>
发文领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
发文期刊：《发育医学电子杂志》《计算机系统应用》《食品安全质量检测学报》《遗传》更多>>
所获基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金国家科技基础条件平台建设计划中国科学院知识创新工程更多>>
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国家微生物科学数据中心数据资源服务与应用被引量：7
《微生物学报》2021年第12期3761-3773,共13页范国梅 孙清岚 史文聿 亓合媛 孙定中 李芳慧 庞慧芳 马俊才 吴林寰 
国家微生物科学数据中心项目;中国科学院微生物科学数据中心能力建设(XXH-13514-0203);国家科技基础条件平台中心(2020WT11);模式微生物基因组测序多组学数据整合的功能挖掘研究(153211KYSB20190021);世界微生物数据中心秘书处建设方案项目。
作为解决生命领域复杂科学问题的关键要素以及驱动科学发现与决策的基础资源,微生物科学数据资源已成为国家的重要战略资源。国家微生物科学数据中心(https://nmdc.cn/)的建设使得海量微生物数据资源可以得到有效的整理整合和开放共享,...
关键词：微生物 数据中心 数据共享 数据库 
食源性致病菌基因组数据平台建设与展望被引量：1
《中国数字医学》2021年第1期83-87,共5页刘冬梅 亓合媛 刘杨 肖革新 
国家重点研发计划食品安全社会共治信息技术研究与应用示范项目-食品安全管控多维动态关联分析技术研究(编号:2017YFC1602002)。
在信息科学飞速发展、测序技术不断完善的今天,食源性致病菌溯源研究有了全新的基于全基因组测序的技术方法和分析手段,从食源性致病菌基因组序列中可以获得更多的遗传信息来支持科研人员做研究,进而辅助管理人员做决策。在食品安全管...
关键词：食源性致病菌 分型 溯源 基因组数据平台 
北京地区肉类中沙门氏菌全基因组分型及耐药分析被引量：11
《食品安全质量检测学报》2020年第3期783-791,共9页畅晓晖 张捷 亓合媛 石嵩 杨向莹 杨磊 赵琢 李小林 史文聿 孙清岚 马俊才 陈广全 
国家重点研发计划重点专项(2018YFC1603800);海关总署科技计划项目(2017IK157).
目的对我国北京地区肉类产品中沙门氏菌进行分离鉴定,基于全基因组测序结果,分析其耐药基因分布情况及亲缘关系。方法以38株沙门氏菌为研究对象,对不同来源的沙门氏菌进行全基因组分析,然后通过测定菌株对15种抗生素的最小抑菌浓度,结...
关键词：沙门氏菌 全基因组测序 耐药基因 耐药表型 
基于16S rRNA序列物种鉴定的改进向量空间模型算法被引量：1
《计算机系统应用》2018年第9期163-169,共7页祝斌 亓合媛 马俊才 
国家高技术研究发展计划(863计划)(2014AA021501)~~
在物种鉴定领域中,权威方法是基于BLAST的序列比对算法,然而该算法出现计算量过于庞大,运算效率低以及资源消耗较高等问题.为解决以上问题,本文借鉴经典文献中的K-String组份向量方法,对向量空间模型作出改进,将其应用于基于16S rRNA序...
关键词：16S RRNA基因序列 改进向量空间模型算法 非序列对比 物种鉴定 分类 
微生物组大数据管理与分析被引量：8
《微生物学报》2017年第6期932-941,共10页亓合媛 孙清岚 马俊才 
国家重点研发计划(2016YFC0901702;2016YFB1000605);国家"863计划"(2015AA020108)~~
高通量技术的迅猛发展促使微生物生态学研究获得了重大突破,掀起了元基因组学(Metagenomics)研究的热潮。元基因组学通常被定义为对未培养的环境样本中微生物群体的DNA序列分析。随着微生物组学数据的日益剧增,微生物大数据的高效管理...
关键词：微生物组 元基因组学 数据分析 高通量测序 
CTCF通过ALAS2调控K562细胞红系分化被引量：2
《发育医学电子杂志》2017年第1期1-6,共6页亓合媛 李艳明 熊倩 谢兵兵 张昭军 方向东 
国家自然科学基金(31471115;31401160;81670109)
目的研究CTCF对红系分化的影响及相应调控机制。方法敲低K562细胞中的CTCF,通过Hemin诱导和荧光实时定量聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)技术,分析Hemin诱导0到4天的对照和CTCF敲低细胞的珠蛋...
关键词：CTCF ALAS2 GATA1 红系分化 
染色质构象调控真核基因的表达被引量：3
《遗传》2011年第12期1291-1299,共9页亓合媛 张昭军 李雅娟 方向东 
国家自然科学基金项目(编号:30971673和31100924);中国科学院知识创新工程百人计划和青年人才领域前沿项目资助
真核基因的表达受到各种顺式调控元件、反式作用因子、染色质DNA以及组蛋白表观遗传修饰等多因素、多层次的调控。染色质三维空间结构的变化在调控真核基因表达方面也发挥了至关重要的作用。染色质构象的变化一方面可以使增强子等调控...
关键词：染色质构象 转录调控 表观遗传学 
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