基因聚类

作品数：21被引量：38H指数：3
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基于机器学习的茶树DNA聚类算法
《广西大学学报（自然科学版）》2024年第2期386-399,共14页杨小平 倪萍 诸葛天秋 罗跃新 郭春雨 庞月兰 吴雨婷 
广西科技计划项目(桂科AD18281068);广西科技重大专项(桂科AA203020184)。
为了研究茶树基因序列的聚类问题,设计一种基于累计方差贡献率进行改进的核主成分分析(KPCA)与k均值(k-means)++聚类算法相结合的降维聚类算法(KPCA-k-means++)。将基因库数据集筛选分组后,利用k-mers算法提取基因数据的数据特征,根据...
关键词：核主成分分析 累计方差贡献率 K均值聚类算法 基因聚类 
基于5993个核基因的被子植物系统发育关系研究
《广西植物》2020年第1期44-59,共16页金鑫 程书 杨拓 余慷 段肖霞 倪雪梅 李世明 张耕耘 
国家科技支撑计划(2015BAD02B01-7);广东省农作物核心资源开发应用企业重点实验室(2011A091000047);深圳市科技计划项目(JCYJ20150831201123287);深圳作物分子设计聚合育种工程实验室提升项目(深发改[2015]946号)~~
系统发育关系的构建对被子植物分类及进化研究非常重要。长期以来,被子植物系统发育的研究,大多使用质体基因、线粒体基因或少数保守的单拷贝核基因。该研究从已注释基因组或转录组中搜集88种被子植物(包含58目)的核基因集;通过对其进...
关键词：系统发育关系 被子植物 核基因 同源基因聚类 串联法 溯祖法 分化时间 
改进的β-NMF在基因聚类中的应用
《重庆工商大学学报（自然科学版）》2018年第5期46-50,共5页游春芝 崔建 
针对基因表达数据高维、高噪声等特点,提出了一种基于正交约束的负矩阵分解算法;该算法将正交约束引入到β散度矩阵分解的准则函数中进行优化求解,用梯度下降方法得出矩阵分解的乘积迭代规则,并利用分解项来降低特征空间的维度,将得到...
关键词：非负矩阵分解 β散度 正交约束 梯度下降 聚类 
异构集群上的宏基因组聚类优化
《计算机科学》2017年第3期20-22,47,共4页韦建文 许志耿 王丙强 Simon SEE 林新华 
国家高技术研究发展计划(863):高性能计算环境应用服务优化关键技术研究(2014AA01A302);日本学术振兴会(RONPAKU Fellowship)资助
宏基因组基因聚类是筛选致病基因的新型方法,其依赖于海量的测序数据、有效的聚类算法以及高效的计算机来实现。相关系数矩阵的计算是进行聚类前必须完成的操作,占总计算量的比重较大。以某基因库为例,包含1300个样本、每样本百万基因...
关键词：基因聚类 异构计算 缓存优化 负载均衡 
基于最小编码长度的基因数据聚类
《安徽农业科学》2012年第19期10003-10005,10072,共4页汪雪红 焦清局 常盼盼 黄继风 
[目的]分析基于最小编码长度的基因数据聚类算法的聚类效果,以期为基因数据聚类提供新的方法。[方法]将基因数据的聚类看成是高维混合数据的聚类,通过对基因数据进行预处理后,再利用主成分分析将基因数据降维,降维后基因数据呈类高斯分...
关键词：基因聚类 有损压缩 高斯分布 最小编码长度 
基于粒子对和差分进化的基因表达数据聚类被引量：1
《计算机应用研究》2012年第7期2484-2487,共4页禤世丽 杨秋叶 张超英 禤浚波 
广西研究生教育创新计划资助项目(2011106020812M57)
针对粒子对算法存在过早陷入局部最优导致聚类精度不高以及聚类结果对初始粒子比较敏感等问题,提出了一种新的基于粒子对(PPO)与差分进化(DE)混合算法。该混合算法结合PPO和DE的优点,根据一定的迭代次数在精英粒子对迭代过程中引入DE算...
关键词：基因聚类 K-MEANS算法 粒子对 差分进化 混合算法 
珍菊降压片中药物配伍对大鼠肾脏表达谱的影响被引量：2
《华西药学杂志》2012年第1期35-37,共3页朱国琴 顾笑梅 谢家骏 张聪 蔡国琴 王建新 
上海市科委中药现代化专项资助(09DZ1977302)
目的研究珍菊降压片及组方中中药与西药部分对大鼠肾脏表达谱的影响,探讨其中西药物配伍的合理性。方法将24只Wistar大鼠随机均分成空白对照组、珍菊降压片复方低、高剂量组(200、800 mg.kg-1)、相应剂量西药组(4.4、17.8mg.kg-1)、复...
关键词：珍菊降压片 药物配伍 肾脏表达谱 基因聚类 减毒 
基于粒子对和极值优化的基因聚类混合算法研究被引量：2
《计算机应用研究》2011年第10期3675-3677,3680,共4页禤浚波 吴小霞 王珍珍 张超英 
针对粒子对算法存在过早陷入局部最优导致精度不是很高的问题,建议了一种新的基于粒子对(PPO)与极值优化(EO)混合算法。该算法利用PPO和EO的优点,借助K-means快速聚类的结果初始化其中一个粒子,并根据一定迭代次数在精英粒子对的迭代过...
关键词：基因聚类 K-MEANS算法 粒子对 极值优化算法 混合算法 
基于基因限制信息的特征权值优化研究
《计算机与数字工程》2011年第7期17-19,共3页程慧杰 卜宪庚 
针对自组织映射算法在衡量神经元与输入数据之间相似度时将所有特征视为权值相同,导致无法在基因半监督聚类中利用限制信息的某些重要特征的不足,提出了一种新的基于基因限制信息的特征权值优化算法。算法根据限制信息优化特征的权值,...
关键词：限制信息 半监督聚类 自组织映射 基因聚类 
基于基因表达谱特征分布的SOM聚类算法研究
《计算机工程与设计》2011年第7期2463-2466,共4页程慧杰 张国印 何颖 
针对SOM算法中欧氏距离无法根据特征的重要性来衡量相似度、易引入无关特征干扰的缺点,提出了一种基于基因表达谱特征分布的SOM聚类算法。算法通过衡量特征对同类基因的凝聚能力和对异类基因的区分能力,对不同的特征赋予不同的权值,将...
关键词：基因表达谱 自组织映射 粒子群优化 特征权值 基因聚类 
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