基因组注释

作品数：49被引量：106H指数：6
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产酯酶格氏乳球菌的筛选、鉴定与基因组注释
《食品科学》2024年第8期87-95,共9页陈聪 邹伟 汤秀娟 陈晓松 吴成泽 
泸州老窖研究生创新基金项目(LJCX2022-2);四川轻化工大学校级大学生创新创业训练计划项目(cx2022126);四川轻化工大学研究生创新基金项目(Y2023234)。
本研究从浓香型白酒大曲进行初筛和复筛,得到一株高酯酶活力的菌株S5-4,对其全基因组测序、酯酶注释和代谢通路分析。该菌株的最大透明圈D/d比值(细菌透明圈直径与菌落直径之比)达到了2.27±0.02,经鉴定为格氏乳球菌(Lactococcus garvie...
关键词：格氏乳球菌 基因组信息 代谢路径重建 酯酶 
链霉菌TRM SA0054 Tubercidin合成基因簇挖掘
《新疆农业科学》2023年第11期2806-2815,共10页张萍 罗晓霞 万传星 张利莉 
国家自然科学基金-新疆联合基金重点项目“塔里木盆地放线菌资源代谢潜力的深度挖掘”(U1703236);新疆生产建设兵团区域发展计划重点项目“基于基因组挖掘的功能成分研究”(2017DB002)。
【目的】评估菌株TRM SA0054的代谢潜力,解析其基因组信息研究该菌株次级代谢产物基因资源。【方法】采用Illumina Hiseq测序平台对菌株TRM SA0054进行全基因组测序,并进行生物信息学分析,采用现代分离纯化方法检测鉴定其代谢产物。【...
关键词：Streptomyces carminius TRM SA0054 基因组注释 Tubercidin基因簇 
瑞氏红鲂鮄(Satyrichthys rieffeli)基因组survey分析及线粒体基因组注释被引量：1
《海洋与湖沼》2023年第5期1517-1528,共12页廖贤晖 王乙婷 瞿印权 刘启 高天翔 
浙江省重点研发计划项目,2021C2047号。
为了解瑞氏红鲂鮄(Satyrichthys rieffeli)的基因组特征及线粒体基因组结构,采用二代高通量测序技术对瑞氏红鲂鮄进行基因组survey分析,为研究其分子学内容提供基础信息。利用Illumina nova测序平台进行测序,组装得到的基因组大小为813...
关键词：瑞氏红鲂鮄 基因组survey 线粒体基因组 系统发育关系 
基于PacBio三代测序的高质量汶上芦花鸡基因组的组装被引量：2
《中国畜牧兽医》2023年第10期3869-3881,共13页薛倩 邢伟杰 李国辉 周成浩 张会永 殷建玫 蒋一秀 朱云芬 韩威 
江苏省重点研发计划(现代农业)专项(BE2019353);江苏省自然科学基金面上项目(BK20221285)。
【目的】汶上芦花鸡为中国唯一的芦花羽地方鸡品种资源,芦花基因可伴性遗传,芦花羽性状可用于雏鸡的自别雌雄。试验旨在丰富家鸡基因组信息,获取汶上芦花鸡全基因组序列,为鸡伴性芦花羽分子机制研究提供材料。【方法】以汶上芦花鸡为试...
关键词：汶上芦花鸡 基因组组装 PacBio三代测序技术 基因组注释 Z染色体 伴性芦花羽 
锈赤扁谷盗的全长转录组测序分析
《粮食科技与经济》2023年第3期116-120,共5页胡怀月 陈二虎 韦磊 王康旭 李孟凡 唐培安 
国家重点研发计划专项(2021YFD2100604-01);江苏省重点研发计划项目(BE2022377);国家自然科学基金项目(32272388);江苏省高校优势学科建设工程资助(PAPD);江苏省研究生科研与实践创新计划(KYCX21_1528)。
锈赤扁谷盗是一种世界性储粮害虫,但对其分子生物学方面的基础研究较少。研究基于PacBio Iso-Seq平台对锈赤扁谷盗进行全长转录组测序,并对其数据进行生物学分析。测序数据经过校正后,锈赤扁谷盗全长转录组平均长度为1845.06 bp,N50长度...
