王宝翰

作品数：14被引量：20H指数：3
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供职机构：中国科学院生物物理研究所更多>>
发文主题：神经网络蛋白质相对熵设计方法蛋白质设计更多>>
发文领域：生物学自动化与计算机技术更多>>
发文期刊：《生物化学与生物物理进展》《北京工业大学学报》《中国科学技术大学学报》《科学通报》更多>>
所获基金：国家自然科学基金北京市自然科学基金国家教育部博士点基金更多>>
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基于HNP三态模型及相对熵方法的蛋白质折叠研究被引量：6
《生物化学与生物物理进展》2006年第5期479-484,共6页苏计国 王宝翰 焦雄 陈慰祖 王存新 
国家自然科学基金(10574009);国家教育部博士点基金(20040005013)资助项目.~~
把20种氨基酸简化为3类:疏水氨基酸(hydrophobic,H)、亲水氨基酸(hydrophilic,P)及中性氨基酸(neutral,N),每个氨基酸简化为一个点,用其C!原子来代替.采用非格点模型,以相对熵作为优化函数,进行蛋白质三维结构预测.为了与基于相对熵方...
关键词：氨基酸简化模型 相对熵 蛋白质折叠 
四种结构类型的蛋白质设计方法被引量：1
《生物物理学报》2004年第4期307-314,共8页刘赟 王屹华 王宝翰 王存新 陈慰祖 
国家自然科学基金项目(10174005;30170230);北京市自然科学基金项目(5032002)
给出了以疏水-亲水模型为基础的蛋白质设计方法,该方法以物理学原理为基础,以相对熵作为优化的目标函数。对四种不同结构类型的天然结构的真实蛋白质进行了检测,分析了影响检测成功率的主要因素,结果表明,该方法是普适的,可用于对不同...
关键词：蛋白质设计 蛋白质逆折叠 结构类型 非格子模型 
基于格子模型的蛋白质设计方法被引量：3
《生物化学与生物物理进展》2004年第2期172-176,共5页刘赟 王存新 王宝翰 陈慰祖 
国家自然科学基金 ( 10 1740 0 5 ;3 0 170 2 3 0 );北京市自然科学基金 ( 5 0 3 2 0 0 2 )资助项目
　提出一个简单有效的蛋白质设计方法 ,这一方法完全基于物理学原理 .与同类工作相比 ,该方法在很大程度上可节省对序列空间进行的搜索 ,是对同类工作的简化与发展 .对三个平面格子模型进行的检验表明该方法是成功的 .
关键词：蛋白质 设计方法 蛋白质逆折叠 格子模型 非格子模型 
基于相对熵的蛋白质设计方法的普遍近似
《科学通报》2004年第2期135-139,共5页王屹华 王宝翰 刘赟 陈慰祖 王存新 
发展了最近提出的一种基于相对熵原理的蛋白质设计方法.将该方法从必须满足特定的条件才能适用,推广到普遍适用.研究表明,扩展前的方法可被看作扩展后方法的特例,扩展后的采用普遍近似的蛋白质设计方法更利于蛋白质设计的研究,使基于相...
关键词：相对熵 蛋白质设计 非格子模型 分子生物学 蛋白质三级结构 
非格子模型的蛋白质设计方法
《北京工业大学学报》2004年第1期106-109,共4页刘赟 王存新 王宝翰 陈慰祖 
国家自然科学基金资助项目(10174005);北京市自然科学基金资助项目(5032002).
为了克服双重蒙特卡罗方法用于较大分子体系及非格子模型的困难,提出了一个基于相对熵的蛋白质设计的简单方法.利用非格子模型,以16个处于天然稳定态的真实蛋白质为目标结构进行测试,成功率可达75.9％.与其他利用Monte Carlo方法搜索序...
关键词：蛋白质设计 蛋白质逆折叠 相对熵 
基于相对熵的蛋白质设计新方法被引量：3
《中国科学（G辑）》2003年第4期348-356,共9页刘贇 王宝翰 王存新 陈慰祖 
国家自然科学基金(批准号:10174005;30170230);北京市自然科学基金(批准号:5032002
提出一个关于蛋白质设计的新的有效快速的优化方法,其实质是按照Boltz-mann分布搜索序列空间。这一方法完全基于物理学原理,在该方法中使用了相对熵的概念,并把它作为优化的目标函数。利用真实蛋白质的非格子模型对该方法进行了检验。...
关键词：蛋白质设计 相对熵 非格子模型 Boltzmann分布搜索序列空间 蛋白质逆折叠 优化方法 
用于真实蛋白质结构预测的一种新的优化方法被引量：9
《Chinese Journal of Chemical Physics》2003年第2期117-121,共5页卢本卓 王存新 王宝翰 
国家自然科学基金资助项目 (10 174 0 0 5;30 170 2 30和 2 9992 5 90 2 )
用“相对熵”作为优化函数 ,提出了一个有效快速的折叠预测优化算法 .使用了非格点模型 ,预测只关心蛋白质主链的走向 .其中只用到了蛋白质主链上的两两连续的Cα 原子间的距离信息以及 2 0种氨基酸的接触势的一个扩展形式 .对几个真实...
关键词：蛋白质 结构预测 折叠预测 相对熵 优化方法 非格点模型 三级结构 氨基酸序列 
用FPGA实现的复合神经网络自学习算法电路被引量：2
《中国科学技术大学学报》1996年第4期468-474,共7页周佩玲 吴耿锋 岳冬青 王宝翰 
国家自然科学基金
介绍复合神经网络模型及特性，讨论了基于假逆矩阵的自学习算法，研究用现场可编程门电路（ＦＰＧＡ）实现复合神经网络的自学习过程，电路设计成半并行全数字式．实验结果表明其权值学习结果与计算机软件模拟结果一致。
关键词：复合神经网络 自学习算法 FPGA 电路 神经网络 
模块神经网络及其性能被引量：1
《生物物理学报》1994年第4期671-680,共10页王宝翰 陈劲 
提出一个不同于实现ｙ＝ｆ（ｘ）的ＢＰ网络的神经网络模型，给出了网络的结构及并行动力学方程，证明了其动力学的稳定性。通过学习算法的建立，证明网络能精确实现输入矢量对（ｘ，ｙ）映入成相联系的输出矢量ｚ，最重要的是网络能同...
关键词：模块 神经网络 结构 人工智能 
RECURRENT网络的权重修改三值量化时空模式学习算法
《生物物理学报》1994年第2期333-334,共2页郑述全 王宝翰 张辉 
ＲＥＣＵＲＲＥＮＴ网络的权重修改三值量化时空模式学习算法郑述全，王宝翰，张辉（中国科学院生物物理研究所北京１００１０１）近年来，神经网络发展很快，提出了各种各样的模型，按照网络结构可以分为两种类型：前传网络和ｒｅｃｕ...
关键词：神经网络 recurrent网络 时空模型 权重修改 
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