国家高技术研究发展计划(2002AA104540)

作品数：12被引量：59H指数：3
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相关机构：中国科学院中国科学院研究生院中国科学院过程工程研究所北京城市学院更多>>
相关期刊：《物理化学学报》《微电子学与计算机》《计算机研究与发展》《计算机工程》更多>>
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基于大规模序列比对软件的并行优化方案被引量：1
《计算机工程》2009年第3期91-93,共3页郭新 牛北方 
国家"863"计划基金资助项目"超级计算网格接点建设"(2002AA104540);中国科学院"十五"信息化建设基金资助项目"超级计算环境建设与应用"(INHOS-SCE)
基于基因电脑克隆软件SiClone和可变剪接分析软件AltSplice的并行优化工作,提出一种基于大规模序列比对软件的并行优化方案。该方案对所要进行比对分析的大规模序列库按某种策略进行分割部署,使机群中每个节点处理整个序列库的一部分,...
关键词：并行优化 EST序列库 分割部署 
mRNA可变剪接问题的并行化研究
《计算机应用研究》2008年第3期705-708,共4页牛北方 郎显宇 陆忠华 迟学斌 
国家“863”计划资助项目(2002AA104540);国家自然科学基金资助项目(60533020);国家科技部资助项目(2005DKA64002)
对mRNA可变剪接问题进行了并行化分析和研究,解决了原AltSplice程序中Nbest参数选取欠合理的问题,结合实验实现了基于MPI平台的并行AltSplice版本MPI_AltSplice,并在5万亿次的联想深腾6800高性能计算机上获得了较好的运行性能。
关键词：可变剪接 AltSplice 并行化 表达序列标签(EST)序列库 消息传送接口 
SMP集群系统上可扩展并行特征问题求解器研究
《计算机工程》2006年第19期3-5,共3页赵永华 迟学斌 姜金荣 
国家"863"计划超级计算网格节点建设基金资助项目(2002AA104540);中国科学院知识创新工程信息化建设专项"超级计算环境建设与应用"(INF05-SCE)
基于对称三对角特征问题的分而治之方法,提出了一个适合SMP集群环境的多级混合并行算法。SMP节点内的并行求解采用了粗粒度和细粒度两种OpenMP并行。为了改善纯MPI算法中的负载不平衡,混合并行算法使用了动态任务分配方法。在深腾6800...
关键词：SMP集群 MPI+OPENMP 混合并行 并行求解器 
Motif识别算法简介及软件性能研究被引量：2
《计算机应用研究》2006年第10期66-69,共4页朱骥 杨华 牛北方 郎显宇 陆忠华 迟学斌 
国家"863"计划资助项目(2002AA104540)
Motif在转录和后转录水平的基因表达调控中起着重要的作用。目前,识别Motif的算法和相应的软件已有不少,但是却鲜有对各种算法及软件性能共同评测的研究和报告。介绍了算法的分类以及三种常见的Mo-tif识别算法W ordup,MM和G ibbs采样,并...
关键词：MOTIF Wordup MM GIBBS采样 
对称矩阵三对角化的混合并行算法设计被引量：3
《计算机工程》2005年第22期39-41,53,共4页赵永华 迟学斌 陈江 
国家"863"超级计算网格节点建设基金资助项目(2002AA104540);中国科学院知识创新工程信息化建设专项基金资助项目(INF05-SCE)
基于Householder转换,给出了稠密对称矩阵三对角化的MPI+OpenMP混合并行算法。内容集中在SMP集群系统环境下算法的负载平衡、通信开销和性能评价。OpenMP共享内存并行采用了粗粒度方法,解决了MPI算法中的负载平衡问题,降低了通信开销。...
关键词：对称矩阵 并行块算法 三对角矩阵 加速比 MPI+OPENMP 
GridMol:一个基于网格的分子可视化系统
《计算机工程》2005年第22期76-77,100,共3页姚继锋 卢玥 单桂华 
中国科学院知识创新工程信息化建设专项"超级计算环境建设与应用"(INF105-SCE);国家"863"计划"高性能计算机及其核心软件"重大专项"超级计算网格节点建设"(2002AA104540)
介绍了一个基于网格环境、支持大分子显示的远程可视化系统GridMol。系统采用Browser-Server结构,客户端采用Java3D实现,服务器端使用面向对象方法实现了支持多种文件格式的数据处理,同时采用了特定的数据格式以减小网络数据传输。整个...
关键词：GridMOL 可视化系统 网格 
基于SMP集群的MPI+OpenMP混合编程模型及有效实现被引量：33
《微电子学与计算机》2005年第10期7-11,共5页赵永华 迟学斌 
中国科学院知识创新工程专项(INF05-SCE);国家863计划项目(2002AA104540)
SMP集群混合了两个内存模型:每个节点是一个共享存储的多处理器,而节点间使用分布存储。这一多级体系结构引起了编程模型和性能方面的问题。文章讨论了MPI+OpenMP混合编程模型的性能和不同的实现方法,提出了多粒度MPI+OpenMP混合编程方...
关键词：SMP集群 混合编程模型 特征问题 
GABA受体抑制剂的柔性原子受体模型研究被引量：2
《物理化学学报》2005年第7期800-803,共4页沈斌 陆忠华 迟学斌 吕海峰 任天瑞 
中国科学院知识创新工程信息化建设重大专项(INF105-SCE);国家十五"863"项目(2002AA104540);"973"项目(2003CB114401)资助~~
利用Flarm软件为GABA受体抑制剂建立了其抑制家蝇和大鼠GABA受体的柔性原子受体模型,很好地模拟了两种受体与药物分子结合的情况,具有较好的预测能力,预测集的预测值与实验值的相关系数(r2)分别达到0.923和0.733,模型的结果与药效团模...
关键词：柔性原子受体模型(Flarm) GABA受体 定量构效关系(QSAR) 抑制剂 
分子空间结构比较方法优化与点部署的并行实现
《计算机研究与发展》2005年第6期1047-1052,共6页郎显宇 牛北方 沈斌 陆忠华 迟学斌 
国家"八六三"高技术研究发展计划基金项目(2002AA104540);中国科学院知识创新工程信息化建设重大专项基金项目(INF105SCE)
分子空间结构相似性比较的指标函数可以定量地描述两个分子空间结构相似性大小,但难题在于如何确定分子初始相对位置,以保证得到全局最优叠合.由于以往都是利用程序随机生成初始相对位置,所以没有规则也不确定.为保证得到全局最优叠合,...
关键词：相似性指标函数 全局优化 叠合 “均匀设计” 
分布式数字视频监控系统的设计和实现被引量：4
《微电子学与计算机》2004年第9期4-6,共3页石大立 迟学斌 陈文阳 
国家863资金资助项目(2002AA104540)
介绍了分布式数字视频监控系统的设计和实现,详细描述了各模块的功能与实现,着重研究了该系统的实时性、可靠性和实用性等特点,为智能化楼宇提供一个通用的、实时的。
关键词：视频监控 高可用性 容错 分布式系统 LINUX 
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