关键词：锈赤扁谷盗 全长转录组 基因组注释 
1株耐重金属植物促生菌Y3的分离、生物学特性及全基因组测序分析被引量：1
《安徽农学通报》2023年第7期26-32,81,共8页袁涛 刘向铜 贾美玉 陈井影 余小霞 卢斌宇 张艳梅 雷冰 
自然资源部环鄱阳湖区域矿山环境监测与治理重点实验室开放基金(MEMI-2021-2022-20);东华理工大学实验技术研究开发项目(1310610091);国家自然科学基金项目(22166004)
从江西东乡野生稻自然保护区野生稻(Oryza sativa L.)植株中分离获得1株固氮菌株Y3,通过16S rRNA和基因组系统发育分析,鉴定为Kosakonia sacchari。生理生化和促生试验表明,Y3对重金属Cu^(2+)、Ni^(2+)、Co^(2+)和Zn^(2+)具有较好的耐受...
关键词：Kosakonia sacchari 重金属耐受性 植物促生性 基因组注释 比较基因组学分析 
铜绿假单胞菌噬菌体K4的性质及其在食品防腐方面的应用被引量：3
《食品工业科技》2022年第16期130-139,共10页庞文静 韩庆竹 尤甲甲 李东航 李佩泽 李玥莹 杨洪江 
国家自然科学基金(31970150)。
目的:为研究噬菌体在控制细菌污染方面的应用,本文对铜绿假单胞菌噬菌体K4的生物学性质及抑菌活性进行了探究。方法:包括一步生长曲线、稳定性研究、基因组测序、比较基因组学分析以及抑菌曲线等方法。结果:K4潜伏期约为15 min,释放量约...
关键词：铜绿假单胞菌 噬菌体 抑菌活性 基因组注释 应用 
马克斯克鲁维酵母FIM1基因组分析
《复旦学报（自然科学版）》2022年第3期303-312,316,共11页罗通宇 曾俊源 吕奕琳 周峻岗 余垚 吕红 
国家自然科学基金面上项目(31770094,31970068)。
马克斯克鲁维酵母(Kluyveromyces marxianus)是一种富有潜力的新型细胞工厂宿主菌。K.marxianus FIM1(CGMCC No.10621)基因组组装与注释已于2019年完成并在NCBI上公布(GCA_001854445.2),但在应用该基因组信息时发现其仍不完善。所以本...
关键词：马克斯克鲁维酵母 基因组校验 基因组注释 比较基因组学 
面向大规模人群的基因组注释系统
《生物信息学》2022年第1期11-19,共9页闫贞磊 国宏哲 
国家重点研发项目(No.2017YFC0907503)。
基因组注释是识别出基因组序列中功能组件的过程,其可以直接对序列赋予生物学意义,由此方便研究者探究和分析基因组功能。基因组注释可以帮助研究从三个层次上理解基因组,一种是在核苷酸水平的注释,主要确定DNA序列中基因、RNA、重复序...
关键词：人群基因组 基因组注释 基因组变异 
柑橘大实蝇低覆盖度基因组及其分析被引量：1
《植物保护学报》2021年第6期1429-1437,共9页何容 王书平 王涛 许佳丹 滕凯 王寅鹏 贺康 李飞 
国家自然科学基金(31901952)。
为探究柑橘大实蝇Bactrocera minax的全基因组信息,以海关口岸截获的柑橘大实蝇样本为材料,提取DNA后构建350 bp短片段文库,采用Illumina二代测序平台开展全基因组测序,进行基因组组装、完整性评估和注释分析。结果表明,柑橘大实蝇的基...
关键词：柑橘大实蝇 基因组测序 基因组组装 基因组注释 
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